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[GROMACS] 求助gromacs分子动力学模拟中Sb3+离子的相关参数

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       本人目前在做有机物在铁上的吸附模拟,因为目前实验中将有机物和一种无机增效剂混合使用,该增效剂在我的水相环境中以Sb3+的离子形式存在,想结合模拟说明该离子加量对有机物吸附行为的影响,但是找不到OPLS/GAFF力场中可用的Sb3+参数,请问各位老师是否有看过相关文献或参数能够分享。(一位师兄向我分享过UFF力场中的Sb3+的参数,但我之前的模拟都用的OPLS/GAFF力场所以先向各位老师求助)

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发表于 Post on 2026-3-20 19:44:34 | 只看该作者 Only view this author
不要自己在标题里手写【求助】这种碍眼的标签,http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你改了,以后注意
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-3-20 19:48:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-3-20 19:44
不要自己在标题里手写【求助】这种碍眼的标签,http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。 ...

好的卢老师

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发表于 Post on 2026-3-20 19:58:43 | 只看该作者 Only view this author
注意Sb3+在水中的形态,依赖于pH。比如中性环境下Sb(OH)3为主,可以用sobtop创建拓扑文件,OH用GAFF的参数,Sb3+用UFF参数。这样得到的拓扑文件完全兼容主流水模型以及GAFF描述的其它分子
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-3-20 21:44:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-3-20 19:58
注意Sb3+在水中的形态,依赖于pH。比如中性环境下Sb(OH)3为主,可以用sobtop创建拓扑文件,OH用GAFF的参数 ...

谢谢卢老师,那我的溶液环境属于强酸性溶液是否直接使用Sb3+的UFF的参数即可。

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发表于 Post on 2026-3-21 06:18:14 | 只看该作者 Only view this author
kttk 发表于 2026-3-20 21:44
谢谢卢老师,那我的溶液环境属于强酸性溶液是否直接使用Sb3+的UFF的参数即可。

强酸下的形式是Sb(OH)₂⁺
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-3-21 10:40:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-3-21 06:18
强酸下的形式是Sb(OH)₂⁺

明白卢老师,谢谢您

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