膜蛋白在NPT平衡阶段出现从膜中脱出的问题

wqm

各位老师好，

我在进行膜蛋白与配体分子动力学模拟时遇到一个问题，想请教一下。

我的体系中蛋白为多链结构（BCD链），其中 D 链存在较大缺失（中间有两段各约 200 多个残基缺失）。由于直接补全效果不理想，我对结构进行了处理，将断裂部分重新拼接为一条连续链后用于后续模拟。

随后进行了标准流程：
        •        构建膜体系（加膜）
        •        能量最小化（EM）
        •        平衡阶段（NPT）

在能量最小化阶段，蛋白仍然位于膜内，结构正常；
但在进行第一个 NPT 平衡（原计划进行 6 个阶段）时，观察到蛋白明显从膜中“脱出”（如图所示）。

这是什么问题呢，这应该不是周期边界的问题吧

在跑完之后查看轨迹时，发现蛋白有一部分发生了位移（如图），但RMSD图看着却没有太大问题，这种问题应该怎么解决呢？
npt_1      npt_6

跑完后蛋白的结构    原始的蛋白结构

RMSD图  

student0618

明显是pbc的事

wqm

student0618 发表于 2026-3-26 12:11
明显是pbc的事

但是我已经进行了center居中的操作，但看轨迹还是这样位移了，请问有什么办法让他正常显示吗