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[Multiwfn使用咨询] Hirshfeld surface分析时VMD中分子片段不全求助

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楼主
各位老师们好,严格按照Sob老师的教程来做Hirshfeld surface分析,但是有一个单晶总是出现分子片段不全的问题。请问各位老师们这个问题该如何解决呢?

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发表于 Post on 2026-3-27 05:54:38 | 只看该作者 Only view this author
上传结构文件才能判断情况
需要交代体系是哪来的,是自己从晶体里抠了团簇还是怎么怎么构建的、如果是抠了团簇具体是怎么抠的,细节全都得说清楚,直接关乎是否中途出现原子缺失等情况。自行检查每一步操作、每一步的结构变化,总能搞清楚是怎么回事
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-3-27 11:21:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-3-27 05:54
上传结构文件才能判断情况
需要交代体系是哪来的,是自己从晶体里抠了团簇还是怎么怎么构建的、如果是抠了 ...

老师您好,体系是直接用单晶解析后得到的cif文件暂时先没有做优化构建的,后续是用cif文件在Multiwfn里按照您教程的默认操作进行

p-G.cif

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发表于 Post on 2026-3-27 12:03:25 | 只看该作者 Only view this author
你不精确提供你在Multiwfn输入的命令,我没法重现你的结果
尝试先用下文的功能用Multiwfn把晶胞里的分子补完整后再用自动抠团簇的功能
Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍
http://sobereva.com/610http://bbs.keinsci.com/thread-24674-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-3-30 22:15:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-3-27 12:03
你不精确提供你在Multiwfn输入的命令,我没法重现你的结果
尝试先用下文的功能用Multiwfn把晶胞里的分子补 ...

谢谢老师!把晶胞里的分子补充完整后就显示完全啦

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