蛋白残基附近水分子可与小分子形成氢键，分子对接是否保留该水分子，会影响对接结果吗

xiaocao37861663

请问，做HIV蛋白酶与小分子配体的分子对接，用Autodock做的时候，需要把水全部删掉，其中50号残基附近有一个水分子，有文献显示其与小分子配体之间有氢键相互作用，那在对接时，需要特殊保留此水分子吗？如果不保留，对接结果有影响吗？另外，在动力学模拟时，Amber自动会加水，是不是，对接不加此水，不会影响动力学模拟结果？谢谢！！

student0618

用autodock可以保留水分子的，就是 pdbqt可能要手动补电荷 (如果用AutoDock 4的话，vina不用补)

动力学AMBER不会自动加水的，是leap时用solvateoct/solvatebox指令加。可以保留部分水分子再加其他水的。

如果已知该水分子有作用的话当然会影响结果，也可以用专门考察水结合的方法例如vina的hydrated docking (https://autodock-vina.readthedoc ... cking_hydrated.html)。

xiaocao37861663

student0618 发表于 2026-4-1 11:06
用autodock可以保留水分子的，就是 pdbqt可能要手动补电荷 (如果用AutoDock 4的话，vina不用补)

动力学A ...

谢谢