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[CP2K] 求助CP2K做周期性MD过程中团簇成键诡异、团簇解体

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请教老师,我做团簇-气体吸附体系,想通过CP2K跑MD获得气体在团簇中的吸附位点初猜,图1是优化后的原胞,图2是在X方向扩胞后并放如单个气体分子(黑色虚线)的初始结构,但是其在CP2K中设置YZ周期性边界条件运行后如图3所示,成键诡异,团簇解离,请问是原胞在YZ方向扩胞后团簇分子不合理导致的吗?或者是其它什么原因?如何解决?

PS:使用相同的计算级别和设置计算该体系下XY、XZ周期性边界条件下的MD均符合预期,下附原胞文件:opt_1.gjf 和CP2K分子动力学输入文件:r211_as.inp

r211_as.inp

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opt_1.gjf

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发表于 Post on 2026-4-3 11:53:19 | 只看该作者 Only view this author
你这里面没有图。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-4-3 12:04:13 | 只看该作者 Only view this author
maoxinxina 发表于 2026-4-3 11:53
你这里面没有图。

不好意思老师,我刚把图传上

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发表于 Post on 2026-4-5 03:27:12 | 只看该作者 Only view this author
设定严重不当,最显而易见的硬伤是不满足PSOLVER MT做二维周期性计算的要求,即必须非周期性方向上盒子尺寸是有电子密度分布跨度的至少两倍
如果参加过北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www.keinsci.com/KFP),记得复习“能量的计算及相关问题”里面"低维体系的计算"一节,对这些关键知识介绍得没法更详细和清楚
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 cheng1 于 2026-4-10 11:08 编辑
sobereva 发表于 2026-4-5 03:27
设定严重不当,最显而易见的硬伤是不满足PSOLVER MT做二维周期性计算的要求,即必须非周期性方向上盒子尺寸 ...

感谢老师,重新设置盒子后解决了该问题,结果合理。   
另外还想请教一下老师,我使用的纯泛函+DZVP-MOLOPT-SR-GTH(加D3校正)做AIMD,目的是获得吸附位点,设置的步长1fs,步数7000步。
Q1:我这体系大概需要跑多少步?或者说怎么估算跑多少步合理?
Q2:  选择初猜结构后计算相互作用能,担心基组TZV2P-MOLOPT-GTH考虑counterpoise时计算耗时太高,使用TZV2P-GTH是否可行?

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发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
cheng1 发表于 2026-4-10 10:53
感谢老师,重新设置盒子后解决了该问题,结果合理。   
另外还想请教一下老师,我使用的纯泛函+DZVP-MOL ...

1 这事取决于体系、模拟温度、初始结构等,没法简单估计。比如可能存在的吸附位点越多,为了让吸附物有机会充分遍历各个可能位点,就需要越长的模拟时间

2 TZV2P-MOLOPT-GTH的BSSE问题很小,都可以不用counterpoise,结果比TZV2P-GTH强多了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-4-10 12:39
1 这事取决于体系、模拟温度、初始结构等,没法简单估计。比如可能存在的吸附位点越多,为了让吸附物有机 ...

十分感谢卢老师

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