“第10届量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班将于5月4-8日于北京举办,这是一次性完整、系统学习波函数分析的各种理论知识和全面掌握强大的Multiwfn波函数分析程序使用的最不可错过的机会!请点击此链接查看详情和报名方式,欢迎参加!

“第18届北京科音分子动力学与GROMACS培训班” 将于5月23-26日于北京举办。这是一次性全面、系统学习分子动力学模拟知识和最流行的分子动力学程序GROMACS的关键机会!报名正在进行中,请点击此链接查看详情,欢迎参加!

计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 80|回复 Reply: 0
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[CP2K] 请教高温AIMD模拟的初始结构的选取

[复制链接 Copy URL]

53

帖子

0

威望

595

eV
积分
648

Level 4 (黑子)

老师们好~我在研究氮杂环卡宾和CO2加合物(NHC-CO2)对某个铵根离子晶体P热分解的促进机理,计划用AIMD模拟。
实验发现,在100℃,NHC-CO2会脱去CO2(质量减少证明CO2逸出了),剩下游离的氮杂环卡宾(NHC),直到300℃整个体系开始热分解
但是现在遇到的问题是:
1. 将一个NHC分子放在离子晶体slab上做298.15K的NVT模拟5ps,想以此作为初始结构在2000K下做NVT的高温热分解AIMD模拟。但是298K的NVT,NHC已经开始夺取离子晶体中铵根的质子了,这个H和NHC中的卡宾碳结合了,剩下的NH3也跑到了表面。
2. 我又将NHC-CO2放在slab表面做298.15K的NVT模拟3ps,然后将吸附结构作为初始结构进行2000K NVT,又发现过程中CO2反复脱附后又吸附,没有得到裸露的NHC来参与反应。

所以对于正式的高温AIMD初始结构的选取拿不定主意,目前有以下想法:
方案A:跑"NHC-CO2+晶体slab"的298K NVT,从轨迹中取一帧,手动删去CO2,以此作为高温AIMD的初始结构。
方案B:跑"NHC+晶体slab"的298K NVT,就用质子转移后的结构作为高温AIMD初始结构。
方案C:跑"NHC+晶体slab"的398K NVT (398K是实验NHC-CO2脱去CO2的温度),质子肯定还会转移,用5ps后的势能平衡的结构作为高温AIMD初始结构。

请问老师们哪种方案更合理呢?或者其他什么做法更合理呢?谢谢老师们~~

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-4-13 12:31 , Processed in 0.146744 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list