计算镧系离子与蛋白结合能结果异常

huchen

各位老师、同行好，

最近在计算镧系离子（Lu³⁺）与蛋白（Lanmodulin EF-hand位点）的结合能时遇到了严重的数值异常问题，希望能得到指点。

优化： Gaussian，水平：pbe0-d3 / [金属用 SDD, 其他原子用 6-31G*]。

单点：将 Gaussian 产生的结构使用Multiwfn转化为inp文件，在 ORCA 中计算单点能，水平：pbeo-d3/def2-TZVP

体系：我采用了如下的配体交换模型

  [M(Protein)(H2O)n] + (n-k)H2O ⇌ [M(H2O)nq+ + Apo-Protein

结合能=-19386.44846+8×(−76.443816556685)  − 14550.1737939413−4759.6618661997=−688.1633323125Hartree

附件附上所有体系的输入文件 ，

恳请各位老师帮助 。

sobereva

那叫PBE0-D3(BJ)不叫pbeo-d3
结合能能达到这种数量级，要么原子数没配平，仔细检查结构；要么用的赝势不一致，仔细检查相关设置

huchen

sobereva 发表于 2026-4-6 03:04
那叫PBE0-D3(BJ)不叫pbeo-d3
结合能能达到这种数量级，要么原子数没配平，仔细检查结构；要么用的赝势不一 ...

感谢卢天老师的回复