请教MM/PBSA与FEP的区别

王涛

我在网上看到其他人对MM/PBSA与FEP着两个方法的对比
MM/PBSA：隐式溶剂误差大、对离子/高电荷体系不准。忽略构象熵（需额外做 NMA 或 quasi-harmonic 分析）。仅用于相对比较与快速排序
FEP：高精度绝对/相对结合自由能，但计算昂贵
我想请教一下，他对这个两个方法的对比正确吗？
MM/PBSA忽略构象熵的问题有更好的解决方法吗？MM/PBSA的结果是否可靠（网上说仅用于相对比较与快速排序）

sobereva

参考J. Chem. Inf. Model. 2011, 51, 69–82

jackshoulder

现在用于发表文章，MMGBSA和MMPBSA，在比较好的期刊上（尤其是计算类期刊），像JCIM，JCTC，JCPB等都不接受此类方法算结合自由能，他们更关注FEP，TI等方法。JPCB官网上出了通知，不再接受MMGBSA和MMPBSA方法计算结合自由能的pape，JCIM也是一样，直接拒。反正这两个期刊拒我的理由，是因为用MMGBSA和MMPBSA方法算结合自由能。

student0618

也要看看有没有实验、计算方法的定位。如果药物方向virtual screening方面MMPBSA还是有可能的。

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jackshoulder

student0618 发表于 2026-4-8 14:46
也要看看有没有实验、计算方法的定位。如果药物方向virtual screening方面MMPBSA还是有可能的。

**** 本 ...

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MilesYYh

jackshoulder 发表于 2026-4-8 15:22
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FEP算一个都能麻烦死，更何况是一堆，而且这两个方法的优势完全不一样。

jackshoulder

MilesYYh 发表于 2026-4-8 17:04
FEP算一个都能麻烦死，更何况是一堆，而且这两个方法的优势完全不一样。

没办法，没有得到编辑大大的赞赏，对于他编辑大大的拒稿，俺们也是无能狂怒，选择立马进行了转投。去他个🐦🥚

fhh2626

jackshoulder 发表于 2026-4-8 14:27
现在用于发表文章，MMGBSA和MMPBSA，在比较好的期刊上（尤其是计算类期刊），像JCIM，JCTC，JCPB等都不接受 ...

现在自由能计算领域的一个观点是MM/P(G)BSA对于相似的分子的定性结果都不一定正确，药物设计领域可能有不同观点

student0618

jackshoulder 发表于 2026-4-8 15:22
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祝顺利。