kappa受体激动剂分子动力学模拟中PDB结构的选择请教

wqm

各位老师，我准备做一个配体与 kappa 受体的分子动力学模拟。这个配体是激动剂，我在 RCSB PDB 上看到 kappa 受体有不少结构，既有与激动剂结合的，也有与拮抗剂结合的，所以现在有点拿不准激活态和失活态到底该怎么选。所以想请教一下，建模时应该优先选择哪个 PDB 结构？这两类结构除了构象状态不同之外，在后续模拟结果和分析思路上一般会有哪些区别？如果配体本身是激动剂，通常更推荐从哪一类结构开始做？