gmx模拟中水合物在盒子中间震荡应该如何解决？

yue888cow · 发表于 Post on 5 day ago

跑完md模拟后，vmd直观观察发现水合物晶体并不在盒子中保持固定，而是上下震动
如下面视频，视频来源https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acs.langmuir.4c03852

tbab.mp4 (1.3 MB, 下载次数 Times of downloads: 7)
md.mdp中已使用comm_mode Linear 和comm_grps System去平动
问题1：请问如何能做到像下面一样，水合物老老实实不上下震动？

微信视频2026-04-18_124415_973.mp4 (1.23 MB, 下载次数 Times of downloads: 7)

问题2：仅使用上述整体去平动是否会带来控温不严格？还是说这种震动本来就是正常的，第二个视频仅仅是动画效果？
下面是我导出整个系统的温度变化（设定为260K）

student0618 · 发表于 Post on 5 day ago

后处理轨迹用trajconv先对齐看看

sobereva · 发表于 Post on 4 day ago

mdp里消平动的组仅仅设水合物部分，轨迹里那部分才不会滑动。对整体消平动没用

yue888cow · 发表于 Post on 12 hour ago

sobereva 发表于 2026-4-19 08:02
mdp里消平动的组仅仅设水合物部分，轨迹里那部分才不会滑动。对整体消平动没用

sob老师，我考虑到水合物前期会分解因此选中了部分原子作为一个group，查初始gro文件发现原子编号也确实在水合物这一部分，最后nvt\npt\md三个mdp中仅选择了这个组去平动，结果水合物还是会滑动。这种滑动对模拟精度有影响吗？

sobereva · 发表于 Post on 12 hour ago

npt/nvt和md不是并列关系，描述严重不当，仔细看下文 "20 不要迷惑性地描述分子动力学研究过程"
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html）

滑动不影响精度

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[GROMACS] gmx模拟中水合物在盒子中间震荡应该如何解决？