请教gmx-mmpbsa计算结果有误

王涛

我的体系为短肽-铵根。我试着做MMPBSA结合能的计算，因为网上对模拟时间长或短没有定数，所以我选择了5ns与50ns进行模拟
5ns选择了最后1ns计算，50ns选择了最后5ns计算，都取了100帧。程序不到1分钟就出结果了。
模拟结果是，两个计算的结果感觉都不是很准确，5ns算出来是-0.09，50ns算出来是-0.02，文献中算的结果是-7.4。单位都是kcal/mol.
我想请教各位老师是因为哪一步导致这个能量计算不准确呢？
我个人猜测是体系的构型变化太大，不稳定。或者是intdiel选择不正确（我目前选择的是4）