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[GROMACS] 有冻结成分的生产模拟应该使用NVT还是NPT进行生产模拟

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本帖最后由 π大星 于 2026-4-30 16:20 编辑

各位老师好,我做了一个由CNT+GRA+纳米颗粒+离子+水的仿真模拟,我将两层石墨烯之间的水分子删除了节省模拟时间,并将CNT和GRA冻结处理,我想问问这种有冻结原子的模拟应该是采用NPT还是NVT进行生产模拟,之前有在论坛上看到过sob社长的帖子(谈谈做分子动力学模拟什么时候适合用NPT和NVT系综 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社),sob老师在里边说到有冻结原子,开启压浴容易崩溃,因此要用NVT,所以我比较好奇,有冻结原子的情况下只推荐使用NVT进行生产相的模拟吗?

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发表于 Post on 2 hour ago | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 牧生 于 2026-4-30 18:26 编辑

有冻结的推荐用NVT,但也并不是不能用NPT,有可能崩溃不代表一定崩溃。如果冻结一个小块,放在溶液内部,用NPT是完全没问题的。如果一个固体块表面有液体,且刚好充满整个盒子,用NPT也是可以的。但你这个体系有显著的空洞部分,所以得用NVT。
又菜又爱玩

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 楼主 Author| 发表于 Post on 1 hour ago | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2026-4-30 18:24
有冻结的推荐用NVT,但也并不是不能用NPT,有可能崩溃不代表一定崩溃。如果冻结一个小块,放在溶液内部,用 ...

好的,谢谢大佬

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 楼主 Author| 发表于 Post on 1 hour ago | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2026-4-30 18:24
有冻结的推荐用NVT,但也并不是不能用NPT,有可能崩溃不代表一定崩溃。如果冻结一个小块,放在溶液内部,用 ...

老师,我想另外问一下,如果用NVT进行生产模拟的话,我想的是先跑一下NPT预平衡,然后接一个短NVT预平衡,再进行NVT生产模拟,这个合理吗?短NVT预平衡有没有必要

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