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[GROMACS] 求助电解液体系径向分布函数问题

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本帖最后由 yanshuoyo 于 2026-5-12 09:30 编辑

老师们好,我现在用gmx跑完了一个电解液体系,在处理数据的时候遇到了问题,溶剂DME(乙二醇二甲醚),有两个氧与离子配位,在做径向分布函数的n(r)配位数的时候需要将DME的配位虚线除以二吗,只算DME单个氧与离子的配位,因为我觉得这两个氧都是DME的,那么不除以二的话DME的数量就计算成双倍了吧,但是看了一下配位数的概念又觉得不该除以二,已晕。配位数CN,定义为一个中心原子或离子在第一配位壳层内,与其直接相互作用的近邻原子或离子的平均数量。

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发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
对于计算一般意义的rdf(O...Li)(注意这体现的是DME的每个O原子,不是把DME里的两个氧合并成一个看待),不需要除以2
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 楼主 Author| 发表于 Post on 1 hour ago | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-5-13 00:25
对于计算一般意义的rdf(O...Li)(注意这体现的是DME的每个O原子,不是把DME里的两个氧合并成一个看待),不 ...

谢谢sobereva老师!明白了

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