请问如何模拟三聚氰胺甲醛树脂表面吸附分子过程？

Lym

当前我想要模拟溶剂环境中A分子吸附在三聚氰胺甲醛树脂上(由三聚氰胺甲醛聚合物:MF resins作为微球壳；尺寸大约在微米级别).
由于实验获得的三聚氰胺甲醛树脂微球太大，且还希望能够使用Gromacs进行计算，所以想到的方案就是去简化模型，如图(b)中绿色虚线显示的那样，只考虑接触面，简化的方案(1):将平衡后的一定尺寸的聚合物上下加水溶剂，将n个A分子随机放在溶剂上侧； 方案2: 只将聚合物上放上水和n个A分子;
当前已经利用sob老师的sobtop软件获得了聚合物的初始构象，具体操作：获得一个MF resin(如图(a))相应的itp, 在盒子中放入了100个相同的MF resin进行能量最小化，NPT平衡(使用平均的Rg判断当前的聚合物是否平衡）。后续打算使用amber19SB力场去考虑水和A分子
想向各位老师请教：
1. 方案1还是方案2更合理一些呢？
2. 目前想要去获得聚合物的方法是否可行呢？（只构建一个低聚物，然后去得到它的itp，之后在top文件[ molecules ]部分改相应的数目）
还是需要去构建一个长链，或者是无定形交联的聚合物呢？

恳请各位老师指点！
如果有表达不对的地方，也请批评指正，提前先谢谢各位老师的帮助。

akakcolin

这个简化思路很合理，方案1合适；方案2可能需要对聚合物底层的位置进行强约束
热固性树脂，默认交联，低聚物不太合适，不过高分子量也不好模拟。
其实你的问题核心是需要构建一个无定形交联的模型

student0618

注意amber19sb是蛋白力场。水模型是例如opc/opc3/spce/tip3p，Amber系列小分子的话是GAFF/GAFF2。

Slab模型很常用的，可放心去用。

1 和 2 用周期性跑的话都是差不多的，分子都会跨pbc跑另一头。只想考虑其中一个表面的2可以加wall。