ZIF-8纳米颗粒团簇切割的问题

Henry1313

各位老师同学们大家好，我是个分子模拟的新手，目前想做一个将ZIF-8纳米颗粒导入到TFC膜水相中这么一个分子模拟过程，在处理ZIF-8纳米颗粒材料时遇到了一些问题，我从CCDC网站上下载的cif格式的ZIF-8晶体，放到MS里做了个3*3*3的超胞，然后想切成一个球形的团簇，因为我的TFC盒子打了个5*5*10的大小，所以切的ZIF-8球体半径设为了12.5A。但是切出来的结构与正确的分子式对应不上，不知道应该去掉哪部分C原子，或者在哪部分进行补全，还请各位老师指导一下。

睡觉不打鼾

为什么要和分子式对上？这是一个奇怪的要求。以MOF-5为例，是Zn4O(bdc)3，但是难道你打算将对苯二甲酸拦腰截断，或者有些Zn配位的羧酸删掉吗？只要符合化学直觉，没有悬键、把分数占据的原子删至符合实际情况。

针对ZIF-8，只要没有孤零零几个原子被周期性盒子截断的基团、基团上没有原子有悬键。比如我看你这个图，好像就有分数占据的-CH6，也有咪唑被截断的C-N-C。把甲基咪唑补全、把-CH6删至-CH3，有足够大的孔道和框架，就可以进行计算了。

可以先在一个晶胞里make P1，删原子，然后扩胞，再把边缘的基团处理好。