单体在两相溶剂界面反应的模拟疑问？

downpuor · 发表于 Post on 2026-7-10 15:11:42

各位老师，我的两相为水相和有机相烷烃，水相中存在单体A，有机相存在单体B，单体A和B会在界面处发生反应，但是理论上反应较慢；如果在水相中加入离子液体，则会促进单体A和B在界面处的聚集反应。我主要是想证明1.单体A和单体B在界面时具有稳定性，我是否该利用pull计算在三个位置的自由能，或者将单体A和B定义为三个组，这三个组分别处于形成界面的两相溶剂中的水，烷烃和界面三个位置，通过计算每个组和对应位置的溶剂自由能来比较？2.证明离子液体扩散到界面后，加速两个物质想界面处的扩散，但是模拟过程中物质的扩散总是处于四处波动而不是向界面方向稳定扩散，那么计算自扩散系数是不是就行不通？

sobereva · 发表于 Post on 2026-7-11 02:52:45

“...时具有稳定性”指代不明，不知道你说的是什么稳定性

我不知道离子液体加速界面反应的机制是什么，如果离子液体倾向于往界面处聚集，并且反应物对离子液体亲合性比对水/烷烃的亲合性更好因而容易被离子液体带到界面去，计算反应物在离子液体中和在水/烷烃中的溶解自由能并求差就能从热力学角度说明问题。如果从动力学角度说明，可以统计反应物分子周围水/烷烃/离子液体的原子数随时间的变化来说明是反应物分子比较亲离子液体

downpuor · 发表于 Post on 2026-7-13 23:29:35

sobereva 发表于 2026-7-11 02:52
“...时具有稳定性”指代不明，不知道你说的是什么稳定性

我不知道离子液体加速界面反应的机制是什么， ...

老师就是说单体A和单体B分别是亲水和亲油的，两种物质无法跨越界面到另一相但是在自发扩散下，会在界面聚集并且通过相互作用稳定存在于界面而不再向两相扩散。离子液体加速界面反应，目前讨论的是离子液体对两种单体的溶解度比较好，同时加入离子液体还能够降低界面张力。设计的是想在离子液体扩散到界面的基础上，对比不加入离子液体的两相界面，加入单体A,B后，是否能发现A和B更快的在界面接触。

downpuor · 发表于 Post on 6 day ago

sobereva 发表于 2026-7-11 02:52
“...时具有稳定性”指代不明，不知道你说的是什么稳定性

我不知道离子液体加速界面反应的机制是什么， ...

老师如果我利用select命令统计TBB周围0.5nm的HEX分子，实际上统计的是TBB周围0.5nm处符合条件的HEX所有原子总数，也就是对同一个分子会重复统计，那么我是简单的将最后结果处于HEX的原子总数，还是说不能这样简单的处理，因为不一定每个原子都符合统计条件，是不是就需要另写命令呢？我使用的命令是：gmx_mpi select -s md.tpr -f md.xtc -n index.ndx -select 'resname HEX and within 0.5 of resname TBB' -os hex_number.xvg

sobereva · 发表于 Post on 前天 06:59

downpuor 发表于 2026-7-20 21:30
老师如果我利用select命令统计TBB周围0.5nm的HEX分子，实际上统计的是TBB周围0.5nm处符合条件的HEX所有原 ...

每个分子里的不同原子的原子名都是不同的，你用选择语句统计特定原子名的数目就等于分子数

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