如何在leap中加水盒子时使其紧贴膜？

tomwong4253 · 发表于 Post on 2017-6-6 15:52:10

本帖最后由 tomwong4253 于 2017-6-6 15:52 编辑

各位，本人遇到一个小困惑。
手上有一个已经构建好参数的膜结构，中间被我挖空了一块准备插入不同的通道蛋白，计算蛋白对离子的选择透过性。
在AMBER中我发现加水盒子时无法使盒子的边缘贴紧膜的边缘，我用的模型是TIP3PBOX，AMBERTOOLS16版本。
命令是 solvate XXX TIP3PBOX {0 0 10}
构建的结果如下图，展开周期性边界视图，发现这个模型是“四面透风”的。这样模拟离子很可能会从边缘漏过去。
请问AMBERTOOLS中或者手动修改inpcrd文件能否达到使盒子紧贴膜的边缘从而使膜在周期性的情况下连成一片？
感谢各位！

PS：GROMACS的话可以直接手动修改GRO文件，但这个东东因为是合作项目只能用AMBER，膜的类型和大小又不好改，让我甚是头大～～～

sobereva · 发表于 Post on 2017-6-6 17:03:10

难免有缝隙。只要一开始别把水加到磷脂层的区域里，模拟之后很快边缘就并拢了。如果有水钻进去，模拟初期把水在Z方向加限制势

嫌leap建模不方便用packmol也行。或者用VMD的选择语句清掉磷脂层区域的水。

tomwong4253 · 发表于 Post on 2017-6-6 18:24:00

sobereva 发表于 2017-6-6 17:03
难免有缝隙。只要一开始别把水加到磷脂层的区域里，模拟之后很快边缘就并拢了。如果有水钻进去，模拟初期把 ...

感谢Sob大人回复=w=

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