请问做对接的时候一定只可以保留极性的氢原子吗？

jase20 · 发表于 Post on 2017-6-9 21:04:40

在用autodock vina做对接的时候，一定只能保留极性的氢原子吗（polar hydrogen）？如果使用全部的氢原子会不会对对接结果有影响？
还有一个问题就是在对接过程中，蛋白应该是一直保持静止状态吧？也就是说蛋白的结构不会发生变化对吗？
使用伞形抽样（对小分子施加简谐性）是不是在一定程度上可以类似于对接的功能呢？
另外在用GMX做分子动力学模拟的时候，如果直接使用的重原子结构（就是没有氢）会对结果产生较大的影响吗？（会不会影响氢键的生成？）

sobereva · 发表于 Post on 2017-6-9 21:18:53

可以在对接时考虑对接位点的几个残基的柔性，作相应设置即可
伞状取样和对接没有直接联系
GROMOS力场虽然是联合原子力场，但是极性的氢和芳香氢还是有的，是绝对不能缺少的

greatzdk · 发表于 Post on 2017-6-10 09:14:59

autodock 可能存在这个问题， vina不存在氢选择的问题，一律是融合到其他重原子上的，使用的是united atom scoring。
http://mgldev.scripps.edu/piperm ... October/009581.html

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