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[GROMACS] 最小化输出文件中不是每一步都输出能量

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最小化输出文件中不是每一步都输出能量,但是正常结束,跑完整的动力学后,径向函数分布图有问题而且空间分布图只出现如图2所示的图,如图所示,这是什么原因呢?谢谢!

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图1.png

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发表于 Post on 2017-6-13 21:14:42 | 只看该作者 Only view this author
看优化轨迹和最终结构,如果没问题,rdf跑成什么样和你极小化根本没有直接关系
力场设定、MD的参数、结构的构建、rdf统计设定才影响rdf图
你没交代具体是什么体系,rdf统计的是什么,光给那个图什么也说明不了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-6-17 11:09:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-6-13 21:14
看优化轨迹和最终结构,如果没问题,rdf跑成什么样和你极小化根本没有直接关系
力场设定、MD的参数、结构 ...

我模拟的是纯离子液体,rdf统计的是N原子与Br-的距离。最小化,体系平衡,退火,产物平衡都正常结束了,但是不知道rdf图就做出的是这样的?

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发表于 Post on 2017-6-17 15:39:23 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2017-6-17 11:09
我模拟的是纯离子液体,rdf统计的是N原子与Br-的距离。最小化,体系平衡,退火,产物平衡都正常结束了, ...

结合轨迹的实际情况以及rdf的定义,从而分析rdf曲线的合理性
只要绘制rdf的命令没有错误,rdf总是反映实际轨迹的情况
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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