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[Amber] 含硼化合物拓扑制作

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楼主
最近手里有一个复合物体系要用AMBER跑MD,怎奈小分子中含有硼原子,sqm没法制得小分子的拓扑文件。。。
特发帖请问各位计算大神,有什么方法可以制作含硼化合物的拓扑文件?

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发表于 Post on 2017-6-16 01:31:07 | 只看该作者 Only view this author
自己拟合参数吧,amber手册里明确写了不支持硼
要么换成gmx,试试OBGMX能不能产生此分子的gmx拓扑文件(参见http://sobereva.com/266
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-6-19 15:13:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-6-16 01:31
自己拟合参数吧,amber手册里明确写了不支持硼
要么换成gmx,试试OBGMX能不能产生此分子的gmx拓扑文件(参 ...

谢谢sob老师的建议!可否追问一下,如果手动拟合参数,具体需要怎么做呢?因为之前从来没有做过,有没有参考教程之类呢?

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发表于 Post on 2017-6-19 16:13:50 | 只看该作者 Only view this author
potions 发表于 2017-6-19 15:13
谢谢sob老师的建议!可否追问一下,如果手动拟合参数,具体需要怎么做呢?因为之前从来没有做过,有没有 ...

几句话说不清楚,这是个坑,你google搜搜,能找到一些教程,一些力场原文里也会介绍他们是怎么做的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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