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楼主 Author: yanmu
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[新手求助] 找过渡态遇到的问题

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-15 21:23:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-6-19 18:35
没特别的必要时不要用弥散,否则速度慢很多(对于找过渡态来说,弥散毫无必要,即便是阴离子体系,优化时弥 ...

老师,我想问一下一般反应中质子化怎么处理,像A + H+= AH+的反应,算自由能时,是直接优化一个H离子计算吗?对质子有没有特别的处理?

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发表于 Post on 2017-9-15 22:10:51 | 只看该作者 Only view this author
yanmu 发表于 2017-9-15 21:23
老师,我想问一下一般反应中质子化怎么处理,像A + H+= AH+的反应,算自由能时,是直接优化一个H离子计算 ...

看此文,直接给了质子气相下的热力学数据
J. Phys. Chem. A 2014, 118, 11090−11097
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-16 11:03:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-15 22:10
看此文,直接给了质子气相下的热力学数据
J. Phys. Chem. A 2014, 118, 11090−11097

谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-25 21:22:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-6-19 18:35
没特别的必要时不要用弥散,否则速度慢很多(对于找过渡态来说,弥散毫无必要,即便是阴离子体系,优化时弥 ...

老师,我找到了一个过渡态,并做了irc,# irc=(calcall,maxstep=5,notrust)  m062x/6-31+g(d),但是取最后一个点做几何优化时#p opt=calcfc freq pop=nbo m062x/6-31+g(d)
却出现了 Error in internal coordinate system的错误,这时候该怎么解决?如果要发文章的话,这种IRC文件要提交的吗?但是作irc向后产物连接不到你想要的那个结构时,怎么办?




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发表于 Post on 2017-9-25 21:27:22 | 只看该作者 Only view this author
yanmu 发表于 2017-9-25 21:22
老师,我找到了一个过渡态,并做了irc,# irc=(calcall,maxstep=5,notrust)  m062x/6-31+g(d),但是取最后 ...

opt里写cartesian
不用提交
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-26 07:53:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-25 21:27
opt里写cartesian
不用提交

直接用opt=cartesian,还是opt=(cartesian,calcfc).如果不用提交,怎么保证找到的过渡态是正确的,没有人检查的吗?

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发表于 Post on 2017-9-27 11:25:24 | 只看该作者 Only view this author
yanmu 发表于 2017-9-26 07:53
直接用opt=cartesian,还是opt=(cartesian,calcfc).如果不用提交,怎么保证找到的过渡态是正确的,没有 ...

用calcfc对收敛有益,但更耗时

做振动分析、走IRC
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-11 12:00:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-6-19 18:35
没特别的必要时不要用弥散,否则速度慢很多(对于找过渡态来说,弥散毫无必要,即便是阴离子体系,优化时弥 ...

老师你好,对找到的一个过渡态做irc,取最后一个点用b3lyp优化时,其中有个C-O键没成,但是用m06时C-O成键,我的其他基元反应都一直用的b3lyp,这样的话是不是要将所有的反应物中间体过渡态都要换成m06呢。

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发表于 Post on 2017-10-11 18:14:50 | 只看该作者 Only view this author
yanmu 发表于 2017-10-11 12:00
老师你好,对找到的一个过渡态做irc,取最后一个点用b3lyp优化时,其中有个C-O键没成,但是用m06时C-O成 ...

有机反应用M06-2X比B3LYP和M06都更可靠。M06不是给有机体系用的
成不成键看键长度、键级等指标,不要看gview有没有判断成键
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-11 20:44:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-10-11 18:14
有机反应用M06-2X比B3LYP和M06都更可靠。M06不是给有机体系用的
成不成键看键长度、键级等指标,不要看g ...

恩恩,是用的m062x,只是对同一个过渡态用b3lyp和m062x做irc的结果和取irc最后一个点优化后的结构不一样,我整个反应是用b3lyp计算的,但只有那一步只有用m062x取irc的最后一个点优化能得到想要的结构,所以要通篇改成m062x吗?


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发表于 Post on 2017-10-11 21:32:37 | 只看该作者 Only view this author
yanmu 发表于 2017-10-11 20:44
恩恩,是用的m062x,只是对同一个过渡态用b3lyp和m062x做irc的结果和取irc最后一个点优化后的结构不一样 ...

B3LYP下,IRC跑长一点,末端优化时减小步长上限且用calcall再试
有机体系用B3LYP一般不会给出定性错误的结果
实在没辙再通篇用M062X,反正不能混着用,交代不清
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-12 09:02:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-10-11 21:32
B3LYP下,IRC跑长一点,末端优化时减小步长上限且用calcall再试
有机体系用B3LYP一般不会给出定性错误的 ...

好的,谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-13 11:16:02 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 yanmu 于 2017-10-16 17:35 编辑

计算了一个过渡态,胺上的N亲核进攻醇胺上的C,脱去一分子水,生成缩醛胺,然而计算的能垒比较高,40多kcal,想着用一分子水去协助降低能垒,可是过渡态一直调不好,一直有内坐标出错,要不就是振动模式不太对,不知道该怎么办了,我已经试过了50多次了。希望听听老师的建议,谢谢老师。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-24 11:53:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-6-19 18:35
没特别的必要时不要用弥散,否则速度慢很多(对于找过渡态来说,弥散毫无必要,即便是阴离子体系,优化时弥 ...

老师,用# opt=(calcall,noeigen,ts) freq  m062x/6-31g(d) 找了一个过渡态但是有两个虚频,一个90多的虚频对应甲酸根挤掉乙酸,另一个虚频是30左右对应的是乙酸根上的甲基旋转振动,想要的振动是第一个,怎么把第二个虚频去掉呢?谢谢老师

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发表于 Post on 2017-12-24 14:16:46 | 只看该作者 Only view this author
yanmu 发表于 2017-12-24 11:53
老师,用# opt=(calcall,noeigen,ts) freq  m062x/6-31g(d) 找了一个过渡态但是有两个虚频,一个90多的 ...

按照不想要的虚频模式稍微移动结构重新找过渡态
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