新手求教AMBER的相关问题

qq8942128

各位老师好，刚学习AMBER这个软件，所有的东西都不是很懂，我先说一下，我是在Ubuntu系统下安装的amber，我想请教几个问题：第一：我现在想构建一个DNA小片段，教程里说需要使用文本文档编辑一个
molecule m;

m = fd_helix( "abdna", "aaaaaaaaaa", "dna" );
putpdb( "nuc.pdb", m, "-wwpdb");
保存为nuc.nab
我想知道这个文件保存在哪？
第二个问题是：在调用sander的时候需要这三个文件
The sander input files are available here:
01_Min.in
02_Heat.in
03_Prod.in
这三个文件保存在哪？
还有就是我调用程序的时候会出现
未找到命令
希望各位给一些指导

qq8942128

yb@yb-VirtualBox:~$ cd amber16/
yb@yb-VirtualBox:~/amber16$ cd bin
yb@yb-VirtualBox:~/amber16/bin$ xleap
xleap：未找到命令

qq8942128

yb@yb-VirtualBox:~$ cd amber16/bin/
yb@yb-VirtualBox:~/amber16/bin$ ./nab nuc.nab
/home/yb/amber16/bin/to_be_dispatched/nab: nuc.nab: no such file (arg # 1)

milkxx

qq8942128 发表于 2017-7-1 17:13
yb@yb-VirtualBox:~$ cd amber16/
yb@yb-VirtualBox:~/amber16$ cd bin
yb@yb-VirtualBox:~/amber16/bin$ ...

如果文本界面 应该用tleap

qq8942128

milkxx 发表于 2017-7-1 19:12
如果文本界面 应该用tleap

非常感谢，我想请问一下，我是想设计一个DNA片段，需要用文本文档储存一些命令，我想问一下这个文本文档保存在哪？我主要是用NAB这个程序，但是调用NAB的时候 显示无法找到文本

sobereva

搞不清楚路径就写绝对路径呗，比如/home/test/nuc.pdb

milkxx

qq8942128 发表于 2017-7-1 22:14
非常感谢，我想请问一下，我是想设计一个DNA片段，需要用文本文档储存一些命令，我想问一下这个文本文档 ...

nab 一般在amber安装目录bin目录下， 在不清楚PATH的情况下 写绝对路径绝对是个好建议
另外说明一下 nab 属于ambertools

qq8942128

非常感谢  但是我现在又遇到一个新的问题 我想构建一个简单的DNA片段 根据教程里的步骤走 但是却输出不了结果，只得到一个文件 内容为：
#include <stdio.h>
#include <string.h>
#include <stdlib.h>
#include <math.h>
#include <assert.h>
#include "nabcode.h"
extern char NAB_rsbuf[];
static int mytaskid, numtasks;


static MOLECULE_T *m;



int main( argc, argv )
        int        argc;
        char        *argv[];

{
        nabout = stdout; /*default*/

        mytaskid=0; numtasks=1;

static STRING_T *__st0001__ = NULL;

m = bdna( STEMP( __st0001__, "cgcgaattcgcg" ) );

putpdb( "nuc.pdb", m, NULL );

        exit( 0 );

}