公社群聊Q&A整理：2017.06.22 21 ~ 2017.06.29 09 Concate

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2017-7-24 01:56:05

本帖最后由 liyuanhe211 于 2017-7-24 07:43 编辑

本帖由 @元江1994 整理

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2017.06.22 21:01:42
Q:
[图片]请问老师，做电子密度差图时候，nosymm是放在这里么？
A:
y
此时写了也多余，整个体系优化时候用nosymm毫无意义
片段又不能优化
Q:
咿，那这样写，对吗？
[图片]
# freq b3lyp/6-31g(d) pop=nbo nosymm
A:
对
如果体系有对称性，此时这么干会导致频率计算耗时增加甚巨
产生波函数文件尽量甭和其它任务搀和在一起、
仔细看此文
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sobereva.com/297
Q:
老师，我的片段A，片段B， AB 三个都是对称的
[图片]
然后这里说要加 nosymm，但是您说计算时间增加甚巨大，那怎么办呢。硬着头皮算？
A:
仔细看此文
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sobereva.com/297
Q:
谢谢
对啊，我算电子密度查，为什么算频率。我感觉也不需要我就看看电子
请问老师，我用multiwfn画电子密度差图
[图片]
然后开始finished，
finished 100多/117，时候，multiwfn闪退了，这是为什么呀
A:
上传所使用的文件
Q:
哦，老师，我刚才有看了一下您的例子，原来是因为我直接用的chk文件放进去的
我算出wfn文件后，再放进去，就没有闪退了
我以为chk，wfn是通用的呢，可以互相代替
A:
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379
[图片]
Q:
对不起，还好我自己试出来了，我一定好好看
[图片]奇怪的是，我把坐标输入到老师的例子里（gif）后，再放到gaussian里，居然产生了一个X原子
[图片]我把一行，删了，X原子就没有了
OA:
按理说fchk比wfn文件信息更多
Q:
嗯，我就这么想的，然后想错了
OA:
每一步都不求甚解造成的折磨
人家说的fchk文件，不是你的chk文件
他直接用chk？
fchk文件可以做（大部分任务的）输入文件
[图片]
chk好像是二进制的
Q:
我用的mn-nn .fchk 然后mn.chk, nn.chk
[图片]
A:
[图片]
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2017.06.22 21:06:55
Q:
[图片]问下老师在做加权平均时，每个构象的ECD图谱横坐标的波长范围不一样，该怎么处理？
[图片]老师这是两个构象的ECD数据，可是横坐标波长不同，该怎么加权平均 Yuanhe
A:
插值呗
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2017.06.22 23:43:53
Q:
请问大家，Multiwfn里不能复制粘贴吗？为什么我点鼠标右键没反应？
OA:
先右键你的标题栏，点属性
A:
看手册5.4节
Q:
手册真是宝啊，只可惜是英文
A:
外国人：Multiwfn博文真是宝啊，只可惜是中文
OA:
Multiwfn手册很通俗易懂的，远远比4-6级考试阅读理解容易多了
sob老师可以考虑把博文做成双语版
A:
没时间做
而且之后每次更新，还得更新两个版本
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2017.06.23 09:56:45
Q:
请问哪位有gamess-us 2016年8月的版本?现在官网能下到的是2017的版本，多谢
OA:
思想公社论坛啊。
A:
本群里说的论坛默认指“计算化学公社论坛”
目前没有叫做“思想公社论坛”的存在
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2017.06.23 10:25:56
Q:
[图片]请问水分子的O原子不是有两对孤对电子吗，理论上其范得华面上静电势极小值点有两个，但利用multiwfn分析时，只得到一个极小值点？谢谢！
不知这样来处理？
A:
ELF、LOL等方式能更鲜明地体现孤对电子，仔细看
使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度
http://sobereva.com/108
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2017.06.23 10:28:45
Q:
那利用multiwfn分析的结果是正确的吗，谢谢
和经典理解还是有差距的
A:
这和等值面数值有关系，某些等值面数值下，静电势有两个极小点
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2017.06.23 10:39:46
Q:
做RDG的填色图，为何原子中间变成了空白[图片]
高斯view可以设置
A:
peace 超过色彩刻度上限的就是白的。程序自动把密度超过0.05的区域的RDG设为100以屏蔽其等值面
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2017.06.23 13:26:07
Q:
[图片]老师，我想问一下，我想做这个聚合物的振动分析，在gv里应该怎么画呢，我不能一直画n个这种单体然后连起来啊
A:
[图片]
在gv里建成一维周期性体系就完了
自行鼓捣gv的pbc界面里的选项
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2017.06.23 14:09:48
Q:
老师，这样一个分子筛模型，里面的Cu离子是二价的，它的自旋多重度大概有哪几种呢？我判断不出来
OA:
2，4，6，
Q:
谢谢老师，它的单电子主要来自哪几个原子呢？老师
OA:
做自旋密度看看就知道了
A:
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353
Q:
如果变为一价Cu，它的自选多重度会改变吗？老师
A:
什么变为x价
算出来电荷怎么分布就是怎么分布的
Q:
建立模型的时候，有几步反应需要是一价Cu的，老师
A:
建模、计算根本体现不了Cu是几价！
要有基本的量化概念
算出来是什么样就是什么样
Q:
好的，老师
老师，想要判断分子筛体系有几种可能的自旋多重度，是做自旋布局计算吗？
A:
2，4，6，
一看电子数就知道，自旋多重度只能取偶数
Q:
老师，我数出来的单电子个数是偶数个的
A:
输入文件直接拖进gview，看状态栏上判断的电子数和当前电荷数就知道什么情况
Q:
是所有的偶数自旋多重度都有可能吗？还是就2，4,6这三个？老师
A:
都可能，你这种体系，越低的可能性越大
Q:
那一般计算到多大就可以了呢？老师
A:
最低三个
Q:
三个单电子?
A:
字号不要超过12，注意群文件里群规
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2017.06.23 14:25:53
Q:
老师您好！请问用CASTEP计算一个簇合物的能带和态密度，导入晶体数据之后[图片]出现多个簇单元和溶剂分子以及阴离子，那我在计算的时候是不是只保留一个簇单元就可以呢？（另外一个簇单元，溶剂分子和阴离子都删除）怎么设置自旋多重度和价态呢？[图片]，谢谢老师!
A:
你要是当成周期性来算就没法只保留一个簇单元，你要保留一个就只能当成孤立体系来算
先确定打算以什么模型来算
要是当成孤立体系，就取一个簇单元，删掉溶剂、离子，用Gaussian算，算完了用Multiwfn绘制DOS图
Q:
其实就是想算能带和态密度
Gaussian已经算完了单个簇分子
A:
直接用multiwfn绘制DOS就完了
这种体系，你周期性计算的到的实际态密度和单个分子用multiwfn产生的DOS不会有多大差异
考察能带也意义不大，本来分子间耦合就很弱
Q:
其实测试具有半导体性质，所以想算一下能带
分子间pai-pai比较强
A:
那叫pi-pi
Q:
π-π
是的，是的
A:
半导体性质直接从单个分子得到的DOS就可以讨论
就算用PBC计算绘制严格意义的能带图，不同k点对应的gap相差不多，也没法得到什么更多额外的信息
这种有机晶体导电的分析，一般都是根据marcus理论从电荷转移速率上讨论，需要算电荷转移积分
Q:
也是，只是很多文章都为了好看，或者显得高端一点就弄上这些能带什么的
谢谢老师，我已经用multiwfn绘制了DOS,请问老师有可以建议哪些什么方面的资料可以分析这个图吗？
A:
没什么专门的资料，DOS资料网上一搜一堆
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2017.06.23 14:41:33
Q:
老师，算出来的东西一般是怎么跟价的概念联系上的，怎么按那种经典的哪个轨道和哪个轨道的电子配对的模式解释出来？
A:
使用Multiwfn通过LOBA方法计算氧化态
http://sobereva.com/362
Q:
谢谢老师，还有个疑惑，比如ch4 我看结构化学书上是把算出来的四个轨道硬是给平均线性组合成了四个波函数，每个波函数都基本是c的sp3加一个h的s 这么组合出的四个函数有意义吗……？
是北大出的一本结构化学书
A:
忘记那些东西，除非你要做目前非主流的价键理论计算
量化计算上没有这些概念
Q:
不是微扰，那本书还没到那么深的概念
多谢老师
就这东西我这不好发图书写的太分散了
但是这四个新的轨道也不是单电子能量的本征态所以我没搞懂它是干嘛的
A:
为了便于理论推导方式求解分子问题
量化计算根本不用这套东西
Q:
是不是就是人为的硬想的组合出来的这么个东西？
A:
恩
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2017.06.23 15:16:03
Q:
老师麻烦问一下。离子晶体超胞表面的悬挂键需要配合吗
A:
没具体情况没法说，如果本来通过共价方式连接一个原子，现在没那个原子，该饱和就饱和，别让单电子悬在那里，否则电子结构会混乱
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2017.06.23 15:21:13
Q:
Symbolic Z-matrix:
Charge and multiplicity card seems defective:
Multiplicity is not positive.
请问这个问题如何解决？
两个单位正电荷的闭壳层体系，多重度设为1
A:
8成是格式问题
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2017.06.23 15:22:25
Q:
请问各位一下，学习动力学模拟有没有必要学习一门编程语言比如python???
A:
字号不要超过12，注意群文件里群规
Q:
请问各位一下，学习动力学模拟有没有必要学习一门编程语言比如python???
A:
字号不要超过12，注意群文件里群规
再不改就禁言了
居然还发两遍
Q:
请问各位一下，学习动力学模拟有没有必要学习一门编程语言比如python???
A:
踢了
OA:
漂亮
还发了三遍
A:
虽然给踢了，但还是回复这个问题：
不是必须学，但会了会方便很多
VMD里的tcl语言对于编写动力学分析脚本极为重要，比学其它编程语言重要性更高
OA:
丁是丁卯是卯
sob老师讲究
相当给力
A:
我认为的对动力学研究的学习重要性顺序
1 tcl编程，为了结合VMD写分析脚本
2 shell编程，为了便于控制、自动处理等
3 Fortran或C编程
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2017.06.23 15:22:25
Q:
老师好，在VMD里面画出这样的ELF图[图片]，怎样添加标尺呢？代表各个颜色值
A:
[图片]
前者显示色彩刻度，后者显示几何标尺
Q:
色彩刻度的位置可以更改么，是显示在左下角，而且不是和这个图在同一个平面
A:
把分子的层设成冻结，色彩刻度的层取消冻结，按t键，窗口里拖动就能移动色彩刻度条位置
[图片]
Q:
现在显示的都是F
可以了老师，谢谢
vmd里面画出来的图是不是都不是很清晰啊，我得到的图怎么灰蒙蒙的
OA:
想办法二次加工
pymol或者povray
Q:
这两个是什么呢？画图软件？
OA:
baidu
A:
关掉depth cueing
Q:
嗯嗯已经关掉了
A:
光源问题
打开其它光源再看看
如果你的目的只是把已有的格点数据的截面图显示出来，用Multiwfn效果好得多
OA:
我一般最后的图片都要用pymol 抛下。比较干爽
A:
chemcraft显示平面图的效果比VMD也好很多
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2017.06.23 15:42:36
Q:
请问对于这些编程老师有没有推荐的书籍？
谢谢老师，找了很久，非常感谢
A:
1 tcl：http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=3029
2 shell编程：http://linux.vbird.org/linux_basic/0340bashshell-scripts.php
3 Fortran编程：彭国伦《Fortran95程序设计》
Q:
谢谢老师
老师，还有个问题，请问没有编程基础的人看什么书好入门呢？
A:
学个Fortran，看彭国伦那本
Q:
好的，非常感谢
A:
Fortran几乎是最容易学的语言
效率高，写着方便，应用广泛
Q:
python 基础学 crossin的教程够不够呢？
嗯，谢谢老师
A:
python我不怎么用，没发言权
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2017.06.23 16:00:35
Q:
老师，偶然发现这个MolSci网站上Multiwfn的主页还是旧的，不知道能不能改
http://molscience.com/software/Multiwfn
A:
不是我建的，我改不了
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2017.06.23 17:37:41
Q:
300多个原子算tda能跑得动么？
stda更近似了
A:
机子好就跑得动
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2017.06.23 17:51:18
A:
Matito提出的图形化展现动态和非动态相关的方法挺不错的，值得读读其文章
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=6183
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2017.06.23 17:57:29
Q:
请问很久没上论坛，账号会实效吗？
啊啊啊，好像失效了……不知咋办
A:
没有自动失效这一说
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2017.06.23 19:44:25
Q:
各位大神，在这里弱弱的问一下分子活性Ki值如何转化为结合自由能？
记得以前是DELTAG=-RTlnK，直接把公式中的K换成Ki就可以了吧？
但是看文献中好些是用的DELTAG=RTlnK这个公式，前面没有负号，到底哪个是对的呢？有点糊涂了，还请各位大神有空帮忙解答一下，谢谢！
A:
若deltaG是指结合时能量变化（负值），则Delta_G=RTlnKi
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2017.06.23 22:27:21
A:
EOM-CCSD、CASSCF可以描述双电子激发
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2017.06.23 22:31:20
Q:
请问老师，我想优化一个带正电荷的分子，然后再计算它的吸收光谱，这应该怎么设置呢？直接修改自旋多重度么？
A:
y
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2017.06.23 22:32:55
Q:
老师，我在考虑溶剂化效应的时候，把二氯甲烷直接用它的分子式写的，这可以吗？
A:
看手册，甭自行发挥
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2017.06.23 23:11:51
Q:
[图片]请问从这个分子的从化学观点来看是不是应该两个氧原子带的电荷是最负的啊，我在b3lyp/6-31++g(d,p)下计算了下ADCH电荷的确是这样，一篇文章中计算的RESP电荷结果是C8原子的电荷最负
A:
C8显然不应当最负
文章8成写错了，RESP怎么着也不会算出那种结论
Q:
[图片]这是那个文件的关键词
[图片]然后用AmberTools计算的RESP电荷
A:
你先看看MK电荷算出来什么情况
Q:
好的老师，我正在算
[图片]这次用的MK算的
N原子最负，
C8和O差不多
A:
不要太在意C8的拟合静电势电荷。
MK这种常规拟合静电势方法对C8这种被包埋的原子，电荷数值往往并不合理。RESP虽然会好一点，但也是做了一些人为限制，物理意义并不强。
无论MK还是RESP，主要目的在于重现分子范德华表面的静电势，并不代表各个原子的电荷能反映实际电子结构。
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2017.06.23 23:31:09
Q:
想请教大家如何用gaussian的scan做两个变量的scan，就是同时改变两个健长。非常感谢
A:
两个要扫的变量后面都写扫描步数和步长就完了，但并不是同步变化
Q:
像 B 1 4 s 60 0.1 B 12 13 s 60 0.1 这样输入吗？
A:
[图片]
Q:
谢谢老师，我不太看得懂，您看看我的
[图片]
A:
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331
你这叫柔性扫描，不叫scan
B没必要写
不要把freq和当前任务搞在一起
Q:
[图片]
是这样吗？
A:
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331
Q:
[图片]
[图片]
[表情]
A:
作者也不看看NBO官方手册
[图片]
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2017.06.24 04:00:17
A:
新文章
使用Multiwfn绘制构象权重平均的光谱
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=6186
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2017.06.24 08:04:31
Q:
老师，消虚频的方法都在这里吗
http://sobereva.com/164 还有别的博文解决虚频问题的吗试了各个方法都没消除一个—10以内的虚频
A:
没有其它任何方法能解决虚频。解决不了是你用法不对
----------------------------------------------------
2017.06.24 09:11:08
Q:
请教各位老师一个问题，做fukui指数亲电进攻的cube显示出来的positive的部分是不是就是亲电进攻容易的位置，然而negative是不易亲电进攻的位置？谢谢
A:
看Multiwfn手册4.5.4节的例子和讨论
----------------------------------------------------
2017.06.24 09:57:37
Q:
老师，我想咨询下，对于CT态，我是否可以用最低未占据轨道的能量的提高近似认为激发态的能量提高了
A:
先看哪些轨道跃迁主导的这个激发
如果都是往这个LUMO激发，可以近似说明，如果不是就没法说明
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2017.06.24 09:58:25
Q:
老师们，请教一下，Gromacs能否计算高分子自由体积？
A:
gmx有freevolume命令，至于算的和你说的是否是一回事我不清楚
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2017.06.24 11:19:50
Q:
sob老师，我用您的SobMECP软件在 ./runMECP.sh这步时出错，出错信息如下： [图片]，我算您给的例子是成功的，我的JobA和JobB的也是正常结束，请您帮忙看一下问题在哪里，谢谢您
A:
检查自动产生的高斯输入文件合理，如果报错了，检查输出文件
有些情况可能得把模板文件用dos2unix转一下。论坛上有人因为这个遇到莫名其妙的错误。
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2017.06.24 12:00:50
Q:
请问MCI（多中心键级）为较大正值表示有芳香性，为负值表示什么意思，是具有芳香性嘛？
还是反芳香性？
是说MCI结果不准确，不建议使用嘛？
A:
看几中心的。三中心时负值有可能暗示3c-4e作用，更多中心时没有明确意义，数值较小时可以忽略。而且弥散函数往往会导致没意义的明显负值的出现
----------------------------------------------------
2017.06.24 15:19:40
Q:
sob老师，我分析NBO电荷是出现607错误，您建议我用NBO5或6
用NBO5或6分析时，不是得先用guassian 09 得到*.47文件么？
我在得到*.47之前就出现了607错误
[图片]
A:
那叫NPA电荷，仔细看
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
NBO6有能直接连着高斯用的版本，自行去买
Multiwfn能通过fch直接产生.47文件，看
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379
----------------------------------------------------
2017.06.24 15:28:06
Q:
老师，您告诉过我跃迁偶极矩与波函数的相位差有关，不过赖文的量子化学上好像基本没提到这些知识，我想了解深入一些，请问可以在哪本教材上看到相关内容呢？
A:
哪本书都有
[图片]
连这里都写了
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
----------------------------------------------------
2017.06.24 16:02:06
Q:
sob老师：我用的multiwfn-3.3.8版本，在主功能100的子选项2里想转化fchk到*.47文件，但没有转到*.47的选项
[表情]
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.06.24 16:04:41
Q:
想请教一下各位老师，CEP-121G这个基组的特点是什么呢？偶然看到一篇计算Ni的平面四方配合物的文章里对Ni和S用了这个泛函，想知道这个有没有什么特别的地方，谢谢各位老师~~
A:
不要用它，没好处
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373
Q:
所以Ni就用SDD可以吗？
A:
y
Q:
然后有机配体部分都用6-31+G*可以么？
A:
去掉弥散
Q:
好的，谢谢老师指导~
A:
问前看博文
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
----------------------------------------------------
2017.06.24 16:34:04
Q:
各位老师，我有个问题想请教，对于有2个或3个HCl分子的体系，如果2个或者3个HCl分子相连接，那么H和Cl可以形成氢键吗，如果存在，范围大概是多少可以认为是氢键作用？如果不存在这种作用应该如何称呼。谢谢老师
原则上是要电负性高和原子半径小的元素和H不过，也有研究说我说的这种体系也可能存在
A:
one& 可存在
就是常规氢键
用RDG方法一看就知道有没有
Q:
谢谢老师，没有接触过这方面的知识，能具体给我说说或者有相关的资料吗？
OA:
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
A:
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
----------------------------------------------------
2017.06.24 16:37:44
Q:
请问各位老师，VASP里的GGA泛函能够像Gaussian一样做长程校正吗？具体该怎么操作呢？谢谢啦~
A:
不能
----------------------------------------------------
2017.06.24 16:39:43
Q:
请问AE-CCSD(T)和CCSD(T)有什么区别
A:
前者强调是全电子计算而已
----------------------------------------------------
2017.06.24 17:17:34
Q:
大家好，请问下大家，我用sto-3g计算碘甲烷分子，是不是特别的不好，审稿专家那里是不是肯定会被毙掉？
是。
A:
秒拒
Q:
那你还用→_→
A:
文章放30年前都发不出去
OA:
用手摇计算器计算一下说不定能发J. Chem. Edu.
Q:
但是这个计算出来的基态数据值与实验值很接近
A:
JCE也不水
Q:
然后我就用了
OA:
“守株待兔”
A:
8成是没什么可比性的数据碰巧装上了
要么“接近”这个标准太宽
OA:
你算啥性质，居然sto-3G最“接近”
按理论和计算结果相比较的套路来选的机组
还是不靠谱
“按理论与观察相结合的套路来选择捕捉兔子的方法”
Journal of Chemical Education 居然是4区，噫！我以为ACS的期刊都三区朝上的
A:
天朝的《化学教育》连核心都不是
JCE已经很好了
OA:
难道冷门
A:
IF比物化学报还高
OA:
天朝的计算化学期刊，也就物化学报看着挺好
看看这期刊收啥类型的文章
好奇ing
A:
分到化学综合类里，才是四区
要是有个化学教育类里，JCE明显1区了
OA:
有印象的一篇是如何找决速步
A:
对
65也不水
[图片]
----------------------------------------------------
2017.06.24 18:09:10
Q:
老师你好，请问DSD-PBEP86这个适合算芳香结构例如石墨烯的能量吗
因为他与B3LYP算的能量差别很大
有点不太确定
A:
适合
----------------------------------------------------
2017.06.24 18:18:04
Q:
sob老师，请问今年有没有培训班？
A:
北京科音办的培训班FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5098
Q:
培训班考虑开设两期吗？在另一个时间地点开设也行啊。没得报名就满名额了，好可惜
好多人想去没得名额
A:
目前不打算
----------------------------------------------------
2017.06.24 20:48:50
Q:
http://url.cn/4Aouk5q
[分享] Sci-Hub被索赔1500万美元，以后论文还能免费下么？
[图片]
A:
美国能干的顶多也就是把境内对sci-hub的访问给封了
Q:
→_→明知能判决不能执行，还浪费许多诉讼费
我昨天试了几次都无法打开，不晓得是不是这个原因
想想将来美国人要翻墙来中国上Sci-hub
现在好像没问题
不能执行不是人家不诉讼的理由，逻辑不对
也不一定要用中国IP
A:
打官司表立场
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2017.06.24 21:00:03
Q:
老师您好！能不能请教一下：什么是mean unsigned error?
老师您好！它的定义是什么，如何计算？
A:
[图片]
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2017.06.24 21:29:34
Q:
[图片]
请问这种Gradient trajectories of the electron density怎么看
A:
AIM学习资料和重要文献合集
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=362
里面大量相关讨论
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2017.06.24 21:33:40
Q:
请问一下有没有关于那个把NTO的轨道图生成cube的帖子
谢谢老师
A:
Multiwfn产生出NTO之后，按照此文导出cube文件就完了
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
Q:
谢谢卢大
A:
用ID称呼
Q:
谢谢Sobereva老师
今天刚刚才看过这个帖子，结果不做还不知道怎么具体操作，真的是服了自己，特别感谢老师
[图片]cube文件打开后是这个样子的，，，，
是不是错了
multiwfn看轨道是这个样子的
A:
若确认cube正确，gview里恰当设置等值面数值
Q:
这个不知道怎么弄
A:
不会就用VMD看，博文里写得很详细
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2017.06.24 21:55:10
Q:
请问怎么升级ssh客服端
A:
删了旧的装个新的
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2017.06.24 22:12:03
Q:
我觉得和这个类似，http://sobereva.com/253，cube文件用已有的，生成Surface的时候在Density后面设置等值面数值。
A:
对
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2017.06.24 22:20:05
Q:
请问一下初级量化班什么时候开啊，我提前准备准备
公社里没任何消息。
A:
[图片]
北京科音办的培训班FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5098
所有关于时间的问题，一律以官网为准
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2017.06.24 22:24:27
Q:
刚起步学习，请教群友们个问题，如果我计算的目的只是看某一分子的HOMO，LUMO 和电子分布，是不是只进行 optimization就行？不用算opt+freq？还有就是计算最开始是不是得先算energy？然后再进行opt? 因为是刚开始学习，求组里印度人教我他给的方法我总结如下：第一步，对initial 结构进行energy 计算，第二步，算opt+freq; 第三步把上步的log文件用GView打开，calculation setup: Job type 选择energy，method 变同上一步，additional keywords 一栏加上：density=all pop=full 第四步，生成fchk文件，第五步，Gaussview 打开fchk visualize HOMO,LUMO. 针对上面的步骤他教我时我有问过每一步含义，但是每次他的解释都不一样，所以我就困惑了，而且他教的步骤，跟我在书上(（exploring chemistry with electronic structrure methods）)看的感觉不一样，想请群里的前辈指教下，这个计算步骤对么？
补充一句，真心没有故意怀疑教我的印度前辈，只是真的好多他的解释让我疯掉了，第一天他教我时，甚至忽悠我，说Job type： energy的含义是是使能量最小化，相当于对initial结构进行预优化看了书自学后发现明明含义就是单点能的计算，这一job根本没有geometry 变化
A:
德国人的可信度整体较高
Q:
好的多谢你，那如何查看频率是否是极小值？我一般就检查算完后还是不是中性态
OA:
没，用英语
Q:
想问下，他教的第三步就是在我生成fchk文件前要运行 job type 选择energy，method 同上一步，additional keywords 一栏加上：density=all pop=full 这一步么
A:
外国人也以讹传讹
Q:
啊？我后来在论坛里学的是算完 opt 后直接把chk 生成fchk ,然后在高斯里用cubegen 命令生成cube文件然后用GView 查看的没用印度人教的
A:
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
Multiwfn看最快最简单，Multiwfn+VMD效果最好
gv看轨道根本牵扯不到cube文件，瞎折腾
gv看轨道界面直接会自动调用cubegen产生MO波函数格点数据
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2017.06.24 22:42:32
Q:
请问各位前辈，IRC中用了verytight，那么之前反应物，产物，过渡态的也都要用吧
A:
IRC写verytight干嘛
Q:
网上说虚频过小可以用这个解决啊
A:
你这是IRC，不是opt
而且“虚频过小”完全语义不明
Q:
就是绝对值小。
A:
那叫消除小虚频，不叫虚频过小
Q:
哦。。。那请问下过渡态虚频只有-30几，是不是有问题
A:
通常这根本不是对应化学反应的虚频，过渡态没找对
如果只有这一个虚频的话
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2017.06.24 22:52:25
Q:
[图片]
老师，打扰你一下。由于这个太简单了，不好意思在群里问，能不能帮我看看，这是怎么回事？安装成功却说没有g09命令
A:
[图片]
根本都没法正常运行，何来“安装成功”
图中是最正规、最简单的安装方式
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2017.06.24 23:04:50
A:
JCC的新的IP,EA,fundamental gap测试文章
[图片]
Q:
CAM-B3LYP综合表现最好？
wB97X不错
A:
wB97X综合最好，M062X算IP最好
Q:
调控后会不会更加好
A:
不过此文没有测w调控泛函，用的双杂化也太老
Q:
用DSD系列看看也许也会好
A:
[图片]
global杂化成份的影响测了一下，应该补充对w的影响的测试
整篇文章感觉深度不够
Q:
个人感觉这文章还是有点“水”
A:
[图片]
老的双杂化虽然不怎么样，但是比MP2还是强多了
Q:
现在看到很多文章都是罗列一大堆分析，蜻蜓点水洋洋洒洒十来页，没有深度，就是在凑篇幅
他用的啥测试集
A:
此文继续巩固了这个事实
[图片]
Q:
当然发必然能发，但没有任何意义
不过 Benchmark类的都是这个套路吧
结论：XXXX泛函好，为啥好？
A:
有益结论：
算IP老老实实用M06-2X
算EA、fundamental gap可用wB97X
老的双杂化不占便宜
至于MP2早点忘了吧
Q:
审过两篇稿子理论方法部分把QTAIM如何分析解释一页，把ELF再解释半页还有其他等等
ip ea 这样的数据不考虑环境的话一般不容易被实验科学家接受。
A:
现在的很多“为啥好”的讨论都局限在HF成份上（虽然这确实对结果影响最大），而对GGA泛函形式的讨论较少了
Q:
我记得sob老师以前发过有些地方还是能用MP2的幻灯片
IP EA是本征数据，没有什么环境的影响
不知道scrf 对不同的泛函影响大不大。
A:
参考值是CCSD(T)
Q:
麻烦sob老师给一下那页，我还没来得及收藏
IP EA 受环境影响非常之大
A:
[图片]
测试前先把CCSD(T)结果与NIST上的对了一下，证明CCSD(T)的可靠性
Q:
什么叫“scrf 对不同的泛函影响”？
A:
L和H是NIST上实验数据的下限和上限
Q:
这实验数据是气态的还是什么态的？
它给的测试集的IP EA很多都已知的，应该以实验数据为基准
A:
DOI: 10.1002/jcc.24828
Q:
比如同样加个是scrf(water) , b3lyp 的IP 变化和 m062x 的IP变化是不是一样
哈哈真正的好文章是那种读完拍大腿叫好的文章
ccsd(t)结果很多时候跟实验差0.2-0.3 eV很正常
也就是和气相对比，考察的是对溶剂的响应性咯？
是的
看我前几天推荐的O2的jacs文章读起来太爽了
不同HF%对 scrf的响应性
那个 introduction写得惊呆了
EA IP是本征数据，都是孤立分子
前所未闻的诗歌体
当然是气相
Wes和Hoffmann的风格
实验上大部分的数据都是固体或者液态下的ip ea把？
[表情][表情][表情]
当我不是做这些实验的吧[表情][表情][表情]
根据这结论，如果文章里既要算IP，EA，又要算 FG，是不是要分两个泛函算？
而且更厉害的是，搞实验的还喜欢拿真空下的HOMO LUMO 去对比凝聚态下的IP EA。。。
这种习惯，一定程度上阻碍了泛函的发展。
比如这篇文章测的m062x 很好。做实验的无脑拿去算HOMO LUMO，发现跟实验值差的巨大。于是放弃使用之。。
A:
非要用一个就用wB97X
Q:
这只不过是统计结果而已
有可能对于specific case 其它泛函会好
Benchmark给出的结论具有一定的指导作用，不过具体到个案，还是要算算的
A:
此文对各类有机体系有效
过渡金属、团簇等另谈
Q:
就他们学乖了，算ip ea，如果不加scrf。准确的方法还是和实验值差的大。
问题是加了scrf，又过度极化了。准的方法还是算不准实验值。
所以根本矛盾在于，由于模型的不完善，导致准的方法算不准实验值。
而不准的方法，反而可以通过各种误差抵消算准。
最后的结果就是，准的方法输给了不准的方法。。。
误差抵消也不完全是坏事
A:
所以，和高精度理论方法对比比较省心
Q:
是啊正是因为误差抵消。。。很多时候理论可以准确的预测。
但也是因为误差抵消。导致了理论上“理想主义有节操”的方法收到冷落。而一些会“现实主义钻空子”的方法热门。。。
哈哈钻空子
这有点像泛函走物理路线好，还是参数化路线好
A:
理想主义：Becke
理想结合现实：Grimme
现实主义：Truhlar
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2017.06.24 23:14:11
Q:
我想做酯酯交换反应的过渡态，可一直找不到过渡态
群里面有南昌的吗，想大家聚聚聊一聊相互学习学习
A:
画都一样画，差别体现在计算时候电荷和自旋多重度的设定
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2017.06.24 23:28:23
Q:
g16怎么安装？和g09一样？正版的
A:
g09换成g16就完了，其它都一样
Q:
好的
g16 和g09的命令是相同的吧？
嗯嗯
安装了g16可以不卸载g09吗？
A:
可
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2017.06.25 08:29:53
Q:
找到了正确的过渡态，但irc时SCF不收敛，请问老师，这时可以采取什么措施呢？
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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2017.06.25 09:12:43
Q:
老师，一个临界点连接多条键径表示的是什么意思？
A:
你的图看不清楚，没法判断
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2017.06.25 13:55:46
Q:
老师，在使用multiwfn和gaussian能量分解时，计算色散作用能是要用到mp2和hf的能量差，那么用counterpoise矫正么？最后的结果是不是可以表示为：Etot/bsse=Etot+Ebsse=Edis+Eorb+（Eels+Eex）+Ebsse？Etot/bsse为矫正后的相互作用能
A:
用不着管BSSE问题，用带足够弥散函数的基组就完了
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2017.06.25 16:29:36
Q:
请教大神确认一下，用Gaussian计算简缩福井函数，是不是需要分别对charge=-1，0，+1进行结构优化，获得chk文件转化为fch文件后，在multiwfn中计算相应原子电荷（比如Hirshfeld Charge），再根据公式算得？
A:
只优化中性，不要优化+1和-1状态
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2017.06.25 20:13:09
Q:
老师我之前优化某一个结构A一直有虚频所以我加了int=ultrafine.为了把这个结构和我其他没加ultrafine就优化成功的结构对比能量，我是不是只需用优化出的A结构去掉ultrafine再计算一次单点，然后再比较呢？这样做对吗
大神是跟我说话吗？
A:
可，对
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2017.06.25 21:21:52
Q:
老师好，请教一个问题，我有一个过渡金属Ir配合物，用它和氢气反应，反应的过渡态只有M06和M06L方法才能找到，其他的方法B3LYP,B3PW91,BP86,TPSS,PBE,PBE0这些都找不到过渡态，想请问有没有其他可以考虑的泛函来寻找过渡态？
也可以考虑试一下，我不知道为什么只有M06才能找到过渡态
能垒不符合预期……换别的方法也找不到这个过渡态……
A:
与其试一大堆，还不如直接上好点的双杂化泛函来找
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2017.06.25 21:34:56
Q:
问一个问题，怎么得到单层BN的结构？MS可以直接导出不？
A:
nanotube modeler就能键单层BN结构
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2017.06.25 21:44:30
Q:
sob老师我有一个忘了问你看下这是怎么回事我搜索半天没弄明白而且好像对结果也没有影响吧
[图片]
有一个输出文件一打开就弹这个warning
A:
不用管
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2017.06.25 23:58:12
A:
每回初级培训我都强调不许用6-31G或6-311G
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2017.06.25 23:59:12
Q:
初级培训班下次啥时候哇
A:
www.keinsci.com
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2017.06.26 09:38:06
Q:
请问老师，Multiwfn3.4（dev）在Windows10中运行，怎么可以设置可以将电脑所有的cpu和内存用上呢？[图片]，[图片]，谢谢老师！
A:
修改settings.ini里的nthreads
内这机子8成是4核8线程，设成8速度并不会更快
内存该用多少自动用多少，不是你设的
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2017.06.26 10:42:22
Q:
请问做荧光的密度差图没有意义对吗？
密度差图是基于分子构型不变的情况，荧光计算的时候分子构型改变了，有道理吗？
OA:
那是激发态的密度差图啊，也不是荧光的吧
Q:
密度差图是基于分子构型不变的情况，荧光计算的时候分子构型改变了，这个图能说明这句话对或者不对吗？
[图片]做激发态，用哪个减去哪个？
不明白，[图片]这得到的是E0（ES），那E1(ES)怎么得到？
E1(ES)时的wfn就是优化激发态得到的？
OA:
这不就是优化激发态得到的那个波函数嘛
Q:
我明白了
OA:
也就是你优化激发态结构以后，如何做单点得到该结构下的基态？
Q:
#p opt E1(ES) density o3lyp/6-311g** out=wfn这样可以吗？
把优化后的激发态结构坐标复制替换基态的坐标就可以了？
EDD操作过程会，只是对于荧光操作所用的这些wfn是如何得到的不理解
这次应该是替换后的基态减去优化的激发态了吧？
怎么总感觉这样简单的替换不踏实呢？替换和算个单电效果是一样的？
我现在考虑的是基于激发态分子构型的基态wfn，这样简单替换是否可行
wfn文件里哪些是行坐标？
A:
上传输出文件
先压缩
Q:
最后就写的1.wfn
A:
搞不清楚就把绝对路径写清楚
不懂什么叫绝对路径就google
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2017.06.26 12:26:02
Q:
老师好，计算得到的ecd和实验图谱相差好多，体系含有CHO共24个原子，共计算了15个态，是什么原因呢
算了4个构象，DFT b3lyp/6-311g＋(d)
好的，体系含有cho 24个原子，用你说的基组耗时好长
一共6个构象，根据能量把2个舍去了
后面的cyc指的是？
A:
6-311G*算ECD足够了，增加弥散或者用def2TZVP并没有什么用处
考虑构象权重平均
使用Multiwfn绘制构象权重平均的光谱
http://sobereva.com/383
以及考虑培训班幻灯片上列的其它因素
6-311G*算ECD足够了，增加弥散或者用def2TZVP并没有什么用处
考虑构象权重平均
使用Multiwfn绘制构象权重平均的光谱
http://sobereva.com/383
以及考虑培训班幻灯片上列的其它因素
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2017.06.26 13:03:47
Q:
请教一个问题，如果需要对研究体系生成fukui function盆，用multiwfn如何操作？谢谢
A:
先通过主功能5产生出福井函数的格点数据，然后进主功能17产生盆，用的函数选择内存里当前的格点数据，就得到了福井函数的盆
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2017.06.26 13:21:34
Q:
老师，您能给我发一下别人引用您和肖萌的GCDA情况吗？最好是找英文的
A:
你用google搜索搜那篇，直接就能选择查看此文被什么文章引用了。显然我不会去做这个统计
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2017.06.26 14:37:25
Q:
请问：两个分子间有弱相互作用，优化后有三个虚频，都是分子整体的摇摆振动；取这一结构做过渡态搜索，得一有一虚频的结构，但分子结构与前有所差异。取前一结构，加calcfc，又获得另一无虚频的稳定结构。现在不知道下一步该如何做？我目的是想证实我设计的这一结构或者稳定或者不稳定。谢谢
OA:
。。。到底想干啥
他看这个结构是否稳定存在。我估计
没看明白
咋一会儿过渡态一会儿极小点？
Q:
请问，寻找过渡态一般怎么找，比较好的方法是什么呢，要是用扫描，最高点好像不是过度态，然后要怎么解决呢
OA:
自己画初猜，opt=TS
Q:
只是好奇，能不能问一下是从何得知扫描是“寻找过渡态一般、比较好的方法”？
自己试着几个，发现有一个虚频，但是都是优化失败
我只是问下，扫描是不是可以得到过渡态
A:
过渡态、反应路径的计算方法及相关问题
http://sobereva.com/44
不可以
Q:
全势能面扫描的过渡态行不行
A:
那也得再经过先插值，再找一阶鞍点
老有初学者找过渡态言必曰扫描
就像说到弱相互作用言必曰BSSE一样
Q:
刚找过渡态的那会儿，发现有个课题组的所有学生找过渡态都是猜测成键断键的那几个键长，然后直接固定那几个原子就直接做优化，不加ts关键词，我差点也学上了。。然后他们说这是他们老师教的最简单的方法
OA:
[图片]厉害哦
那你现在怎么找过渡态，也是用初始结构加上opt=ts吗
Q:
>95%
猜个合理结构，然后ts啊
OA:
这么高
Q:
偶尔用柔性扫描产生初猜，在此基础上用opt=TS
OA:
那就要一个一个的试呀
试啥？初猜？
Q:
大部分情况下都不用试吧，画出来都可以找到的。尤其是熟悉的/文献里报道多的反应类型，过渡态大概长什么样都知道
A:
许多初学者以为靠柔性扫描就可以代替化学直觉了，就可以不动脑了
Q:
好的，谢谢
开始觉得费劲，后来找出来几个之后慢慢有经验了发现这是最快最好用的了
那个组的学生有的也凑出来了，但肯定不准确。好多凑不出来的，他们就说过渡态不存在，惊呆了
从原理上就不可能凑出来吧
A:
我培训班里讲过渡态搜索都是给一堆例子，尽量培养出听众对各种过渡态结构的直觉
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2017.06.26 15:23:06
Q:
想咨询下，如果你用初始结构找到了过渡态，你能确定就只有一个过渡态吗，难道就没有其他的了吗
OA:
有可能有，这与极小点的构象搜索问题相同
Q:
以前做光反应，审稿人告诉我有两个过渡态，说我只找到了一个，是不是错误的
有时候也凑出来了，振动也是那么回事儿，但是那个结构肯定不精确。不过凑一个都用二三十次他们耐心真是强大
A:
对有一定经验的人，只要不是偏门的过渡态，几次初猜之内都能找得到实际过渡态
至于一些初学者傻乎乎常用的QST2，倆极小点间有多个过渡态也只能找到一个TS
Q:
嗯啊，现在一般的过渡态还是很直接的
请问一下你们优化过渡态一般都是气象还是溶剂？我现在的组所有的计算都是在溶剂中优化，瞬间感觉好多过渡态好难找
溶剂
以前的组都是气象优化，然后溶剂单点
没觉得QST2傻。
气相优化出过渡态，加上溶剂效应，opt=ts老也收敛不了。沿反应坐标把键长左右微调一下，opt=qst2，很快就收敛
A:
那是用opt=TS的时候不够聪明
Q:
讲个例当然能找出来，不说明问题。
怎么做是聪明的
A:
QST2直接给出的过渡态初猜经常违背基本化学直觉
Q:
不是个例，最近算的TS难收敛的，QST2都比较容易收敛
A:
化学直觉+经验+理论背景知识=聪明
Q:
开始找的时候就加溶剂挺好吧，为啥先要找气相下的
说QST2比TS好，倒不如说使用者提供给opt=TS的初猜竟然还不如QST2傻瓜找出来的好
A:
气相耗时降低20%左右，并且可避免个别时候因溶剂模型造成的数值噪音找不成功
但一般还是建议直接在溶剂模型下来找，何况有些情况，气相和溶剂下势能面相差甚大
Q:
我用QST2是这样的：先猜出过渡态（可直接用于opt=ts），然后分别左右微调反应坐标方向的原子坐标，整出两个，作为opt=qst2输入文件。不是盲目依赖机器瞎猜。
这样的结构基本与猜的ts结构相差无几。
结构是opt=qst2比opt=ts收敛快
学过有机的，过渡态基本能猜个八九不离十吧
盲目瞎猜，qst2自然比不上化学直觉的ts
但是加上化学直觉的qst2，很强悍
这么麻烦？ opt=TS 优化完还要 opt=qst2再优化一边？
不是啊
同样的结构，opt=ts不易收敛，微调制成qst2输入文件，很快收敛
[图片]
假设“微调”足够“微”，则QST2插值产生的初猜就是TS的初猜，那么这说明的是当前结构下STQN比Berny好？
化学直觉猜出过渡态C，可以直觉opt=ts计算
也可以由C微调衍生出D和E，用DE进行opt=qst2计算。可以看到输出文件结构与C相差无几。
有时第二种方法比第一种容易收敛。
如果非要以AB做为输入算qst2，显然是不明智的
说QST2傻，不是QST2本身的问题，是人的问题
我认为在“微调”足够“微”的假设下，即使假设你的结论是统计的，你这种在TS初猜附近微调作为QST2“底物”“产物”结构的做法，说明的似乎是STQN与Berny的区别，不是QST2是否机智的问题？
+1
发动机如何工作的我不懂，只管开车……
这样行不行啊
很可能D和E都不一定在线上啊
毕竟不是优化出来的，是猜的
我之前的课题都是气态优化，最近几个课题用溶剂，感觉收敛难度加大，有时候很经典的过渡态，我以为一下子就能找到，结果在溶剂中找好久，有时候好崩溃
我最近也遇到这样的问题
你不妨试试我说的做法，有时候会奏效
不懂发动机如何工作也可以开车，但不懂怎么拉车门把手，每次都把车门拆下来、进车、再把车门装上就不大好了啊
我做了几个测试案例等工作站空下来测一测
A:
培训班=驾校
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2017.06.26 15:23:06
Q:
各位老师好，我想请教一个问题，我用高斯优化结构，总是出现错误，一直没解决
[图片]
这是最后结果出现的错误
A:
Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
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2017.06.26 16:01:48
Q:
老师，我用uhf做出猜计算双自由基，然后用casscf 计算总是出现收敛失败，这种有办法么？ cas 我用的是cas（6，6）
A:
参考
CASSCF计算双自由基以及双自由基特征的计算
http://sobereva.com/264
算双自由基通常没必要那么大活性空间
检查轨道确信活性空间设置合理
如果你确信活性空间设置合理，当前结构没太大问题，亦可尝试CASSCF收敛性做得更好的程序
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2017.06.26 16:07:59
Q:
冒昧的问一下：谁有关于氢键强弱相关的文献吗？比如键长、键能在什么范围内属于强氢键这样的
A:
[图片]
Q:
卢老师，非常感谢您！相关的发表的文献有没有啊？
A:
随便搜搜综述
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2017.06.26 17:21:19
Q:
老师那我该算多少个态，体系含cho 共24个原子
A:
姑且先算20~30个，不够再加
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2017.06.26 19:26:04
Q:
老师们好！本人现在找门舒特金反应的过渡态，具体反应如图所示：[图片]，但是高斯迭代计算了500次后，还是报错“Error termination request processed by link 9999”，我在怀疑是不是自己过渡态的初构画错了，求老师们帮忙答疑解惑，万分感谢！[表情]（关于基组，选的是B3LYP，泛函则采用混合鹰势，考虑了I原子的特殊性，这两者应该没问题）
附上输入文件
A:
加上隐式溶剂模型
maxcyc=300、scf=qc完全多余
Q:
[图片]Sob老师，是否选SMD？还有溶剂应该选择哪一个？
A:
实际什么溶剂就选什么啊
甭用gview写输入文件
溶剂模型怎么用看
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
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2017.06.26 19:46:03
Q:
[图片]请问老师，multiwfn中如何扩大分子轨道显示的范围呢，现在这个图有点放不下
可是我想看更精细一点的等值面图
[图片]
这个轨道应该是有两个极大值，精细度太低就看不到第二层了
A:
增大settings.ini里的aug3D
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2017.06.26 20:04:56
Q:
有一个问题请教大家，高斯和molpro输出的分子轨道有人测试过相同么？我用高斯与molpro使用hf/avtz输出同一个分子轨道的cube文件作出的图竟然不一样，因为我是做激发态，想看看被激发的轨道什么样，虽然高斯的轨道标记方式和molpro不一样但我计算的都是激发系数最大的轨道，基本可以排除轨道选择错误，以前用gview看的，现把chk文件和molden文件用multiwfn做的图放上来，可以看出这两个分子轨道连顺序都变了。左图molpro计算，右图高斯计算[图片][图片]
A:
先仔细对比输出的轨道能量
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2017.06.26 20:04:56
Q:
卢老师，如果一个体系是三线态双自由基，这种和普通的三重态有什么计算方法上可以比较差别么？
A:
没差别
Q:
[图片]左边是molpro计算的结果，右边是高斯计算的结果，低轨道的能量还能对应上，大于12之后18号轨道越过两个简并能量成了16号轨道
嗯，谢谢。如果一个分子激发后形成的s1或者s2这样的激发态假如说是单线态自由基能用td opt guess=mix 和基态一样进行计算么？这样的物理意义存在么？
A:
HF能量不同程序是可以精确对上的
如果体系有对称性，都不开对称性再对比试试
Q:
右上角的s表示什么？
A:
单重态的情况
----------------------------------------------------
2017.06.26 20:36:41
Q:
这个是出错的输出文件
[图片]
OA:
又见到久违的5/13=1了
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331
好好看上文，把所有上文提到的关键词删掉重新算
D.01版本（含）以前不要用GD3BJ算频率
[图片]简直是每个词都有毛病
[图片]
惊呆了！
不懂理论就计算的后果
[图片]
把最后这个例子换了
2333
个人感觉是不是往届的师兄or师姐告诉加的关键词呢
或者说留下来的文件
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.06.26 20:36:41
OA:
嗯嗯~
这个式子看起来像开壳层的~
[图片]
找到那个原始文献了
看起来，比我原来想的麻烦
一点儿也看不懂[图片]
做起来很简单
加起来就可以，就是项比较多
大师6牛
看到式子就发怵
就认识一个积分符号，其它字母都不认识。
[图片]
我就认识倒三角符号
请问为什么density out=wfn最后不生成wfn呢？
∫就认识个这
我们几个拼在一起就认识全部式子啦
三个臭皮匠
顶一个珍珠亮
物理里面的式子才更有看头
珍珠峰
三个臭皮匠顶一个冰棒棒
闭壳层的丢了两项。
怪不得总是不对。
只有GGA以及HGGA
mGGA的会更麻烦
公式只是看起来庞大，实际上没什么难度
[图片]
只有麻烦。。
[图片]
HGGA是指 hybrid GGA吗
A:
y
OA:
大博士，范围分离泛函属于哪一类呢？
特殊的
GGA与hGGA都可以有
A:
也算HGGA那一档
[图片]
Q:
这图好
A:
就是前两天说的计算IP,EA那个JCC里的图，没看啊
----------------------------------------------------
2017.06.26 21:03:31
Q:
[图片]老师，我看这篇文献是去△E小于5就可以呀
OA:
spartan
那就是全都算下分布，再取
Q:
一般分布小于多少符合要求呀
[图片]这是前4个的分布
OA:
spartan里也是这么搞的
Q:
[图片]我是这么做的，也先是优化，最后会出来6个构象
OA:
有条件用PM6搜搜看
Q:
太慢
OA:
你能忍的话还能用B3LYP搜
A:
使用Multiwfn绘制构象权重平均的光谱
http://sobereva.com/383
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577
gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2388
根据Boltzmann分布计算分子不同构象所占比例
http://sobereva.com/165
Spartan给出来的根本就不准，收钱它估算分布比率都不是用的自由能
更何况spartan里能用的那些方法最终给出来的分布比例可靠度，比如上帖子里用的方式差得远
Q:
spartan也就用来作为构象的初筛
后面肯定要DFT
A:
直接用Gaussian的UFF力场+molclus初筛足矣
或者高斯的PM6D3或MOPAC的PM6-D3H4半经验
----------------------------------------------------
2017.06.26 21:03:31
Q:
sob老师还想请教您一个问题。我在用DFT-GD3优化二聚体的过程中，两个分子的重叠方式与初始结构相比完全发生了变化，该怎么解决这种情况呢？
A:
现在gv6有个GMMX模块也用来做构象搜索，贵得要死，估计卖不出去几套
Q:
这是我的输出文件
A:
初始结构哪来的？如果是晶体结构，由于没了周围分子的束缚，变化大很正常
Q:
是从晶体中截取出来的
A:
那肯定和真空下构型差得多
Q:
那影响HOMO和HOMO-1 gap的讨论吗
A:
你如果就是想讨论晶体构型下的情况，把重原子坐标冻结，只优化氢原子位置就行了
----------------------------------------------------
2017.06.26 21:51:14
Q:
请问Multiwfn计算的分子体积和表面积是不是在常温常压下计算的啊？
A:
这根本不受温度压力影响
先弄懂原理、怎么定义的
----------------------------------------------------
2017.06.26 21:52:03
Q:
二群快要满了
A:
离清人不远了
----------------------------------------------------
2017.06.26 22:02:55
Q:
谢谢卢老师回复。要生成fukui 函数盆，选取主功能5后，接着选100用户自定义实空间函数吗？还是选取其他的？
A:
按照手册4.5.4节的方法计算福井函数格点数据
----------------------------------------------------
2017.06.26 22:04:04
Q:
molpro如何去除对称性呢？直接打空格它会自动判断对称性，不管怎样我就试着降低了它的对称性，可是两个程序能量几乎没有变化。我又查看了原子轨道数目，发现并不一样，高斯[图片]，molpro [图片],avtz就是aug-cc-pvtz吧
A:
从输出看，完全不对应啊
Q:
[图片]
A:
[图片]
左g09由molpro2010
molpro:
symmetry,nosym
orient,noorient
angstrom
geometry={
Na,,0.0,0.0,0.0
Na,,0.0,0.0,3.5}
basis=aug-cc-pvtz
{hf;print,orbitals}
put,molden,Na2.molden
G09:[图片]
----------------------------------------------------
2017.06.26 22:09:43
Q:
这是两者的输入
老师，我计算的s1能量怎么比t1 低非常多。 t1是用0 3 优化结构后得到的能量。s1 是用td opt计算得到的。
A:
相同结构下，才有T1能量总低于S1的关系
----------------------------------------------------
2017.06.27 09:00:00
Q:
[图片]老师好，我需要计算ecd,得到的构象应该怎么取，之前取了前四个，这次想全都算下有必要吗？
OA:
也就多了2个而已。。
试一下看看比例
Q:
好的老师，那还要优化第五个第六个构象，再算自由能
----------------------------------------------------
2017.06.27 11:26:03
Q:
请问sob老师，我想分析下反应路径，文献里做ELF很多用的都是中间体、过渡态的，我的TS前后基本没有中间体，可否均匀取IRC上一些点做ELF分析呀？谢谢！
A:
可以
RSC Adv., 2015, 5, 62248这篇就分析了IRC上一批点
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2017.06.27 12:10:48
Q:
拜读了你的过渡态、反应路径的计算方法及相关问题
http://sobereva.com/44一文中的NEB算法，你在讲PEB算法时候的公式和文献中不一样，文献中的目标函数是不是写错了？文献中有一垂直符号，而你写的是减号，并且文献中的力场数还乘了image的个数P？可能自己理解的不够，望老师或者了解这块的解答下谢谢了
A:
你可以看http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=105这里的相关文献里写的。你当前说的我现在没时间细看
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2017.06.27 14:04:56
Q:
大家对DFTB 跑 BOMD 有什么看法么。有化学反应的MD
OA:
没有仔细考虑过，找找这些半经验描述化学键拉长，扭曲，看看那个更好。
PMx系列给出的可能是焓这些热力学数据
感觉DFTB比PMx还是快不少
而且前者能处理周期性体系
A:
主要一方面也是DFTB不需要迭代，SCC的话会慢不少。PM系列就是省心，不用鼓捣参数。PMx也可以用在周期性体系上，MOPAC支持
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2017.06.27 14:20:48
Q:
3-21g基函数是相互正交的吗
A:
不正交
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2017.06.27 14:24:05
Q:
发现一个跟JCC类似的期刊
Computer Physics Communications
[图片]
也是这个画风
软件名: 简介
不过TDDFT也能给出基态信息
ZINDO/S如果类似的话，也是有基态信息
不过这个level还能算激发态就是了
A:
Computer Physics Communications这个期刊偏物理，但是也有不少计算化学有关的程序介绍比较有益。有些还是挺有名的
少计算化学有关的程序介绍比较有益。有些还是挺有名的
Computer Physics Communications这个期刊偏物理，但是也有不
----------------------------------------------------
2017.06.27 15:15:34
Q:
请教一下， Search did not lower the energy significantly.
No lower point found -- run aborted.这个问题怎么解决啊？构型优化的时候出现的
A:
换个优化算法，或者calcall，或者结构微调一下继续优化
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2017.06.27 16:06:30
Q:
nwchem这个能够算soc 耦合矩阵元吗？
A:
算不了
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2017.06.27 17:08:31
Q:
在文献中看到的[图片]
[图片]
[图片]
恩恩，我刚好也看到了sob老师这个帖子，但还是不明白这个文章中为什么用这个方法？我想看的是中性dimer结构的轨道。那这样的话是要算第一激发态？要指定root和nstates关键词吗？
那就不是ZINDO/S水平，而应该是ZINDO/1水平了
恩恩
恩恩，那我用它算试试。谢谢老师们啦
A:
二聚体没有带隙的概念，HOMO与LUMO能量差叫HOMO-LUMO gap
算这个用ZINDO完全莫名其妙，不要效仿其他人做法
Q:
恩恩谢谢sob老师的指正。那计算二聚体就用可描述色散作用的那些泛函就可以了吧
A:
是
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2017.06.27 17:50:30
Q:
老师，我是用mmff搜索完得到6个构象，根据里面的分布取了前四个，再优化算激发态
A:
MMFF做筛选哪可信，怎么也得用DFT，按我前面贴的帖子
筛选最起码得用M06-2X/def2-TZVP算单点，再加上中级别自由能热校正量（优化也是中级别）
Q:
用opt=modred关键词？我这个体系只有C和H，那是需要把所有碳原子坐标都冻结吗
A:
假设你最终要取4个，至少得用MMFF94粗略先晒出来20个，之后再用DFT算
重原子后头写-1，其它写0，直接opt
Q:
恩恩，好的，谢谢老师！
OA:
我猜计算化学用spartan在MMFF level下搜索的异构体一共就6个→_→
A:
算的自由能稍微差毫厘，波尔兹曼分布就能差很多
拿MMFF94给出的玻尔兹曼分布（而且估计还不是用的自由能）算构象权重光谱属于搞笑
Q:
是的
[图片]
老师，这是在spartan里用mmff搜索的，我看第五个第六个太小就舍去了，只算了前4个
那就是对这六个构象都算分布，然后再取舍吗？
方法不同搜索出来的构象个数也不一样吧
A:
看我的帖子
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2017.06.27 17:55:07
A:
高斯主页改版了，好看多了
Q:
[图片]
高斯在搞笑吗
A:
[图片]
Q:
[图片]
不算山顶，算是鞍点
强迫症要犯了
----------------------------------------------------
2017.06.27 17:55:07
Q:
各位大侠，初学TS搜索，用CASTEP靠谱不，还是DMOL3
A:
分子体系用高斯找TS
Q:
无机物表面水分子吸附解离过程呢
A:
用团簇模型研究这个的话高斯没问题，
周期性模型的话Dmol3、CASTEP都可以
Q:
谢谢您我考虑的是周期性模型，看来CASTEP，Dmol3都可以
好的好的
OA:
VASP也可以
vasp是不是得把VTST编译进去？
Q:
反应物，产物是不是得提前做结构优化呢
例如我考虑的无机物吸附水分子的模型
先将无机物晶胞结构优化，然后切面，充分弛豫
再放上水分子，这时候我固定了无机物的slab,可以吗
只允许水分子动
这样是不是不好
OA:
感觉不是很好，你可以问问@墨家弟子
Q:
有人跟我说过TS搜索，更多依靠的是化学直觉。。。。
我的直觉在哪里？。。。。。
OA:
有化学直觉的事半功倍，没化学直觉的事倍功半
A:
直觉+经验+运气
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2017.06.27 17:55:07
Q:
一不小心就看成了GAMESS
GAUSS是啥
新软件？
作者真会缩写……
好像是有个软件就叫Gauss？
A:
有个DGauss
Q:
用高斯优化，然后用其他软件做频率分析？
A:
还有个paraGauss
Q:
Gaussian的衍生程序？
A:
不是
----------------------------------------------------
2017.06.27 18:47:13
Q:
XTB的邮件，有趣了
[图片]
A:
不存在
面白い
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2017.06.27 19:18:27
Q:
老师您讲原子固定那个博文的编号是多少呢？找了一遍，没找见
A:
没写过
Q:
那这个去哪里找资料看呢？老师
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.06.27 19:23:02
Q:
J. Chem. Phys. 2017, 146, 204106.这篇最近的文章就是溶剂化中TD-DFT的解析梯度吧
A:
溶剂下解析梯度g09就已经有了
高斯开发者一堆搞溶剂模型的牛人，没高出溶剂下TDDFT二阶解析导不应该
----------------------------------------------------
2017.06.27 21:56:21
Q:
LOL图怎么确定相应的原子呢？
A:
先说清楚哪种图
等值面、平面、曲线图
Q:
[图片]
等值面
A:
这分明是填色图
Q:
哦哦
A:
后处理菜单有选项，让程序把原子标签显示出来
----------------------------------------------------
2017.06.27 22:07:58
Q:
之前一段时间我看科音写的培训通知是2017年9月末或2017年年末，现在看是暂定2017年9月末。意思是如果2017年9月末不举办，就是2017年年末举办吗？
A:
若没有意外，时间就不会改了，就算改也只是改一周左右
Q:
如果改的话，对个人而言最好是提前一周，10月13号左右可能会和导师出差
7月28号？
那个是基础班
现在在说初级班
明白了
社长波函数分析时间可以定么
A:
现在还不能
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2017.06.28 09:50:56
Q:
然而计算结果的log文件里，能量都默认用原子单位是么？
[图片]
A:
输出的所有数值，凡是没注明单位的，一律是原子单位
Q:
所以只有输入的结构单位默认是埃么？
A:
什么叫“只有”
输入单位默认是埃
Q:
它不是原子单位啊
A:
手册里都写着
Q:
看到了
谢谢老师
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.06.28 10:35:14
Q:
sob, 请问，对于CASSCF方法能得到自旋自然轨道吗？
还是CASSCF方法只能有自然轨道
A:
只能得到空间自然轨道
----------------------------------------------------
2017.06.28 10:48:01
Q:
请问哪位用过dmol3?
在做dmol3的过渡态搜索计算时，任务运行失败，出现了如下提示：
Message: DMol3 job failed
Error: DMol3 exiting
Message: License checkin of MS_dmol successful
... Calling mpi_abort ...
请问是什么原因啊
A:
群内发言字号不得超过12，看群文件里群规
----------------------------------------------------
2017.06.28 11:54:08
Q:
请教各位老师，现在Windos64系统下，有没有可以用的64位Gaussian版本，是否有老师做过测试，和Linux系统下的运算相比如何
恩，好的，谢谢
A:
需要自己买
纯靠CPU任务的性能不会和Linux版有太大差异，不过未必有你在虚拟机里跑Linux版快
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2017.06.28 15:06:25
Q:
一问题困扰我很久，具体如下：calcall找过渡态，IRC（CalcAll， LQA）也正常，连接反应物和生成物，但用calcall对IRC两端的产物和反应物优化的时候，时间比较长，而且构型变化太大。有什么解决方法？
这个时间长我是可以接受的，但是构型变化太大，这个不符合我的预期。
A:
IRC跑长一些，没准实际末端结构和你之前想象得有点差别。如果IRC跑的很长，末端就是你想要的结构，那么基于末端的结构，把步长上限设小点再优化
----------------------------------------------------
2017.06.28 15:10:38
Q:
请问一下初学密度泛函什么材料能帮助入门啊
A:
如果只是应用，没必要学理论，看此文就够了
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272
如果要学点理论，看levine的量化的相应章
如果要深入学多点，看A Chemist's Guide to Density Functional Theory 2ed
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2017.06.28 15:12:20
Q:
各位大神，有谁算过双光子吸收吗？
[图片]
其实看了一些双光子吸收的文献，问题是不知道具体怎么算
A:
Dalton能算，看手册。以后我也可能把Multiwfn的SOS模块加入TPA计算功能
----------------------------------------------------
2017.06.28 15:14:02
Q:
老师，我有一次在群里看到查文献的一个有用网址，现在找不到了能不能再发一个啊？
找到了谢谢
OA:
http://sci-hub.bz/
A:
能用的sci-hub网址在群规里总能找到，要不然怎么依法处罚群内求sci-hub能下的文献的人
----------------------------------------------------
2017.06.28 15:14:29
Q:
请问下各位N原子与O原子之间存在弱相互作用吗？具体叫什么？
A:
看具体体系，既可能是电荷转移键，也可能范德华作用等
----------------------------------------------------
2017.06.28 15:57:06
Q:
两个苯环处于面对面的构型，现在我想关于两个苯环的间距进行柔性扫描，请问如何做到？（我尝试在两个苯环中心分别设置虚原子，以其距离作为扫描的坐标，但发现并不能对虚原子设置冗余内坐标（手册上是这么说的）。）
前一种是过渡态理论的热力学处理。
A:
Maxwell 让苯平行于XY平面，把其中一个苯的所有原子z坐标用同一个变量表示，然后扫描这个变量
----------------------------------------------------
2017.06.28 16:01:09
Q:
请问各位老师过渡态的焓的热校正量需要重新优化一下吗还是直接从ts得到的过渡态得到谢谢
A:
直接对TS做振动分析。显然不能再优化
----------------------------------------------------
2017.06.28 16:20:37
Q:
请问：CBS-QB3计算出来的IR是否就是非简谐近似的，不再需要矫正因子了吗？
A:
看了原文就知道，就是谐振近似算的，自动乘了频率校正因子
----------------------------------------------------
2017.06.28 16:39:01
Q:
[图片] #p M06L/gen opt=cartesian int=ultrafine 老师这个报错原因是什么？怎么解决？是对称性的问题么
A:
重算
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2017.06.28 17:05:48
Q:
老师你好，[图片]这个算经典过渡态理论吗，为什么我在文章中都没有见过
还是高斯公司官方提供的方法
但这个算是tst吧，因为大多都用[图片]
A:
你那是热力学形式的TST，跟基于Q的配分函数的形式完全等价
基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格
http://sobereva.com/310
----------------------------------------------------
2017.06.28 17:37:58
Q:
请问跑irc的时候为啥老是这样的错误， Maximum number of corrector steps exceded.
Error termination via Lnk1e in /share/home/majing/g16/l123.exe at Tue Jun 27 17:35:44 2017.
A:
Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
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2017.06.28 18:07:01
Q:
请问，有没有什么办法可以直接从Gaussian的log文件中看出两个文件的genecp的混合基组是用的相同的基组呢？(两个文件的元素组成一样)
A:
gfinput
Q:
这样，但是这个需要另外加关键词再运行吧，如果只有的log，有简单的判断方法吗？
A:
那你只能从基函数、GTF数上面去对比
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2017.06.28 18:32:13
Q:
大家好，计算过渡金属取代单层石墨烯里的一个C原子的体系，文献里有一句“spin polarization was adopted in all calculations", 请问这是指设置不同的自旋多重度（合理的情况下），然后比较最后所得的能量吗？希望有人指点，谢谢大家！
A:
就是允许自旋极化。
如果是量化程序算，就用非限制性计算就行了。倒没说非得比较不同自旋多重度的能量
Q:
谢谢 ,那么我用高斯或者CP2K 计算的话，只需用非限制性计算就可以，而不需要比较不同多重度的能量对吗？谢谢大神
A:
比较一下的话更放心，毕竟过渡金属体系可能凭直觉猜不对实际基态自旋多重度
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2017.06.28 18:35:16
A:
现在head-Gordon搞参数化的势头大有超越Truhlar之势
[图片]
molecular database (MGCDB84) of nearly 5000 data points
不过光是他们自己玩得high，别说高斯，连支持VV10的ORCA都不支持wB97X-V、wB97M-V
Q:
看样子是没什么搞头
A:
明尼苏达泛函靠高斯推广，他们那些，只能靠Q-Chem推广，然而Q-Chem又不给力
感觉Head-Gordon这几年有跟truhlar火拼的势头，不停推出新泛函，灌JPCL。而且很多文章只是在原基础上做个小小的改进。
17年又发表个B97M-rV，感觉矛头直指MN15-L
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2017.06.28 19:46:37
Q:
请问老师们: 高斯能否计算固相体系? 例如:分子筛和金属结合。谢谢！
谢谢答复
A:
用团簇模型可以算
Q:
谢谢老师，那么如果优化团簇结构，只需写opt是否就可以了? 我的意思是如何表示出是固相，而非气相或液相。
A:
是。
对于分子筛，你就接出和金属结合的部分取优化就完了，也经常有用ONIOM来做的，用力场维持整体骨架结构，而把结合区域用DFT描述。
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2017.06.28 20:37:13
A:
完全不是一类事情
和GIAO并列的是CSGT那些
Q:
GIAO是用来描述屏蔽常数的么？
不太能理解
A:
[图片]
Q:
这个看不太懂，太专业了。
A:
所以说，说了也不懂，别深究就完了
老老实实用GIAO
Q:
但是现在要给老板写个东西，理解不了GIAO与DFT关系，在讲的时候，内在逻辑关系不清楚
A:
GIAO不是三言两语说得清楚的
详细介绍看Introduction to Computational Chemistry(2ed,Jensen)
Q:
那sob老师，GIAO在计算核磁中，它是负责什么部分的？
A:
[图片]
结合这两页ppt理解
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2017.06.28 20:49:21
Q:
请教大家一个荧光谱的计算，我按这个#p td=(nstates=10) opt b3lyp/6-31g(d,p) scrf=solvent=ethanol geom=connectivity算好光谱了，用multiwfn里面计算UV谱的命令生成荧光谱，是不是需要把第2-10的振子强度变成0？
A:
是
Q:
[图片]可是振子强度1太小了，而且在836nm，明显不太对啊
请问怎么确定荧光发射峰的归属呢？
A:
hole-electron分析，或者NTO分析
图解电子激发的分类
http://sobereva.com/284
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2017.06.28 20:53:59
Q:
老师，请问高斯及VASP一般通过哪个代理商买比较好？
广州墨灵格
A:
VASP国内就一家正规代理
如果能直接从海外订购的话，自行从维也纳大学订购，这样比通过代理便宜
高斯从国内两个代理买都一样
Q:
谢谢老师。 VASP国内的正规代理是哪家？不知道百度的信息是否可靠。广州墨灵格是高斯的正规代理吧？
A:
正规的代理在高斯官网都有罗列
从绎模买也可以
那里买都一样，也不用指望代理的水平能提供什么有用的技术支持
反正VASP就别从某家买就行了，已经上黑名单了，官网上都有暗示
怎么买正规，官网上写的是最清楚的
Q:
之前代理是ACD，被撤销了
现在是墨灵格
其实软件公司应该允许用户直接从官网购买，而不是非得用代理商的途径
A:
现在上海一家，广州一家，都是高斯授权的
Q:
以他们解答问题的水平，还不如去问官网的售后
A:
高斯矫情
Q:
老师，如果通过代理商买的话会有教程赠送吗？
A:
有的代理，自己根本都没怎么搞过量化
哪有什么教程
Q:
还想送《探索电子结构3rd》？
在广州墨灵格买G16送了一本3rd
A:
官方报价里本身就包含3rd
Q:
我还以为是送的，单独买要多花几十美金。。
名额确实少了点，不过比拍牌照容易把
vasp直接和开发组联系购买，便宜很多。邮件和官网上的购买联系人直接联系，很方便的，签个合同，汇个款就完了，不知道购买流程也可以直接问他们。
A:
主要是海外购买，对于国内一些学校报销不便
Q:
前两年欧元贬值，某研究组直接买只花了两万多
A:
能报销还是鼓励直接去订购
Q:
是，看自己的情况了
谢谢。直接跟开发组买是什么价格？
我记得是4000欧
忘了
对这个渠道我们也不一定报销的了
嗯，看自己的情况了，vasp不算贵，代理可能最多多一倍价格吧
先问财务处
A:
要是贵超过40%就太黑心了
Q:
多一倍价格那也太多了他们的培训就是手册上内容吧
期待科音的高级班
参加完培训，估计就能把社长的知识学到个30%了
A:
买vasp原理上也可以从其它有外贸代购服务的公司走，照样能有发票报销，也属于正规途径
很多代理其它程序的代理商，实际上也都能代购VASP
Q:
都要自己学吗？国内有没有高斯的培训班呢？
科音培训班不好吗
有啊，北京科音
A:
哪还有比参加科音培训更快更好的学量化的途径
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355
Q:
是的！！！就是名额少
A:
北京科音办的培训班FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5098
Q:
嗯谢谢老师我多问几家看看
A:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=6073
关于高斯购买，此帖5L爆料一个曾经有趣的事
[图片]
----------------------------------------------------
2017.06.28 21:33:23
Q:
老师好，我从log文件里读出的第一激发态数据跟multiwfn计算的不一致呢？[图片]
[图片]
A:
如果你是优化任务的输出文件，用最新版Multiwfn
最新版Multiwfn对于优化任务，才会试图找最后一次输出的结果来读取数据
Q:
我用的就是最新版的
A:
3.4？
Q:
嗯
你自己截取的激发态数据是最后一次的激发态信息吗
A:
文件发给我
Q:
果然
你的问题
[图片]
[图片]
A:
果然
Q:
我懂了，谢谢啊
可是S1拟合的荧光谱跟我想要的差好多啊
A:
考虑振动耦合才有好的峰形
如果位置不合适，原因多了去了
Q:
有例子吗？
A:
什么例子？
Q:
考虑振动耦合的荧光谱
A:
振动分辨的电子光谱的计算
http://sobereva.com/223
Q:
我不会写命令
A:
不会就学
Q:
嗯嗯
没太看懂，不过我应该是先用# cis(root=1)/6-31G* opt freq=saveNM吧？
cis 不用换成td啥的吗
#p cis(root=1)/6-31g(d,p) opt freq=saveNM scrf=(iefpcm,solvent=ethanol) geom=connectivity我用这个行吗
OA:
换td把
咋写呢
不会啊
只把cis换成td吗
Q:
td（root=1）
感觉一般计算出来TD比CIS好太多
A:
G09 TDDFT没有解析Hessian，freq慢得要死，不要轻易用。即便G16有了TDDFT解析Hessian依然巨慢
不会用TDDFT看
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
Q:
确实比较慢，不过感觉蛮准却，和实验值很接近
A:
对于获得振动分辨光谱的峰形目的，CIS多数情况足够
当然，不能用CIS的激发能说事
Q:
s0 的激发能是不是Eks+ Excited State 1的 Excitation energies 减去s0基态能量？
A:
没有“s0 的激发能”一说
----------------------------------------------------
2017.06.28 21:47:51
Q:
请问，为什么这两个原子不出现内核呢？[图片]
A:
原子不在作图平面上
Q:
有方法调整吗？
A:
恰当设定作图平面就完了
----------------------------------------------------
2017.06.28 22:31:40
Q:
印象里 GaussView 好像有一个按钮可以画手性对映体，请教一下大家
A:
edit-mirror invert
Q:
！
还可以确定手性中心吗
A:
view-stereochemistry
----------------------------------------------------
2017.06.29 00:22:34
Q:
Full mass-weighted force constant matrix:
Low frequencies --- -0.0005 0.0001 0.0005 21.2420 21.2641 242.9812
Low frequencies --- 242.9902 583.2812 583.2861
Molecule is linear but NTrRo=6 and XMin= 1.25D-05.
Error termination via Lnk1e in /opt/Gaussian09_E01/g09/l716.exe at Tue Jun 27 23:54:51 2017.
Job cpu time: 0 days 0 hours 2 minutes 21.6 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 127 Int= 0 D2E= 0 Chk= 2 Scr= 2
请问这个是因为分子是线性的出错了？
我检查了分子键角在179.*** 没有一个180的啊
二面角也检查了
A:
opt=cartesian
----------------------------------------------------
2017.06.29 04:36:19
Q:
请问g09D01用wb97xd算频率也存在DFT-D3的虚频bug吗？
A:
不存在
Q:
谢谢！这一bug仅为dft-d3所独有？
A:
仅仅对于D3(BJ)有，零阻尼没事，从E.01开始也没事
Q:
另外，如果想保持原有对称性消虚频，除了calcfc或calcall之外，还有什么招吗？
A:
如果虚频不是对称性过高造成的，按虚频位移结构偶尔有效。微小虚频优先尝试用tight收敛限结合ultrafine消除
Q:
微小虚频优先尝试用tight收敛限结合ultrafine消除---我优化结构这两个关键字默认都加上的。
按虚频位移结构偶尔有效---这一招经常会导致结构变化较大；
对称性过高导致虚频---这该如何处理？
谢谢！
A:
就是按照虚频位移，破坏原先的高对称初始结构就行了
----------------------------------------------------
2017.06.29 08:40:03
Q:
请教下各位老师，看客体分子能不能进入环糊精，是不是简单的优化下气相结构和液相结构，计算下结合能和形变能就可以啦？
A:
从量化角度是这样考虑。
研究哪个相就在哪个相下优化
----------------------------------------------------
2017.06.29 08:51:04
Q:
谢谢老师，s0的结构计算td，得到s0到t1激发能这个能量是不是就是垂直激发把。
A:
是
----------------------------------------------------
2017.06.29 08:56:41
Q:
请问在上海周边有培训吗？
A:
群内发言字号不得超过12，看群文件里群规
没有
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2017.06.29 08:59:17
Q:
请问一下G09 D01 用DFT-D3BJ算频率时有虚频，这是程序的bug吗，除了升级版本，还有没有其他解决方法呢？
A:
是bug
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2017.06.29 09:03:48
Q:
[图片]我要固定50 51原子的键长，怎么优化之后，键长还是变化了呢，有啥错误的吗
A:
贴关键词
Q:
[图片]
这是关键词
A:
没写modredundant当然不生效
Q:
高斯-view显示的试无效的
[图片]
A:
管gview干嘛
modredundant和cartesian显然没法一起用
Q:
谢谢
A:
都指定了笛卡尔坐标下搞还怎么做冗余内坐标设定
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