公社群聊Q&A整理（含既往全文）：2017.06.09 18 ~ 2017.06.22 20 Concate

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2017-8-2 00:06:00

本帖最后由 liyuanhe211 于 2017-8-2 00:10 编辑

本帖由 @元江1994 整理

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2017.06.09 18:26:53
Q:
[图片]各位老师，出这个错误了，应该怎么解决呀
[图片]
A:
没定义CABS基组
Q:
直接在cc-pVDZ-F12后边加上cc-pVDZ-F12-CABS吗，老师
A:
y
ORCA里CCSD(T)-F12未必能算带碘的，其自带的CABS基组对碘没有定义，具体可以到ORCA官方论坛向Neese求证。
Q:
如果只在cc-pVDZ-F12加上CABS,cc-pVDZ-PP-F12后边不加，是不是没法算啊
A:
y
----------------------------------------------------
2017.06.09 18:46:16
Q:
各位老师们好我这个过渡态出现了Link 9999错误[图片]但是成因都不是这些情况[图片]尝试了INT=ultrafine和maxstep=3都是报错，这个怎么解决问题呢？
A:
B3LYP用ultrafine纯属浪费时间，毫无用处
除非之前计算震荡了，否则maxstep只会白费时间，毫无用处
凭化学直觉调整初猜结构
----------------------------------------------------
2017.06.09 19:31:29
Q:
老师，我按照您的方法用LOBA分析氧化态，这样输入对吗？#p ub3lyp/gen pop=saveNLMO pseudo=read geom=check guess=read
C H N 0
6-31g(d,p)
****
Cu 0
Lanl2dz
****
Cu 0
Lanl2dz
谢谢，老师
A:
直接用Multiwfn做轨道定域化多好。此文后来更新过，已经弃用NLMO了
使用Multiwfn通过LOBA方法计算氧化态
http://sobereva.com/362
这里强调了，NLMO的结果，特别是NBO3.1的，经常严重错误，以至于有时LOBA会得到错误的结果
Multiwfn的轨道定域化功能的使用以及与NBO、AdNDP分析的对比
http://sobereva.com/380
Q:
[图片]
这样是吗？老师
A:
看博文，根本甭用NBO
Q:
我看了你的博文，是按[图片]这个来的吧
A:
这不是LOBA分析的
LOBA分析博文里根本都没涉及NBO
你做轨道定域化，如果不打算得到轨道能量，根本也牵扯不到任何和NBO有关的东西
仔细看
Q:
好的，谢谢老师！
[图片]老师，您好！为啥这个卡在这里一直不动呢？我用你例子里面的Fe(CN)6_3-.fch就可以刷刷的出来结果。。。。
原来是电脑反应太慢了，[图片]，现在才出现一轮。
8核16G
[图片]
可能是体系比较大
A:
体系太大
Q:
恩，现在才两轮，谢谢老师
A:
体系很大的情况，基于NLMO做LOBA也可以，速度可能会快一些，但是高斯自带的NBO 3.1的NLMO经常容易出错，而且NBO3.1的NLMO得到的轨道经常很诡异，用来做LOBA只会得到错误的结果。NBO6的NLMO还说得过去
----------------------------------------------------
2017.06.09 19:38:44
Q:
[图片]
我想问下，dmol3计算的轨道两种颜色，哪种为正？
感觉疏忽这个问题很久了
A:
你可以把格点数据(.grd)文件用Multiwfn打开，然后在主功能0里看等值面，那里面绿色为正蓝色为负
或者你去看s型轨道，是什么颜色，则什么颜色就代表正值
----------------------------------------------------
2017.06.09 21:21:46
Q:
老师，通过减减减算出来的键能是负的......
OA:
不可能，你是怎么减的
Q:
E分子-E自由基1-E自由基2
OA:
那正常。。。
Q:
求点拨
加个minu?
OA:
你这公式负号代表放热
不过，一般键能都是倒过来减得
Q:
哟西,了解了,这算出来直接用,还是装模作样的找个实测的数据库对比一下,和审稿人客气客气比较好?
那我这个值加个负号就可以是吧
A:
通过柔性力常数考察键的强度
http://sobereva.com/364
Q:
谢谢老师
老师,这个学习成本略高啊
OA:
其他还好，这个软件装起来比较坑爹
Q:
我暂时还是减减减好了,等到下篇应该研究的差不多了
----------------------------------------------------
2017.06.09 21:47:54
Q:
老师，您好！我这个计算出来的结果怎么用那种可视化的图表示呢？[图片]，谢谢
用Multiwfn算的很符合预期。感谢sob老师
A:
什么可视化的图？
Multiwfn做完轨道定域化，当前目录下就有new.fch，可以直接观看轨道。博文里说了
----------------------------------------------------
2017.06.09 22:32:24
Q:
sob老师，您好，请问一下您的mecp程序中的geom文件里允不允许对原子进行固定，十分感谢。
A:
messi 不允许
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2017.06.09 22:44:28
Q:
老师，我算出来的E(bsse)等于0是什么原因？[图片]而且红颜色的两个值一样
[图片]老师这里面的CP校正能是什么？
A:
没读对数据
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2017.06.09 23:10:54
Q:
老师，请问gaussian在计算平台上如何跨节点运行，%NProclinda=N感觉没用啊?谢谢老师
A:
Gaussian03的Linda并行设置与VMware的虚拟集群
http://sobereva.com/47
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2017.06.09 23:12:34
Q:
老师晚上好。我用multifwn计算轨道对对跃迁偶极距的贡献1个多小时都没算出来，一直是是please wait，请问这是文件有问题还是？
A:
上传fch和高斯输出文件
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2017.06.10 09:11:27
Q:
高斯能计算旋光色散吗？
请问一下，B973方法除了B973关键字在还需要设置其他关键字么？
按理说应该和B972差不多，但怎么设置关键字都不行
A:
可以
没听说过B97-3
Q:
好吧，那vv10是不是只有qchem程序有？
A:
[图片]
Q:
谢谢，不好意思
老师，怎么算呀？
BCD行吗？
A:
polar=optrot
Q:
那vv10是不是只有qchem程序有？
A:
ECD是算圆二色，不是一码事
ORCA也有
Q:
谢谢
polar=optrot 谢谢老师
----------------------------------------------------
2017.06.10 10:40:46
Q:
他讲的GASSCF和RASSCF有什么区别
A:
CASSCF?
OA:
也讲了GASSCF
A:
这个有啥用处？
OA:
[图片]
照片不太清晰
A:
我看也就是RASSCF变体一类的
RASSCF原理上看似不错，但是流行不起来
OA:
Truhlar现在迷上了参数拟合了
A:
这条路走不下去
OA:
幸亏一个师妹去了，这次中国人给Truhlar名誉会士
A:
人家肯定不稀罕
要不授予这么个意思一下，估计都请不来
OA:
所以我说这快成自娱自乐了
中国化学会出来了啊
[图片]
帅还没评上院士吗
[图片]
没有
我记得进了几年初选名单了
A:
5年内肯定评上
IAQMS院士都评上了，含金量比国内院士高多了
OA:
帅的主要贡献是什么？
马琰铭也快了
现在理论的院士很多问题是必须给这个专业一个院士，而不是特别牛的成果
[图片]老黎比我见他的时候又老了
A:
这个会开到第几天了？总共几天？
OA:
1，3
这个会对于我这样的新人来说，还是很有意义的
还不如大博士的培训班
就是带学生来玩一下
有钱人
杨伟涛和出了儿，确实是两个相反的方向，但很显然，目前后者效果好
大博士的翻译既幽默又准确
pp-RPA of Yang
完全没听懂。。。
同感
讲太快了
刘和帅哪个强？
帅打广告。。
MOMPA
A:
几年前匈牙利开会时候杨就讲这些，然后讲了点RDG
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2017.06.10 10:43:09
Q:
老师，我用multifwn算轨道对对跃迁偶极矩的贡献算不出来，一直please wait，老师可不可以帮我看下我的输入文件有没有问题，谢谢老师
A:
上传文件
Q:
好的
A:
fch也上传
Q:
正在传，有点慢
A:
体系太大所致，我尝试优化优化代码
Q:
好的，谢谢老师
A:
我在Multiwfn主页上传了新的windows版Multiwfn 3.4(dev)，在计算轨道跃迁对跃迁偶极矩的贡献的时候，可以选择只有组态系数绝对值大于多少的才会被计算。比如你的体系S0-S1当前有36000多个组态，全计算耗时极高。如果你选择比如只有大于0.001的组态才会被计算，一小会儿就算完了。
----------------------------------------------------
2017.06.10 10:44:20
Q:
[图片]老师，这个问题应该如何解决啊
[图片]这是输入文件
A:
如果之前有残留的同名gbw文件，加上noautostart试试
Q:
直接在关键词行加？
A:
y
----------------------------------------------------
2017.06.10 10:45:35
Q:
[图片] 老师，我再计算平台安装g03出现这个问题了，但是网上说的方法需要在root权限下，我们用户没有权限怎么办呢
A:
明显是没硬盘空间了
安装gaussian也根本不需要root权限
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2017.06.10 10:51:35
Q:
[图片]l103错误到底怎么弄，求指点，因为遇到的太频繁了
A:
Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
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2017.06.10 11:36:17
Q:
#p pop=nbo cube=orbitals b3lyp/6-31+G(d,p) 老师，请问对分子进行NBO分析是这么输入关键词吗
A:
写cube=orbitals干嘛
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2017.06.10 11:43:48
Q:
求助，寻找gaussian 09 带linda的版本。学校的服务器上，g03装不上。谢谢大家
OA:
还不如用ORCA
Q:
已经习惯用gauss了，再学新的不想想啊哈哈
A:
瞎折腾罢了
老老实实单机并行
高斯本来核多了并行效率就低，更谈何跨节点，而且通常还是以太网，瞎折腾白耽误工夫
----------------------------------------------------
2017.06.10 12:00:52
Q:
大博士，下一个加入Multiwfn的大功能是什么呢
A:
最近几天加入的大功能是Hirshfeld-I
不久就要发布3.4正式版了
Q:
这个是干什么的？Hirshfeld的升级版吗
A:
[图片]
OA:
老师，我用的就是3.4（dev)，设置的值为0.02
Q:
大博士，这两种Hirshfeld对原子电荷的改进有ADCH更合理吗
A:
3.4(dev)是在不断更新的，去下最新版
0.02只是显示的阈值，不是计算的阈值
一般没必要用Hirshfeld-I，主要好处也就是可以得到更合理的原子空间划分。
OA:
嗯，好的，我这就去下
计算的阈值在哪里设置呢？
A:
设完显示的阈值就让你设计算的阈值
Q:
合理划分原子空间可以做什么呢？AIM的划分方式与之有何不同？我倒是觉得AIM的更合理一点
OA:
好的，谢谢老师
A:
之前都没打算加入Hirshfeld-I，之所以现在加入，是因为过些天去湖南师大讲一天Multiwfn，那时候正好有HORTON的开发者也讲一天程序。HORTON也支持Hirshfeld-I
Q:
哦，原来如此
A:
AIM不算很合理
必须做到人有我有，人无我有，我有人无，我无人无
Q:
如果没什么实用性，感觉不加入也吧
应该是人无我有，人有我新，人新我快
A:
对比过Hirshfeld-I的速度，Multiwfn完爆其前身hipart
Q:
人快我稳
A:
HORTON没做测试，因为其手册我都看不懂
Q:
终于有大博士也搞不定的事情了
A:
你可以看看http://theochem.github.io/horton
Q:
HORTON是从头算程序啊
A:
第一个例子
[图片]
从头算加一些后处理分析
Q:
这是要逼疯菜鸟啊
A:
Multiwfn界面做得这么简单，菜鸟还犯懵
更别提HORTON了，不会python的人都没法用
Q:
我现在用Multiwfn非常舒服，就是有一点，在linux下的程序内操作，如果打错了数字或者字母没办法退格
A:
[图片]
Q:
只能重新进入程序
A:
这是做MP2的最复杂的程序了
Q:
估计这作者为了自娱自乐或者炫技？
A:
谁知道
我一直主张复杂问题简单化，凌乱琐杂问题标准化
Q:
大博士贴心的开始在每一个开发版都给了Linux版，让计算可以在服务器上进行了
OA:
竟然让用户写Python
那个HORTON感觉就是个demo
Q:
李大博士出了一口恶气
OA:
做的好用点，明明很容易
A:
与其说是程序不如说是库
OA:
搞不懂为何做这么复杂
A:
有点像高达模型，给一堆零件，自己去拼去涂装
OA:
与之相比，pyscf还是蛮给力的
A:
恩，要用也是用pyscf
HORTON把基础功能都搞得很复杂
pyscf则是有高级上档次功能
OA:
就是还要用一堆库。要是直接封装到一块，就好了。
pyscf读起来挺舒服
把它的fci和mcscf弄弄
Q:
呸SCF？
OA:
libint,libxc
很多都要这俩
molgw也是
A:
缺乏整合很讨厌
之前要把M062X纳入到saint程序里，结果下了Yan Zhao的明尼苏达泛函库，居然里面的代码还要perdew的什么库，费半天劲没搞明白，干脆弃了
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2017.06.10 12:40:30
Q:
老师，设置计算阈值0.01，计算后振子强度偏差有点大，本来是1，算出来变成了1.2
A:
不用管最终输出的振子强度，毕竟忽略了很多组态，就看你感兴趣的MO对的贡献就完了
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2017.06.10 12:48:32
Q:
[图片][图片]各位老师，请问这两个图是如何做出来的，有没有具体方法和帖子学习一下
老师，有没有可以学习相关的帖子
A:
没有
CP2K官网倒是有一些AIMD教程
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2017.06.10 20:00:47
Q:
请问高斯的手册在哪下载呢？
A:
g16去官网
g09去sobereva.com/g09，高斯主页也提供打包下载
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2017.06.10 20:48:13
Q:
ICSS和NICS不研究原子核处的屏蔽值。。可以用赝势的把
这属于NMR的一类，怎么可以用赝势
A:
显然可以用赝势
Q:
SDD赝势基组吧……
这就好比算NMR核磁不用加弥散，但是ICSS 就要加弥散一样
赝式不会降低用了赝式的原子附近的结果精确度吗？不过核独立化学位移研究的也不是原子核附近的信息
还是学艺不精
A:
别写后缀.out
Q:
是两个虚原子附近
A:
不会降低
Q:
哦哦，我直接改成读取D:\NICS，然后就可以陆续读取每个out了
所以B3LYP/Def2-TZVP对含Au/Ag/C/N/H/S的配合物计算ICSS，对金属为赝式基组，对非金属为全电子基组，计算ICSS，结果可靠？
A:
很可靠
Q:
已经很好了
正儿八经算NMR谱，用赝势，内核用EDF描述靠谱吗？
基组写法类似于
Au Ag 0
SDD
****
C N S H 0
SDD
****
Au Ag 0
SDD
这样吗？只是SDD换成https://bse.pnl.gov/bse/portal下载的Def2-TZVP基组？？
A:
EDF对NMR无影响
轻原子不要用SDD
B3LYP/def2TZVP就完了，用不着genecp
Q:
但是这样会自动对重原子调用赝式吗？另外，我用Gaussian09 A.02，所以应该不能直接用def2TZVP吧
A:
B01及之后会
A02得自己拷定义
----------------------------------------------------
2017.06.10 21:02:58
Q:
[图片]老师，请问这个错误是该怎么解决呢
A:
SCF不收敛，手册里有说怎么解决
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2017.06.10 21:10:31
Q:
老师晚上好，我想请教一下。一个分子，基态到第一激发态的跃迁，自旋允许，轨道允许，但最终结果是禁阻，我应该用什么来分析呢？
A:
multiwfn分析跃迁偶极矩密度，或者轨道对儿对跃迁偶极矩的贡献
Q:
老师，关键是我分解后也看不出跃迁的轨道有什么不对，因为H-L占主导，跃迁禁阻，H-L+1占S0-S1的主导，振子强度很大，但L与L+1我不知道如何描述它们之间哪里有区别，从轨道图来看它们在分子上的分布区域也是几乎一致的。可否指点一下，谢谢老师
A:
之前已经说过了，对两种跃迁的跃迁偶极矩密度求差值分析
Q:
好的，谢谢老师
OA:
为何执着于 L和L+1轨道形状呢。。
Q:
因为我知道两个轨道有不同，但我不明白是什么区别让一个禁阻，一个跃迁非常大，它们都是自旋和轨道允许的
OA:
那你用跃迁偶极矩密度考查岂不是更加直观，轨道讲不清楚，换个能讲的清楚的岂不美哉？
A:
不要总是提“自旋和轨道允许”，这毫无意义，这只是振子强度不为零的必要条件
你通过轨道怎么考虑？你得同时考虑HOMO图形、空间坐标变量、LUMO/LUMO+1的图形，考察三样，凭一般人的想象力根本没法考察。跃迁偶极矩密度已经是跃迁偶极矩的构成的最直观的表现方式了
----------------------------------------------------
2017.06.10 21:54:25
Q:
Sob老师，PM轨道定域化分析方法适用于分析过渡态吗？
A:
适合
Q:
那这也是一个比NBO优势的地方吧
A:
DOI: 10.1002/anie.201410637通过PM定域化研究了整个IRC
是的
NBO对于整个IRC完全无法给出平滑变化的描述
Q:
嗯，分析反应过程电子结构特征变化的又一利器
当然也就可以计算过渡态结构的PM定域化轨道的轨道成份了吧？
A:
对
----------------------------------------------------
2017.06.10 23:47:40
Q:
请教各位老师，[图片]这个图里代表direction of the electric transition dipole moment是可以用gaussview画出来的么？还是用什么其他的软件
谢谢
代表direction of the electric transition dipole moment的箭头
A:
没法直接画
你可以把高斯输出文件里的偶极矩部分的数值改成跃迁偶极矩的，这样gview里绘制偶极矩箭头的时候显示的就是跃迁偶极矩的
或者你用VMD，在里面用绘图的命令绘制
----------------------------------------------------
2017.06.11 01:28:15
Q:
卢老师，想请教您一个问题。如果spc水模型原子电荷量变化了，要使密度不变，需要去调节他的参数sigma and eposil，我怎么才能得到这个重新拟合的分子间的势参数呢？
A:
做扫描，拟合出个rho~sigma/epsilon的曲面，找到对应rho的参数值。或者用参数优化算法优化sigma/epsilon，将模拟的密度与期望的密度的偏差值作为最小化的函数
----------------------------------------------------
2017.06.11 08:42:32
Q:
老师请问log文件里自旋密度分布怎么查？用Mulliken atomic spin densities没有搜到
老师，请问NBO分析电荷分布应该看natural charge还是mulliken charge?预测分子含氮正离子自由基和碳自由基，NBO分析结果如何才能证明这个判断？另外复合物内双自由基除了考虑自旋多重度（1,1）态，需要考虑（1,3）态吗？两个状态下的复合物都优化得到了，能量差21kcal/mol
A:
natural charge
片段的电荷
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353
----------------------------------------------------
2017.06.11 10:36:10
Q:
老师您好！冒昧的问一下：高斯计算的时候，对Pd使用SDD基组是相对论性质的基组吗？是标量相对论基组吗？
A:
SDD不叫标量相对论基组。对于Pd，SDD赝势是相对论赝势，直接用SDD可以体现标量相对论效应
----------------------------------------------------
2017.06.11 10:39:08
Q:
我在使用molclus寻找团簇稳定结构，在第一步动力学模拟部分使用了MS，团簇中主要涉及氢键，博文中使用gromacs消弱了静电作用在进行的模拟，那么我在MS中怎么实现这步？正常使用NVT跑动力学的话结构变化并不大。哪位老师可以解答一下，谢谢
A:
适当调节原子电荷，让和氢键有关的原子的原子电荷数值弄小点，氢键就弱了
----------------------------------------------------
2017.06.11 12:39:04
Q:
请问大家一个问题，在dock的结果中，应该优先选择亲和力值小的还是rmsd值小的呢？
亲和力相差不大的情况下，rmsd差别很大，是不是应该选取rmsd值更小的呢？
A:
如果是指cluster内的RMSD，判断对接好坏和RMSD原理上没太大关系
dock程序判断的亲合力差不多时，可以进一步跑MMPBSA考察结合自由能来进一步判断
----------------------------------------------------
2017.06.11 13:10:18
Q:
老师，同一个体系我算了两次CCSD（T）,但是结果差了很多。体系中就是一个碘酸，一个氨，对与H,O,N,都是直接写的aug-cc-pVDZ,不同之处是对于碘，第一次我是在网站上复制下来的ECP28MDF和推荐的用于碘的augpVDZ的基组，第二次是直接写的aug-cc-pVDZ-pp
A:
把基组信息打印出来，确认一致性
----------------------------------------------------
2017.06.11 13:29:51
Q:
老师，请问如何区分计算一个（1,1）态的阳离子双自由基复合物和计算一个相同结构的（1,1）态的阳离子复合物？我目前算了下NBO，发现我想算的（1,1）态的阳离子双自由基复合物实际上只是（1,1）态的阳离子复合物。
是不是（1,1）态的阳离子双自由基复合物应在优化好的（1,3）态阳离子双自由基基础上优化得到？
A:
双自由基一般用对称破缺计算，加相应的关键词。这和用的结构问题不一码事
Q:
老师，那请问计算双自由基应该用什么关键词？
A:
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82
Q:
谢谢老师您的文章刚才我看了一遍有些地方还不是很理解我可以先直接加关键词guess=mix试试吗
A:
还得用U
----------------------------------------------------
2017.06.11 15:18:01
Q:
老师，您好，我想请问一下关于计算fukui函数的问题。对于一个charge-1多重度2的开壳分子，rho n-1是把电荷，多重度改回0,1进行计算么？还有，不改变结构只改电荷，多重度生成wfn文件具体要怎么操作呢？
A:
是
你就改了那两个数字重新跑单点就完了
----------------------------------------------------
2017.06.11 16:03:08
Q:
[图片] [图片]老师，我想对含Pd化合物进行优化和频率分析，这样输入方法和基组合适吗？
A:
wb97xd对于过渡金属不算很理想
----------------------------------------------------
2017.06.11 16:57:40
Q:
如果要对两种金属用不同赝式，那么在价层基组部分应该写成
Au 0
LanL2Dz
Ag 0
SDD
还是
Au 0
LanL2Dz
（一个空行）
Ag 0
SDD
A:
得用****分隔，而不是空行
Q:
完整的写法是
Au 0
LanL2Dz
****
Ag 0
SDD
（一个空行）
Au 0
LanL2Dz
****
Ag 0
SDD
这样吗？
A:
赝势部分不要用****分隔
[图片]
----------------------------------------------------
2017.06.11 17:10:43
Q:
这个结构不需要在Cam-B3LYP方法和溶剂中优化得到稳定结构吗
A:
算吸收优化基态就完了，不要优化激发态
Q:
也就是说可以在B3LYP下优化得到基态然后在Cam-B3LYP方法和溶剂下直接算吸收这样可以吗
A:
可以
----------------------------------------------------
2017.06.11 17:15:26
Q:
好的，发生化学反应的轨迹看来得自己做些处理才可以显示了
A:
你就在VMD里载入轨迹，用dynamic bond方式显示就行了
或者自己写个回调函数，每次帧号改变的时候，触发VMD根据当前结构重新判断成键的命令
----------------------------------------------------
2017.06.11 17:48:15
Q:
老师，您好！我按#p opt=ReadOpt freq ub3lyp/genecp noatoms atoms=H notatoms=Cu,C,N 这种方法只优化氢原子，但是都不收敛！按照您博文上是方法#p opt=ReadOpt freq ub3lyp/genecp opt=gdiis发现L1出错，请问老师我该怎么输入呢？谢谢老师
A:
怎么能写两次opt
不收敛就按不收敛的方式解决就完了
Q:
opt=ReadOpt=gdiis也不能运行
A:
而且只优化氢原子应当写noatoms atoms=H
能这样写就新鲜了
程序是死的，不按手册写必然报错
Q:
opt（ReadOpt，gdiis）要这样吗
A:
y
----------------------------------------------------
2017.06.11 18:04:32
Q:
SDD贋势是Lanl系列的吗
A:
显然不是
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373
----------------------------------------------------
2017.06.11 18:34:50
Q:
其实挺想听听老刘现在在干什么
A:
居然没听蔡政达的，那是wB97XD开发者
索兵兵是BDF开发者，就算听不懂也应该看看人家长相
Q:
开发者？主要代码是他编的？厉害
我不在现场……
A:
高斯函数版的BDF大多都是索兵兵写的
他算是国内写量化程序最强之一
Q:
大连会议？
[图片]这是wB97X的原文？
A:
是的
后来Head-Gordon继续搞wB97系列泛函，蔡政达回台湾搞一些乱七八糟的东西了
Q:
wB97，wB97X,wB97XD，一口气提出三个，这文章……
A:
你那个是wB97XD。wB97X是这个
说来Truhlar一直没染指双杂化，但HMGGA走不下去，搞双杂化估计也是早晚的事
Q:
wB97和wB97X在一篇文章里，不过还是wB97XD更流行
A:
wB97XD更适合一般问题，wB97X对于超极化率、激发态往往更好点
Q:
加了色散矫正难道有害处？
A:
差异不在于色散校正，还在于其它参数
不是仅仅D的差别
Q:
wB97X-D3更好吗？
这两个泛函的近程HF%不一样
有差异
A:
后来蔡政达带着学生搞了个D3版的wB97XD
[图片]
Q:
高斯里好像只支持原始版本
A:
[图片]
Q:
D2的
只支持D2版本的
orca行不行？
[图片]
A:
我的笔记
ωB97X-D3:Jeng-Da Chai 2013年弄的，把ωB97XD的色散校正改成了D3，重新优化了参数，短程HF交换成为了19.5728%。比ωB97XD主要是在弱相互作用上有一定改进，比如M06-2X略好一丢丢（互有胜负）。Q-Chem、ORCA支持
Q:
略好一丢丢
应该是略好一内内
[图片]
ORCA不支持D2版本的了
没有没试过wB97X 外加D3 怎样
A:
等什么时候Grimme出了DFT-D4，又能养活一批人
Q:
可以对比一下，搞个小测试
我很好奇
wB97X+D3与wB97X-D3对比
A:
貌似徐昕的双杂化还没有带D3的版本，搞拟合个D3参数，又是篇文章
----------------------------------------------------
2017.06.11 18:36:25
Q:
各位老师问个问题，昨天看了sob老师关于DFT-D的博文，今天看到文献里面有人先优化了结构在加上DFT-D计算单点能，所以在结构优化的时候需要考虑弱的相互作用，需要写上DFT-D的关键词吗？
A:
写
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2017.06.11 19:12:54
Q:
>Main< (VMD) 2 % measure hbonds 3.5 30 atomselect 0 atomselect 1
wrong # args: should be "measure hbonds <cutoff> <angle> <selection1> [<selection2>]"
这个错误我该怎么办呢，vmd测氢键
A:
atomselect0 atomselect1
Q:
sobereva大神，如何理解呢
A:
atomselect和数字之间没有空格
Q:
measure hbonds 3.5 30 atomselect0 atomselect1
并没有空格啊
A:
先确认atomselect0和atomselect1已经通过atomselect产生了
----------------------------------------------------
2017.06.11 19:17:41
OA:
理论方法“产业”化
大博士有空可以把自己的笔记出版了，就叫做炉边手札
对啊，很好奇sob老师的量化手札
A:
很多评价过于露骨，出版不得
OA:
[图片]显示的是选择错误
A:
真够可恶的，明明我声明了不得转载，还被转到360去了
OA:
可以考虑融入到sob老师量化书里，当做作者心得
以后看到不在博客看文章的一律不回复
讲道理，sob老师300+篇博文凑在一起也是一本书了
A:
那些内容没贴到博客上，是因为内容未经检查、整理，容易误人子弟
参加过科音动力学培训拿到的讲义上的VMD语句的内容，都是我后来仔细修订过的
OA:
大博士治学严谨，我觉得还是把文章汇总了之后尽快出版，否则赝品太多，大多数人是没那个火眼金睛去辨别的
A:
直接把博文汇总出版，没诚意。毕竟直接网上就能看到
而且有很多博文之后都是不断更新的
OA:
对，很多文章我每隔一段时间查看，发觉有新的改动
大博士，笔记里还有什么可以公开的有用的信息吗？
A:
太多了
----------------------------------------------------
2017.06.11 19:44:56
Q:
各位老师好，请问下在gaussian中的关键词输入pop=nboread，输出文件里面会有NBO charge么？
A:
会
OA:
pop=NPA即可
A:
那叫NPA charge
OA:
不是NBO电荷，是NPA电荷
Q:
原来是这样，[图片]这篇文献里面这么写着我就跟着这么说了，所以没有NBO charge的说法？
A:
仔细看此文
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
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2017.06.11 19:44:56
Q:
博士吗，不应该是教授吗
>Main< (VMD) 6 % atomselect top all
atomselect0
>Main< (VMD) 7 % measure hbonds 3.5 30 atomselect0 atomselect1
measure hbonds: invalid second atom selection
>Main< (VMD) 8 % atomselect top all
atomselect1
>Main< (VMD) 9 % measure hbonds 3.5 30 atomselect0 atomselect1
22 3 29
麻烦老师下面 22 3 29指的是
A:
22 3 29就是形成氢键的原子编号
Q:
可以显示数目吗
A:
这不就是一个么
如果有一堆，会显示成列表形式，你可以用tcl的命令输出数目
Q:
不行我要加大取值范围，我测的是弱氢键c-h---o
A:
给个例子供参考
[图片]
Q:
谢谢老师，你觉得对于弱氢键我看到很多版本
这个人就说3.0-4.0 120-140度之间，老师你觉得这么宽泛的定义有价值吗
A:
极端条件下，<4.0埃，>140度我看还勉强说得过去
----------------------------------------------------
2017.06.11 20:48:17
Q:
请问老师如何看原子对前线轨道的贡献，计算时加了pop,谢谢
A:
用Multiwfn计算
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
OA:
好的，谢谢
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2017.06.11 20:51:08
Q:
大博士应该在基础班上讲一讲ORCA了
这个高级班讲吧？
A:
高级班讲
Q:
基础的用法还是只讲独门功能？
A:
几年后的基础班可能也会讲一些ORCA
Q:
说实话，应用的把高斯搞好就可以了
没那么多时间
没版权，以后用不了了
A:
高级班讲的都是ORCA独门的
Q:
还要看那么多化学的玩意
大博士能把一些简单的，基础的用法汇总写一篇或者做个PPT吗
A:
ORCA给初学者用还是有点麻烦，一方面图形界面不行，另一方面，Windows版都不支持并行（虽说可以用cygwin和虚拟机）
Q:
资料太杂，看着乱
高斯加multiwfn 能够做很多事情了
A:
ORCA的ppt可以明确说，肯定会做，而且不会太远
Q:
看社长写的ppt 的确是享受
A:
有可能作为基础班的附赠读物
Q:
就等这句话了
可以放在论坛里
Turbomole 不好吗？感觉有点没落
A:
这个用起来麻烦，还很贵
ORCA火了之后，turbomole更加被边缘化了
Q:
七月份就有啊
A:
turbomole现在为数不多的独门技术也就是RI-CCn了
Q:
大部分RI，ORCA已经占满了
A:
neese真是把德国的同门molpro和turbomole都给害惨了
多参考打molpro，RI打turbomole
Q:
感觉turbomole 搜索过渡态不行
不如高斯
A:
恩
Q:
Orca 搜过渡态呢？
对于大分子，是否厉害
A:
一般，肯定不及高斯
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2017.06.11 21:01:46
Q:
老师，请问2018年会办基础班吗？我想今年参加一下初级班，查缺补漏，巩固一下，明年参加基础班。
A:
每年都会有基础班
----------------------------------------------------
2017.06.11 21:04:34
Q:
老师晚上好，我想请教一个问题。请问什么是laporte rule呢？我在赖文的量化里搜没搜到
A:
没听说过laporte rule
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2017.06.11 21:52:46
Q:
谁知道dmrg有写入商业化软件吗？
A:
商业软件没有
Q:
做物理的用DMRG比较多。
drmg和casscf比较有什么不同
可以计算反应过渡态吗？
M06系列的泛函居然达到了30多个参数。MN15有50多个，实在是无语。虽然很好用。。。
A:
DMRG能把活性空间搞到四五十
比CASSCF上限大得多得多
Q:
CASSCF目前能做到多大？
A:
20左右，具体看程序，加速方法
Q:
嗯嗯
这一届做方法和算法的很多。
那drmg计算量？
A:
每一届都是
Q:
嗯嗯。等下一届看看
为应用服务
蛮好的
A:
搞来搞去留下的东西寥寥
Q:
嗯嗯
drmg目前很成熟吗？有什么应用的局限性？
经用的确实不多。
OA:
总得有一定基数嘛
要是搞的人少了
不少了
能用的就更少了（虽然也不完全是这样）
dmrg好像都可以做全空间cas
A:
这种会议上总是一堆看起来高大上的报告
OA:
日本分子所就有成熟的程序
Q:
普通机子多参考方法算不了很大体系的吧。。感觉都是小体系精算。。
但对于第一次参加的，确实挺新鲜的
A:
参加两三次就腻了
Q:
DFT什么时候能给力一点啊。。搞个泛函专门算静态相关
最根本的还是能直接解薛定谔方程。。。
单电子近似的锅，
A:
那就QMC了
Q:
是的
但是没有导数
也推广不了
找个时间好好研究研究CASSXF
SCF
现在几乎一点也不了解
那个mn15哪个软件有？
A:
G16
Q:
大师的To-Do list 又多了一项
它最大的优势是？
CASSCF,FCI,MRCI
这三个
A:
MN15：2016年Truhlar搞的HM-GGA交换相关泛函。44% HF成份，对各类分子（有机+过渡金属）体系各种性质进行参数化。过渡金属、多参考体系比M06-2X好很多，比M06略好点，但弱相互作用还不如M06-2X。
Q:
50多个参数
[图片]
A:
MN15侧重普通有机体系和多参考体系的描述均衡性
Q:
caspt2不搞一个？
等我学会了多重影分身。。
高比例hf%为何多参考描述好？
A:
比M062X已经低了，而且训练集里有过渡金属
但不是说对于多参考描述好，MN15L是专门针对这类的
Q:
老师，M062X对有多个自旋多重度的反应计算不准，是吗？
多参考还是M06L MN15L这种纯的最好哈
A:
没法一概而论，得有前提
是的
OA:
Truhlar爷爷这次报告一个是MN15，一个是MC-PDFT
Q:
现在雅各布天梯里，双杂化泛函是最接近heaven的，不知未来能否搞出下一个阶层的泛函
mcpdft也是g16里面有？
A:
都已经用了空轨道了，信息量已经和后HF相同了，也没法再搞了
没有
Q:
哪里有？
A:
他们自己的程序
Q:
如何实现在dft里实现多参考？
A:
DFT没法说实现多参考
DFT框架里试图直接对付多参考体系的是Hyper-GGA一类的泛函，但比较昂贵，普及度很低，离成熟的应用还早。Becke花了很大力气搞这些
Q-Chem里支持不少hyper-GGA
----------------------------------------------------
2017.06.11 22:00:10
Q:
请问下各位，安装ambertool，必须得装amber？
A:
ambertools可以单独装
Q:
好的，谢谢sob老师！安装ambertool17和您博文里面写的方法一样吧？
跪在ifort,icc安装上了
A:
我没试过，你可以试试
如果不行，看AT17的手册
----------------------------------------------------
2017.06.11 22:58:20
Q:
老师，QST2找过渡态，关键词用不用加calcfc noeigen？加不加有什么区别呀？
A:
可以不加，加了有好处
----------------------------------------------------
2017.06.12 10:57:31
OA:
看网站里面信息才知道，我老板他们一起去大连看Truhlar了。好蒙，不带上我。
A:
不就是看个老头
少听他个报告看他们的一篇review也补回来了，还能理解得更深:The Journal of Chemical Physics 145, 130901 (2016)
OA:
毕竟只是个“老头”。
A:
不用望远镜还没他主页上照片看得清楚
OA:
您在现场啊。
A:
不在
这种会开过无数次了，深知其无聊性，所以这次不去
OA:
然Truhlar的报告就是papapapapapa ，赶得上的速度
每一页听一个词就行了
据说现在会议变成了广告会议了
然后我们知道可以用
A:
初学者对这些广告真假没有辨识度，听了反倒糟糕
OA:
不，买G16才能用
买了哇
A:
有些很垃圾的理论也能在报告里让初学者以为是很牛很高大上的东西
OA:
是的
XYG3
A:
小心别被*的学生在会场上追杀
----------------------------------------------------
2017.06.12 11:48:08
Q:
老师，请教一个问题
优化结构和频率中，我的A分子与B分子初始距离的远近，会明显影响我计算时间的长短吗？
我以前算的时候用了12小时，然后我将A移动了远了一点，现在都24小时了，还没有算完。
因为我想找到A与B作用最稳定的状态。得到零点能。所以移动了一下
A:
可能会
偏离极小点越远，收敛所需的步数往往越多
显然要看优化趋势啊
----------------------------------------------------
2017.06.12 13:41:40
Q:
大家知道怎么mol文件转换成mol2吗？
A:
Chem3D转
也可以尝试openbabel
----------------------------------------------------
2017.06.12 13:48:25
OA:
我1核心2块钱1小时
Q:
超算基本都是每核小时一毛钱的……哪有几块钱一小时的
OA:
是的，中国大的超算中心价格基本是1毛钱每小时，还可以免费试用1-2周。可以找个超算中心申请试用。
Q:
好，谢谢。我用的34个cpu。
0.1元/核/hour?
开超算要是有钱挣，社会上早有人干这活了……正是因为没得挣所以才是国家扶持
OA:
还不如开个网吧。。
是的。而且如果租的核时多，还可以有优惠。
Q:
自己买机子划算还是超算租借划算？
OA:
自己的服务器每月电费上千……
A:
[图片]
这功率还是明显高估来算的
就算工业用电，也就多个两三毛
Q:
4核CPU500瓦特？
A:
每月上千，除非组个集群，每月无休满载
4核整机满载也就100瓦，除非用了高端GPU
现在的intel 44核满载不算GPU也远远到不了500W，也就300多W
Q:
加上乱七八糟的，每个月2500左右？
电费？
你们不是应该用30多核CPU的工作站吗，Xeon处理器
A:
计算电费应当纳入小学数学应用题
Q:
多少个核？
30个cpu
A:
搞清楚什么叫CPU什么叫核
Q:
30核还是30个CPU？
30cpu
30个CPU那屌炸了
多少个核呢？
我不知道啊，linux下，用命令查看cpu信息，是30
那还租啥服务器啊？一般100个核就可以了。
A:
100%是30个核
Q:
还要算空调钱吗。。
A:
要是Gaussian用30个CPU，得有起码20个CPU计算资源都白浪费了
Q:
至今未做过超过6个核的计算。。。。
老师此话怎讲，我分配给gaussian的就是
%nprocshared=30
%mem=26GB
30个逻辑核
A:
明摆着这是用30个核
还CPU...
Q:
8个核给ORCA就死也足了
一个cpu有很多个核
总感觉还是自己买个44核的划算
A:
自己用，28~36核的产品比较合适
44的性价比就低了
Q:
一个CPU四核，得买7个？
不
OA:
我有28核的
A:
2个14~18核XEON
Q:
有个e5 2696还是多少，是22核
双路即可
双路配至强
A:
E5 2696/2699/2699A/R都是22核
Q:
大博士可以职业装机了……
es版很便宜
A:
倘若有30个22核的集群，那可是benchmark的利器
Q:
A:
小学就开始攒机
Q:
一个0.5万，那也得15万投资
搞个集群
30个22核。。看来确实要小学开始攒了，一年攒一个
A:
用ES的，内存适量，2万多就一台44核
Q:
攒到研究生估计10几个CPU
小学的时候我还被女生追得满大街跑……
没办法，民风彪悍
这问题问得好
A:
第一台自攒的是菜羊400
Q:
没听过呢
那时候还早呢赛扬
A:
那时候菜羊366超550可谓经典
Q:
我小学时候，几乎没碰过电脑。。
我们那里自攒机器都取名方正，反正就壳子上写，里面不知道
有必要写《推妹图》了
记得叫清华同方？
A:
怎么不好好开会都聊天了
Q:
人少了好多
A:
方正也有
还有实达，也是当年很有名气的
Q:
大博士的研究中心日后可能要加职业装机的项目了
做生物的。
A:
不干。太low
Q:
晚饭吃粥，我们组不少人吃坏肚子了。
清灰80
笔记本清灰好
我给人装机都是免费的
这个赚钱
帮人组装电脑100块至少
只有一个人请我喝过汽水
A:
现在攒机不吃香了，都直接去淘宝京东买本了
Q:
都想省力气
OA:
我帮人免费搞过服务器
Q:
品牌？
中关村不是据说很坑
A:
完全的骗子村
Q:
大炮村
上次去北京的时候路过此地。
还有百脑汇，千万别再这里买电脑
我淘宝的配件，回来主板安装不上，又拉过去让店里安装了
无商不奸嘛……
无奸不商
A:
也是他们自作孽，中关村已经黄了
Q:
原来的中官村，现在的中关村
确实该关了
OA:
我当年读书的时候，去中关村，就感觉怪怪的
搞得跟菜市场一样
到处都是拉住你，然后疯狂推销
A:
就是菜市场，却又没有秋叶原的秩序和气氛
----------------------------------------------------
2017.06.12 15:07:46
OA:
娃娃致力于做WC泛函的第一个用户
WC泛函
li大博士在我的斜前方，哈哈
我期待JGWC泛函
wc里写的？
几十个参数的泛函，想想就觉得可怕
暖云主要是学生期间遇到了社长这样的高人啊
WC实力雄厚
可怜我博士阶段都是靠自己瞎捣鼓
A:
不追求物理意义，搞个新泛函太容易
OA:
不过也没啥了，人生啥时候都不算晚
A:
就像这会上，改改IOp就敢定义个新泛函
OA:
刘的bdf 到底怎么样了？
大刘很喜欢怼人
刘剑老师的报告一个字都没听懂
路径积分
物理里面的东西
刘文剑
和昨天的GW一样
现在是刘剑讲
就是刘剑吧
A:
L这点在一次吃饭时被LM友善地批评了@Warm_Cloud
OA:
和大刘是两个人
大刘主持全国量化会和他评论课上学生的量化Presentation是完全一样的
到15分钟，就撵人
A:
作报告碰上刘作为主持算倒霉
OA:
你用了没D3参数的泛函还非要加D3
国内的量化软件貌似的确没有国外流行的多
v是清华毕业的？
牛
LM是谁
黎？
A:
北化工的
----------------------------------------------------
2017.06.12 15:27:45
Q:
老师请问opt=maxste=N这里的N是指最大步长，还是步数？
A:
RTFM
----------------------------------------------------
2017.06.12 15:30:13
Q:
大博士，是不是wB97系列的都不能外加色散矫正？
另外wB97XD和wB97X-D是一回事？
A:
一回事
原理上可以加
----------------------------------------------------
2017.06.12 15:36:25
Q:
老师您好，gaussian结构频率优化，会不会一直计算下去，停不下来
自己找D3参数给它
到底是频率还是优化？
opt=calcall freq=raman ，命令是这个
OA:
老是报错
Q:
。。。这命令不慢才坏了
OA:
23333
Q:
为什么呀
OA:
opt=calcall 昂贵
Q:
orca 自带wb97x-D3
每一步优化都算频率当然慢了
A:
没有基础知识，300乃至3000核都出不了结果
Q:
我之前就没有用calcall，我师兄说这是不严谨的，让我加上calcall
A:
以讹传讹
OA:
哪有不严谨。
Q:
这个坑掉的十分重要，从此就知道师兄不一定靠谱
A:
&这个师兄一定不靠谱
Q:
我真见过opt=maxcyc=2000硬生生跑完的
我把结果给他看，他让我加上always 计算力常数
A:
他根本不懂always是什么意思
OA:
大博士，祭出剃刀大招
Q:
我师兄之前的模拟文件，他的maxcyc=200
OA:
2000就是纯粹浪费。不过，对于最优化，有个函数，用最速下降法硬生生跑了10000步才收敛
A:
讹就是这么传下来的
Q:
还见过有人大结构，给的maxcyc比默认还小的
OA:
默认规则是什么？
自由度有关对吧
A:
对
----------------------------------------------------
2017.06.12 17:24:50
Q:
Optimizing dyes for dye-sensitized solar cells. 求助一篇文献
A:
求文献的规矩看群文件里的群规
----------------------------------------------------
2017.06.12 17:32:11
Q:
opt=readfc起什么作用？
A:
从chk里读Hessian
Q:
哦，guess=read也能读取矩阵吗
如果我在低级别计算下得到了收敛的chk文件，用它的矩阵在高级别下优化是不是快点？
A:
没必然性
虽然有可能
Q:
好的，我试试
是不是把低精度下优化收敛的结构提取出来，建立新的文件，用guess=read读取低精度下收敛的初猜，在高精度下继续优化？
还有简单的操作？
有没有经验分享啊
A:
[图片]
guess=read对优化没太大意义
Q:
哦，低精度优化的结果距离极小值近的时候这么做才有意义么？
哦，好吧，我去尝试opt=readfc
A:
尝试这个基本没意义
该怎么做图里写得很清楚了
Q:
最后一问，如果我直接把低精度结果的结构提取继续在高精度下优化，是不是和guess=read一样的效果？
A:
本身低级别Hessian就和高级别有区别，再加上准牛顿本身Hessian就是不精准的，再加上低级别PES极小点和高级别PES极小点尚有距离，readfc基本没有益的效果
那叫geom=check
----------------------------------------------------
2017.06.12 20:31:56
Q:
结构优化用了ultrafine，用mp2算能量也用ultrafine？
A:
积分格点设定只影响DFT
----------------------------------------------------
2017.06.12 20:33:37
Q:
看了一下firefly的输入文件，发现和高斯以及ORCA的很不同
和GAMESS的太类似了
A:
本来就是其派生的
Q:
但是GAMESS的优点没有继承
OA:
谢谢老师
Q:
比如能量分解
A:
因为那是分家之后才加进去的
Q:
分家总是令人SAD
firefly不开源，这一点对于一些高级用户来说就不是很爽
A:
不开源必定有难言之隐
firefly几乎都靠一个人维护，能做成这地步已经很了不起了
Q:
一个人？俄国人真是战斗民族
A:
论水平不亚于neese，不过一个人单打独斗，终究没法跟ORCA拼
XMCQDPT2是firefly亮点之一，也是其作者搞的
Q:
泛函？
哦，多参考
A:
多参考方法
Q:
看来高级班的时候firefly也有亮点可以讲一讲了
A:
chemcraft也是一个毛子搞的
firefly不打算讲
----------------------------------------------------
2017.06.12 22:31:22
Q:
问一个问题
reading tpx file (not.tpr) version 100 with version 83 program是什么情况呢
g_msd -f md.trr -s md.tpr -o msd.xvg 难道测分布函数就这个命令就可以了吗，如果我要选择一类分子呢
A:
tpx和你当前gmx不是同一个版本产生的
Q:
上面是出错了
A:
较新的gmx产生的tpx不能被较老的gmx读取
g_msd是计算方均根位移的，和分布函数无关
Q:
斜率是
A:
斜率是用来算扩散常数的，跟分布函数完全无关
Q:
不好意思说错了，tpx文件是
A:
径向分布函数用rdf，空间分布函数用spatial
Q:
我没生成这个啊
可以了
g-mx
g_msd
是老版命令
离子液体有必要分析空间分布函数吗
A:
若要讨论离子间相互作用，适当时候做这个有一定用处
----------------------------------------------------
2017.06.12 22:44:04
OA:
现在好学校都要海龟的
就算是自己本校留校的也要外面镀层金
A:
还是强迫镀金
----------------------------------------------------
2017.06.12 22:46:35
OA:
[图片]
永久离开小木虫
是的，全是广告。回答的也全是广告。
A:
小木虫计算化学区，特别是量化版，早黄了
OA:
我已经N多年不看它了。
第一次知道小木虫并上去看了后就对其没有好感。
A:
现在搞计算的都去计算化学公社
OA:
小木虫的第一楼回答都是<欲知更专业的回答，请下载小木虫app。。>我呸！
A:
有服务器厂商想交钱在论坛里要个广告位我都不答应
OA:
厉害了
公社的日均浏览量应该不少
对，小木虫是我看过的第一个在用户的帖子内强行加入广告并且不做出区分的网站。根本恶心。
A:
我的文章都在sobereva.com以及计算化学公社
老文：
Sobereva永久性离开小木虫论坛！
http://sobereva.com/256
OA:
Maxwell 对，很反感小木虫这种软广告
A:
现在下载个什么文件，还得给LZ送什么红花，莫名其妙
----------------------------------------------------
2017.06.13 00:54:28
Q:
我想问下，chemoffice 里面的gamess 是怎么回事情呢？
可以并行吗？
与单独的gamess 有什么区别？
A:
就是个接口。类似于MS也能调用高斯似的
Q:
里面的gamess 估计很老吧
貌似不能并行
OA:
自己带着呢？
A:
需要额外装
没什么意义
----------------------------------------------------
2017.06.13 11:23:08
Q:
老师，我用autodock对接分子，结果出现下面的问题，这是怎么回事求解答？[图片]
A:
文件路径不对
----------------------------------------------------
2017.06.13 11:33:05
Q:
请问怎么移动可以让两个分子重合？
[图片]
Ctrl+shift不行
我都试过了，都不行
A:
在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的几何偏差
http://sobereva.com/290
自行在gview里按住alt+shift平移，alt+拖动旋转亦可
----------------------------------------------------
2017.06.13 13:22:17
Q:
请问老师，使用非内置泛函，如PBE0，按照老师的博文写的，为PBEPBE IOp(3/76=1000002500,3/77=0750007500)，如果我使用PBE0提交OPT+freq的任务，是不是应该分开提交呢？
A:
分开保险
----------------------------------------------------
2017.06.13 14:28:42
Q:
各位老师好。我想问一下，研究氢键作用时，计算出来的拉普拉斯值有没有大小范围，还是只需要看它的正负判断键的类型。我计算出的值在0.14-0.15之间，这样合理吗。
A:
[图片]
Q:
这是新的PPT？
A:
第三届培训班前会做大刀阔斧的修改和更新
那一页第二届里应该就有
----------------------------------------------------
2017.06.13 14:45:55
Q:
老师，我计算荧光时的命令行 #p td opt b3lyp/6-31g(d,p) scrf=solvent=ethanol geom=connectivity，计算也成功了，可是用multiwfn生成光谱总是闪退？
A:
不要用激发态优化的输出文件当Multiwfn的输入文件
如果是老版本multiwfn，换成最新版，可能能正确读入
Q:
是最新版的multiwfn
[图片]我是用fchk文件做输入文件的
A:
这是最新版
[图片]
怎么能用fchk！
仔细看
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
从来没说fchk能用于绘制光谱的目的
----------------------------------------------------
2017.06.13 14:49:37
Q:
[图片][图片]老师，您好，请问一下这电荷密度面怎么做呢
我只能调成这个模样
[图片]
花了一个月的时间还是没找到方法，麻烦您指点一下
A:
换个作图程序，增加格点密度或许能漂亮点
这块儿我搞的不多
----------------------------------------------------
2017.06.13 15:12:50
Q:
这个报错可能是什么原因呢
A:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
此体系加弥散瞎耽误工夫
OA:
乱加弥散，有一半是迫于老板的压力
A:
估计非得找个大佬，在知名量化会上做个报告，专批乱加弥散，某些人才肯听
OA:
估计高斯的开发者来批判，才有人相信
比如5/13=1的梗
A:
有的高斯开发者自己都糊涂
自旋布居和自旋密度都分不清
OA:
有哪个学生愿意冒着延期毕业得罪老板的风险，跟自己的老板辩论弥散的问题？
A:
有
OA:
啊
A:
乱加弥散会给学术生涯留下污点
OA:
至少我现阶段还不敢，毕业了，也就无所谓了
A:
以前，我有篇文章某个地方写的是对的，结果导师给改错了，于是我在投出修稿之前，又给改回去了。要不然就留污点了
----------------------------------------------------
2017.06.13 16:02:25
Q:
问一下，gaussview中核磁里的Reference是什么意思，是要把自己的基组输进去吗
A:
相同级别算的TMS的参考值
----------------------------------------------------
2017.06.13 16:29:50
Q:
[图片]
OA:
大博士说不让拍照提问，看来效果不明显
通常是阿尔法自旋
[图片]
QQ也有截图键，ctrl+alt+A
Linux不会搞拍个照也就算了，Windows不能忍
虽然也是一搜就有的东西
A:
拍照提问看来已经成普遍的公害了
OA:
现在又有新的截图键了，win+shift+S（适用于最新的win 10）。
[图片]就算所有组合键全是截图功能有的人也不用
Q:
我就只用qq截图
不然还要复制出来挺麻烦
OA:
+2
A:
管理论坛时我特反感的一件事就是，老有人直接把QQ截出来的图直接粘贴到论坛里，然后帖子里就显示出本机临时文件路径。居然都不知道得上传
真是计算机常识严重缺失的年代
OA:
[图片]是的
这都2017年了。。
发完帖子也不看一眼
Q:
论坛不支持这么做的吗
A:
怎么可能支持
置顶的新人必读也不看，怎么贴图都说得超明白了
查看http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5914
----------------------------------------------------
2017.06.13 16:55:24
Q:
sob老师，咱有没有帖子介绍multiwfn3.4有哪些更新呢？
A:
看官网的update history。3.4正式版这两天预计会发布
----------------------------------------------------
2017.06.13 16:56:31
Q:
谁还有sob老师发表的关于消除虚频帖子的连接，能发一下么？谢谢
，谢谢
A:
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
----------------------------------------------------
2017.06.13 17:01:27
Q:
老师，multiwfn电子激发分析里面电子积分出现一堆*号，
[图片]
电子分布整个格子都满了。
A:
操作不对，或者输入文件有问题
----------------------------------------------------
2017.06.13 17:19:38
Q:
HOMO-13中的13代表的是13号占据轨道吗？
A:
HOMO的序号减去13
Q:
代表的物理意义是什么
A:
编号而已
----------------------------------------------------
2017.06.13 17:31:26
OA:
MS疯了
科研经费是如何被浪费掉的
软硬件一体机？
A:
希望本群对树新风、扬正气起到积极作用
OA:
自己不装就是了
A:
就是程序和服务器捆绑销售
----------------------------------------------------
2017.06.13 17:42:04
Q:
溶剂介电常数在哪里能查到呢？涉及的溶剂是gauss里没有的
A:
google
兰氏
CRC handbook
----------------------------------------------------
2017.06.13 19:09:45
Q:
[图片]
[图片]
请问下各位计算紫外时 Mutiwfn导出的数据600之后的没有，X 轴的上下限和刻度间隔0，1500,100，把Nstate 设大一些导出来的也不对，麻烦各位大神帮帮忙，详细见图
A:
X轴上下限设多少，导出来的就是多少范围
Q:
那是没算完吗，我已经把Nstate设到50了都弄不对，接下来怎么办呢老师
A:
和nstates无关
你在Multiwfn里X轴设多大范围，作的图就是多大范围，导出的曲线数据就覆盖多大范围
----------------------------------------------------
2017.06.13 19:44:03
Q:
[图片]请问在chem3D里画好分子后，如何搜索氢键？
A:
优化体系，得到波函数文件，然后用AIM或RDG方式考察
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
Q:
我问老师说，是在chem3D或者spartan里找到氢键后，再优化计算@Sobereva
A:
先优化，再考察氢键
怎么可能优化前就找到氢键
----------------------------------------------------
2017.06.13 19:49:57
Q:
您好老师，请问计算力常数什么时候选择always[图片]
A:
不要用gview产生输入文件，否则高斯的基本关键老也记不住
这叫calcall
什么时候用calcall这里写了
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
----------------------------------------------------
2017.06.13 19:50:23
Q:
某个激发态计算的log文件被我误删了（手贱tab），chk文件还在。有没有什么办法快速重算（guess 还是density＝check），体系比较大，之前计算用了整整一周多。
A:
TD里写read
guess=read虽然有帮助，但也只能降低一点耗时
----------------------------------------------------
2017.06.13 20:11:56
Q:
老师您好，我有个问题想请教一下您：non-equilibrium PCM与equilibrium PCM溶剂化模型在计算时有什么不同吗？我看文献中会得到两个不同的值。谢谢老师。
A:
这里写了
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
----------------------------------------------------
2017.06.13 20:11:56
Q:
老师们好，请问在guassview上操作的时候，如何在进行键长的势能面扫描的时候同时扫描两个键，同时使他们断裂？
A:
显然要考虑
没法“同时”，除非你自行写个shell脚本通过循环来做扫描，每一步同步调节那两个键长
Q:
我现在在做O3的外电场解离的工作，如果不对两个键同时扫描势能面的话（一个键被不断的加长，一个键不变）那么两个键之间的相互影响不就没有被考虑进去嘛？
当加入电场的时候两个键长肯定是同时变化的啊
A:
你在电场下优化不就完了
扫描方式是程序定的，又不是你想怎么扫就能让高斯怎么扫
Q:
优化过了，但是不扫描就没有解离势能面的结果
想得到解离势能面，但是扫描出来的只能是一个键的结果
A:
群内发言字号不得超过12，看群文件里群规
----------------------------------------------------
2017.06.13 20:27:14
Q:
《在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的几何偏差》http://sobereva.com/290
A:
已经说了，想同步变化，自行写shell脚本
要么那两个键用相同的距离变量表示，扫描这个变量即可
----------------------------------------------------
2017.06.13 20:28:28
Q:
各位老师，以前问的一个问题我现在还是有点迷糊，请问绝热电离能和垂直电离能是不是分别对应了实验上的循环伏安法氧化电势和紫外光电子能谱测量值呢？老问这个问题实在抱歉啦，因为总是搞不清这几个之间的关系，不知道应该算哪个和实验值去对orz
A:
正规的小分子IP数据根本不是靠循环伏安法测的
Q:
那循环伏安法测的值能对应什么呢？或者说在理论上和真正的电离能之间差了什么呢？麻烦老师啦~
A:
关键差了溶解自由能
----------------------------------------------------
2017.06.13 20:31:46
Q:
[图片]问下老师，计算核磁时这个错误是？
A:
自行去EMSL拷基组定义
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
Q:
拷到了
老师这个是输入文件
A:
没错
不写gen哪行
----------------------------------------------------
2017.06.13 20:37:58
Q:
请问一下群里各位老师，高斯给出的键长单位到底是Å还是nm，看了好多篇文章，有些nm的，有些Å的，有点糊弄了。
老师，内坐标的定义是什么？还有冗余内坐标，他们的区别是什么
A:
埃
OA:
埃
高斯给出的是埃，文献是nm
A:
参加下次科音初级量化班吧
参加过之后99%的问题都不用再问了
Q:
我要报班。可以开发票么
A:
北京科音办的培训班FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5098
----------------------------------------------------
2017.06.13 20:48:29
Q:
老师，又来麻烦您了，您说的相同的距离变量是指什么呢？[图片]我是这样设置的，但是不出结果，总是报错
A:
O
H 1 B1
H 1 B1 2 105.26527650
B1=0.9626736
----------------------------------------------------
2017.06.13 21:04:39
Q:
[图片] 老师，我这个是是不是应该没过渡态，我是柔性扫描一个化学反应断键开始，断键的能量最低。从产物到生产物从扫描来看，没什么能垒啊
A:
如果轨迹基本合理，能大致对应反应过程，说明在当前计算级别没有
----------------------------------------------------
2017.06.13 22:11:16
Q:
请问用gamess计算一直提示 NO $DATA GROUP WAS FOUND，应该怎样修改[图片]
A:
最后的$end前面要有空格
----------------------------------------------------
2017.06.13 22:11:59
Q:
请教大家一个问题，开壳层体系如何计算HOMO和LUMO之间的能量差值，有两套HOMO和LUMO，应该以哪一套为准？
A:
都考虑
----------------------------------------------------
2017.06.13 22:56:31
Q:
我单独放到一个文件夹里面去之后，还是不可以
A:
程序在当前目录下找
Q:
程序和输入文件都在同一个目录下
[图片]
[图片]
A:
明显没设置好g09环境变量
Q:
好的
谢谢老师
我想问问就是这个输入文件命名一定是teamplate.gjf
A:
你拼错了
Q:
命名为其他的名字这样子可以不
但是得写脚本去调用
冰老师，我错了
还想问问这个可以改代码，调用g16?
A:
可
----------------------------------------------------
2017.06.13 23:29:27
Q:
培训的内容高斯占多少？我们只用到高斯
A:
在没有理论基础的前提下，根本没法使用量化程序
否则用就是瞎用
培训内容已经调整到理论和操作最完美的比例、最完美的结合
Q:
我也想去奈何老师不给钱
说咱们又不是业余的，不用那么专业
A:
量化没法说业不业余，应当说，没达到最初步的那个理论知识和程序操作知识的线，所有数据都是几乎白算
OA:
自费绝对值得
就是额外的钱不一定值，比如宾馆
Q:
Sob收1W一天，宾馆的钱就可以忽略了
A:
合租便宜的宾馆一天也就100稍微出头
Q:
请问只学习了一些基础四大化学（有机无机物化分析）以及入门级的结构化学基础，数学功底不强的本科生能跟上最初级培训的脚步吗
A:
完全能
Q:
好的，具体通知18号出来对吗
OA:
以报过班的经验来说，完全能
这次的是基础班
A:
但对于量化完全0基础的人，不是所有课上讲的内容在培训期间都能消化得了，一定要在课后反复复习讲义
下一届初级班可能在9月末，待定
7月底的基础班对于0基础的太深了
Q:
作为一个只学了结构化学皮毛的小白……也基本就是0基础了，可是9月末腾不出来时间去估计以后的初级班还会有吗
我那时候要跑推免的事情
A:
初级班每年都有
Q:
这个实在请不了
请问大概每年的何时
研究生推荐免试
A:
每年时间都不一样
----------------------------------------------------
2017.06.14 01:48:01
A:
大新闻：Multiwfn 3.4正式版发布！
----------------------------------------------------
2017.06.14 01:48:09
Q:
好好研读一下量子化学，复习好基础四大，去应付保研的面试应该够了来日方长，重点是今天知道了这里
[图片]
请问这四本，有哪本是适合初学者的吗
A:
哪本都不适合
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355
里面提了，不要看中文书
[图片]
Q:
好的，请问第一个那个英文版的参考价值大吗
A:
不大，买过
这些书我书架上都有
Q:
OK，那我就去印群文件，顺便再请问下前辈没学过线代的需要去专门补这个和复习高数吗
A:
高数会微积分就够了，不用复习
线性代数在初级班的水平不会也罢，但到了基础班阶段，会线数才能较好理解一些理论问题。如果以后打算稍微搞一些理论，线数是必会的
----------------------------------------------------
2017.06.14 06:52:22
Q:
群里各位专家，打扰大家了，请教大家，高斯软件里如何实现坐标的可控移动？比如，把坐标原点放在分子中某个原子，把xy坐标平面放在某些原子组成的平面上。如果高斯软件实现不了，哪个软件可以。万分感谢！
坐标自己转化不来
A:
Herit 看此文的方法2
调节平面分子间距的方法
http://sobereva.com/178
----------------------------------------------------
2017.06.14 07:21:21
Q:
问一下大家，计算中用了DFT-D，计算结束后和不加DFT-D相比，电子云密度图，和差分电荷密度会有变化吗？
A:
不会有变化，除非你优化时候就带DFT-D。
----------------------------------------------------
2017.06.14 09:05:09
Q:
老师往后的版本都不打算出Window32位的了吗
我的机子是老服务器下来的，一装64系统就各种崩溃，看来得找老板给我换设备了
A:
不打算再更新32bit版，我认为如今已没这个必要
----------------------------------------------------
2017.06.14 09:09:49
Q:
[图片] 才5000次。看来MultiWfn追上ADF指日可待啊。
A:
ADF才5000次也好意思炫，十年内就会被ORCA超越。连NBO一年都能有1600次引用
----------------------------------------------------
2017.06.14 09:17:44
Q:
各位老师好，请问有老师算过混合溶剂体系吗，混合溶剂是如何定义的啊？
A:
如果是指gaussian，怎么定义混合溶剂这里说了
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
----------------------------------------------------
2017.06.14 10:51:24
Q:
请教一下，DFT中提到的adiabatic connection 怎么理解啊
A:
Introduction to Computational Chemistry(2ed,Jensen)里就有介绍
----------------------------------------------------
2017.06.14 12:17:57
Q:
老师，请问双自由基复合物的中间体一般理解（1，1）态为激发态（1，3）为基态，是吗？那么参与后续反应的应该是能量低的（1，1）激发态中间体吗？
A:
这不是“一般”情况
如果怀疑，实际算算两种态能量
Q:
谢谢老师
已计算单重态和三重态能量单重态能量低
但是三重态参与反应相对能量低
这是应该怎么判断是哪个态参与了反应？
A:
都有可能
比如氧气和物质发生反应往往是以比基态三重态能量更高的单重态氧气来反应的
----------------------------------------------------
2017.06.14 12:33:57
Q:
想问一下s1态和t1态的CT或LE性质可以通过homo到lumo跃迁看出来吗
A:
不能，除非跃迁完全是HOMO->LUMO主导的
正当讨论方式看Multiwfn手册4.18节的例子
Q:
噢噢，好的，谢谢老师
A:
以及
图解电子激发的分类
http://sobereva.com/284
----------------------------------------------------
2017.06.14 12:37:17
Q:
[图片]
A:
刷新网页重下
[图片]
Q:
能下了，感谢大博士
[图片]
OA:
等初级班上完，目测2群的Q&A会上一个level
A:
不过初级班人数有限，只能小幅提升
从建2群以来已经办过两次初级班了，还是有很多初级问题，不过相信几乎都是没参加过的人问的
Q:
老师，什么时候还有初级班的课程
A:
几个月后
Q:
Okay
那老师初级班在基础班以后吗？
A:
y
初级班和基础班是时间交替办的，上届初级班4月份办的
Q:
嗯嗯，错过了初级班，上基础班会不会很吃力？
A:
看之前的基础如何
基组部分自测题：
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5426
----------------------------------------------------
2017.06.14 12:58:28
Q:
如果T1结构是用DFT计算的怎么判断CT还是LE性质呢
A:
就是博文里说的，看electron-hole图，或者分析NTO，或者绘制密度差等
根据基组定义，恰当定义片段，比如只把描述5d轨道的基函数加入到片段里，那么绘制的PDOS就是对应5d的
Q:
可是DFT计算的t1结构log文件输进去闪退不知道为什么呢
A:
先载入fch/fchk文件
先把自带的例子仔细重复一遍
----------------------------------------------------
2017.06.14 13:13:34
Q:
大博士，32位和64位的软件代码是不是有区别，所以不写32位的了
A:
代码一样，但是32bit限制太大，现在大多都用64bit了，没必要再支持它，要不然发布时还得编译一次32bit的，麻烦
诸如ORCA也根本不发布32bit的
----------------------------------------------------
2017.06.14 15:39:47
Q:
老师，我按照4.18的步骤计算了S1结构的electron-hole分布，可是同样的办法用到T1还是不行，是不是因为S1结构是用tddft的方法得到的，而t1是用dft办法得到的，所以输入T1的fck后再输T1的log文件会闪退呢
A:
UDFT根本不做电子激发计算，怎么可能行
[图片]
----------------------------------------------------
2017.06.14 15:48:53
Q:
αβ不饱和酮的羰基碳和β碳谁的反应活性强应该计算什么啊。
A:
用反应位点预测方法，看
1 群共享里的文章：亲电取代反应中活性位点预测方法的比较、Comparative study on the methods for predicting the reactive site of nucleophilic reaction
2 幻灯片：Predicting reactive sites（http://sobereva.com/234）
3 Multiwfn手册4.A.4节
4 概念密度泛函综述和重要文献合集：http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=384
----------------------------------------------------
2017.06.14 15:51:13
Q:
请问如何定义甲基胺CH3NH2中N原子上孤对电子的方向?只知道各原子的坐标。多谢
A:
使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度
http://sobereva.com/108
----------------------------------------------------
2017.06.14 16:23:14
Q:
sob老师，辽师大杨忠志老师他们搞的那个AIM理论如何？
OA:
修修补补
分子形貌理论还好玩一点
Q:
我仔细看一下去
这个是杨忠志他们首先提出来的吗？
A:
AIM（一般意义的AIM）不是他们搞的
如果说ABEEM那一套东西，那是另一回事
杨忠志他们搞的PAEM-MO在Multiwfn里可以支持，例子见4.3.3
Q:
好的，谢谢老师。
这样啊，我再看看。大会上他们报告题目是“一种新的‘新的分子中的原子’理论”
打重复了
A:
AIM一般是指Bader的QTAIM以及其派生
虽然其它考察分子中的原子特征的方式也能被冠以AIM，诸如AOIM、IAO、Hirshfeld/Hirsheld-I之类
没去那个会议，不知道他们搞的什么
Q:
哈哈
A:
听过报告的可以谈谈其主要思想
Q:
http://or.nsfc.gov.cn/bitstream/00001903-5/200103/1/1000014161933.pdf
是这个工作么？
仿佛还有个人讲了个描述位阻的东西，感觉Multiwfn也很容易算，翻一翻
[图片]
[图片]原来带着名字呢
OA:
哈哈
辽师的那个AIM好像是不以电子密度而是以单电子作用势求导
Q:
[图片]
A:
[图片]
原理其实很简单
说白了就是静电势基础上考虑了交换相关势
PAEM上一届14年的全国量化会的时候就讲过，记得会议期间就被我顺手加入到Multiwfn了
其实相关势都可以忽略，主要就是交换势的影响
因此如手册里的例子所示，其实在HF下来做就够了，CISD没必要
Q:
[图片]
差距还是有点的
A:
negligible
此图正说明在电子相关级别弄是多余的
Q:
我记得，他们的PAEM程序，严格计算单双电子密度矩阵给出的。没用什么近似。不知道Multiwfn计算的结果跟他们比如何。
[图片]
这项计算了？
A:
是否考虑库仑相关结果都相差微乎其微，基于自然轨道用Muller近似来考虑相关穴，又已经能大部分描述实际相关穴了，所以和直接基于精确2PDM的结果基本不会看出来多大差别，作成图的话肉眼估计都分辨不出
要基于2PDM弄，还很费事，没多大意义
而且Multiwfn还直接基于支持DFT的交换-相关势来算
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2017.06.14 16:55:50
Q:
[图片]突然发现，连预计的日期都擦掉了……
A:
还是等高级量化班的ppt都完美做好了再着手此事
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2017.06.14 17:01:03
Q:
[图片]
Gaussian External关键词的说明里，Pesudo Code和Line Format这些的含义是什么没找到例子
A:
Fortran的格式
Q:
去找一找
A:
你可以参考postG的代码，那个利用gaussian的external，实现了把XDM纳入到高斯计算中
Q:
好！
A:
看样子要着手ORCA借用高湿的优化/IRC的driver的计划了
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2017.06.14 17:16:36
Q:
老师，我请教个问题，我算过渡态，算完后。用大基组做单点，这时候的E可以加原先的零点能得到，但吉布斯自由能怎么计算出来？大基组的只有E了
A:
freq直接就输出了自由能校正量
加到单点就完了
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2017.06.14 18:57:23
Q:
大神我用PBE1PBE/6-31+G(d) scrf(PCM,solvent=ethanol) out=wfn和
PBE1PBE/6-31+G(d) td(root=4,singlet) scrf(PCM,solvent=ethanol) out=wfn density
这样可以计算S0→S4的电荷密度差分图吗？
A:
群内发言字号不得超过12，看群文件里群规
可
nstates最好设7，这样S4的结果也会准确点
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2017.06.14 18:58:20
Q:
请问，优化过渡态时，noeigen有什么用？
A:
[图片]
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2017.06.14 19:03:49
Q:
老师晚上好，我想请教一个问题。请问轨道的重叠积分与跃迁偶极矩有关系么？谢谢老师
OA:
重叠度大是跃迁偶极矩大的前提
A:
两个轨道的模的重叠积分大（重叠程度高），是它们之间跃迁偶极矩大的前提
Q:
我计算一个分子，好像重叠积分norm值大，但平方值好像变小了，请问这是为什么呢？谢谢两位老师
A:
二者通常是正相关的，如果个别情况下int(|psi_1|*|psi_2|)确实和int(|psi_1|^2*|psi_2|^2)没有正相关性，那只是说明个别情况下这两种考察重叠程度的指标结论上有所差异。一般就看int(|psi_1|*|psi_2|)就行了
OA:
int(|psi_1|*|psi_2|)的范围一般是 0-1 吗？
A:
是
Q:
谢谢老师，最后还有一个问题，请问老师，跃迁偶极矩大还有什么类似的前提呢？像这个multifwn可以直接计算得出的
OA:
你都能直接算出跃迁偶极矩了……
A:
前提从跃迁偶极矩的计算公式上直接就能领悟到
最直接的前提就是重叠程度大
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2017.06.14 21:14:03
Q:
各位老师，请教一个比较低级的问题，还望各位老师赐教，我计算了有机分子的核磁共振，里面有这么[图片]一段，哦想请教下，里面的这个各向同性和各向异性值到底是个什么意思？化学位移？还是磁性体现？还望各位多多指教
A:
这是磁化率，和NMR化学位移是两码事
Q:
老师，这个问题我纠结很久了，一般我们计算磁性得到的都是磁矩，测量的也是磁矩，但是我这搞出来是个磁化率，让我很是难堪，也查了好多资料，但是没有得到一个明确的解释，还望老师多多指导
我是不是可以把他理解为磁性？isotropic理解为磁屏蔽作用，值越大屏蔽作用越强，正负号理解为方向，anisotropy理解为磁性，这样理解对吗？
A:
anisotropy表现的是磁化率的各向异性，因为这不是各项同性的量
Q:
anisotropy的值越大磁性越强？
A:
这是磁化率，不是磁矩
正如电极化率和电偶极矩的关系
----------------------------------------------------
2017.06.14 21:14:07
Q:
CCL上有个求助软件帮助的，感觉Multiwfn能够完全解决问题[图片]
A:
[图片]
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2017.06.14 21:57:02
Q:
sob能帮忙看看我的scan问题吗？文件已私发给你，发到群里怕沉掉
A:
论坛上是你发的？
不接受一般计算化学问题私聊，群规里写了
OA:
为何还要在群里重复一遍……
论坛有回答了耶
A:
同时在多处问是很不好的
群规里也写了
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2017.06.14 22:33:10
Q:
GW这个东西很可能一年内加上，哈哈
有合作者了
哈哈哈哈
会有很多不常见的东西
据说有一种加速方法比RI的标度还低。。
A:
基本都是中看不中用
Q:
这个倒是不了解细节。
A:
常规SCF，最中用的技术也就是DIIS,RI,Incremental Fock,积分屏蔽,动态积分格点
Q:
嗯嗯
也是
A:
高斯还支持FMM，但效果很平庸
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2017.06.14 22:45:46
Q:
[图片]
[图片]终于成功的让传递梯度跑起来了，但是结果仿佛有很大问题
如图是水[图片]
A:
Yuanhe 够麻利的
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2017.06.14 22:49:14
Q:
[图片]请问，这个——内层电子相关的性质，具体有哪些
A:
NMR
核能级激发光谱
超精细耦合
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2017.06.14 22:59:11
Q:
老师，两轨道的重叠积分为0.6，但它的平方为0.00n，请问这是不是不正常啊
A:
就别管平方的结果了，平方一下结果就小好多数量级
Q:
好的，谢谢老师
老师，两个跃迁一个很强一个很弱，本来我想从跃迁的主导轨道对重叠积分来看区别，结果发现积分值几乎一样，请问还有其他的参数可以来分析么？
A:
重叠程度相仿佛就得从相位的差异上考虑
Q:
老师，这个公式是说密度矩阵与偶极距积分矩阵的乘积就是跃迁偶极距么？
A:
跃迁偶极矩公式在multiwfn手册里就有啊
Q:
哦哦，那相位差异是直接用轨道图来表征就可以了是么？
A:
i,j轨道间的跃迁偶极矩密度就是psi_i(r)*r*psi_j(r)对r全空间积分就是跃迁偶极矩矢量，直接基于这个式子，结合轨道图形psi，去琢磨
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2017.06.14 23:00:13
Q:
SCF循环的最大数量为N，默认N为64，是指的最多算出来64个能量的意思吗，各位老师
64个能量什么鬼
最多叠64次
超过限制却没收敛就跳出来报错了呗
把orca的激发态格式改成高斯的格式，不借助程序，好麻烦
我正想问娃娃呢
娃娃有辅助程序了吗
A:
不会编程，稍微搞深一点很快就会遇到瓶颈
Q:
我手动改的，像这个程序，慢慢摸索
用python写个脚本吧
转换一下
你是对的，等明天开始尝试
然而还是不知道为什么不对，得拿高斯的梯度喂给高斯的optimizer对一下
手动改100个态。。。太恐怖了
orca 输出的轨道跃迁太少，我拟合sos差了40多倍
写按键精灵吧
按键精灵太傻了
不会编程，太菜了
还是要循环语句脚本套
ORCA很多输出都是定死的。。
看来只能写信给neese 了
前两天在ORCA论坛问偶极矩分量输出能不能精确到小数点后8位。答曰，只支持到后5位
暖云赶快把tda实现出来，就不怕了
快让大师大法抽10分钟帮你做个ORCA转Gaussian的 SOS txt文件
他只要把tda 实现，orca就负责优化就行了
我本来还想在 molden文件里找偶极矩分量（因为高斯fchk文件里偶极矩分量记录了8位），结果居然都没有保存偶极矩信息。。
wfn文件呢
没的
不会编程真是只能任人摆布
记得out文件里有
out是有，5位小数，我嫌太少
想找更精确的
A:
只要基态的偶极矩就够了？
Q:
太精确估计也写不到文章里
我要用偶极矩分量做电场差分
A:
基态偶极矩，直接Multiwfn载入molden文件就能算
主功能200的选项2
Q:
好我试试看
根据Hessian 矩阵还是电子密度计算的呢
A:
电子密度
跟hessian无关
Q:
Hessian？
电子密度是个好东西
A:
就是Tr(P*D)得到的
P是密度矩阵，D是偶极矩积分矩阵
和你的问题无关
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2017.06.14 23:07:43
Q:
假如RCP处电子密度更小了，但曲率更负了，那芳香性是更大还是更小？
[图片]
A:
结合其它指标判断
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2017.06.14 23:16:36
Q:
Sob老师，看了您的轨道成份计算的博文提到，计算原子轨道成份推荐用NAO方法，但如果体系不适合NBO分析，那该体系想做原子轨道成份分析是否就不能用NAO方法了？
A:
否。NBO是NPA之后的事，NBO无意义不代表NPA过程产生的NAO没什么意义
Q:
哦，是否能对PM定域化轨道基于NAO方法计算原子轨道成份?
A:
虽然原理上可行，但是程序上没法直接实现，或者说需要折腾
Q:
那就是说还不能用multiwfn直接对PM定域化轨道做成份分析吧？
A:
可以用SCPA、Mulliken、Hirshfeld之类的
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2017.06.14 23:30:55
Q:
请问用multiwfn，怎么看Cu原子的部分电子被Cl原子共价走，或者拿走。
我载入我的fchk文件后，按0，出来300多个轨道。然后看了论坛里面的帖子，还是没有弄懂
求指点
A:
意义不明
没法说某个原子的电子被某个原子拿走多少，除非是双原子分子
Q:
[图片]
原来是ZnCl3-阴离子，然后变成了ZnCl4 2-阴离子，我想从轨道，电子这方面解释，第4个氯是怎么和ZnCl3-作用的
想用那种电子云图
A:
电子密度图毫无用处
绘制ELF图
电子定域性的图形分析
http://sobereva.com/63
亦可计算键级
也建议计算原子电荷
CDA分析也可能有用
使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图
http://sobereva.com/166
轨道定域化也可能能派上用场
Multiwfn的轨道定域化功能的使用以及与NBO、AdNDP分析的对比
http://sobereva.com/380
氧化态也可以算算
使用Multiwfn通过LOBA方法计算氧化态
http://sobereva.com/362
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2017.06.15 20:37:45
Q:
我想问一下，用CCSD（T）算单点的时候，一般都用什么基组，或者老师们有什么推荐
A:
最起码cc-pVTZ，用不用弥散看算什么
Q:
碘酸，硫酸，还有氨这几种这几种相互组合，比如一个碘酸一个硫酸硫酸
碘酸硫酸之间有氢键相互作用
A:
能用得动jul就用jul
Q:
DLPNO-CCSD(T)这个方法和CCSD(T）的不同是什么呢，老师
A:
DLPNO是以牺牲精度为代价提升大体系CCSD(T)计算速度的变体
OA:
前者据说标度比后者低很多
Q:
那我说的那个应该用CCSD(T)吧
OA:
看你体系大不大了
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2017.06.15 21:11:38
Q:
社长，Multiwfn是不是不能用ORCA输出的molden和out文件做电子空穴分析和NTO分析啊？
还是说有什么别的办法？
A:
是的，但可以自己把ORCA的out整理成Multiwfn可认的文本格式
Q:
molden没问题呗？
符合规定就可以
A:
超过f角动量则需要先用molden2aim标准化
Q:
哦哦，这个我知道
那么整理out文件时应该是整理啥呢？
OA:
轨道跃迁系数之类的
你看看高斯tddft输出
A:
[图片]
Q:
恩恩，明白了
OA:
照猫画虎整理
A:
有空的话，3.4.1的时候直接就支持ORCA输出文件
现在光谱图绘制是直接支持ORCA输出文件的
Q:
那敢情好，不过现在还是去整理吧
A:
之后把读取组态系数也与之兼容
ORCA和Gaussian的TDDFT输出格式还是很像的，很容易改
不过貌似缺乏9/40那个IOp，如果不能输出更多组态系数，那也没法分析
Q:
[图片]改的就是这部分咯？
A:
y
Q:
对的，手册确实也没有那个选项
[图片]
A:
这语法
好羞耻
----------------------------------------------------
2017.06.15 21:11:38
Q:
[图片][图片]卢老师，您好，我想请教您一下，就是红框里面的sigma是如何计算出来的？希望卢老师给予指点。
A:
也许是通过一些模拟数据拟合出来的
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2017.06.15 21:25:37
Q:
老师，在“通过Multiwfn绘制等化学屏蔽表面(ICSS)研究芳香性”的博文中，有LOL的计算及划线部分的说明，是否可以理解为电子在相同的较大的LOL值的区域内离域更好？是否有相关文献可以引用？[图片]
A:
没有现成文献，找找ELF-pi的文献倒是有不少
LOL-pi和ELF-pi大同小异，前者用的人不多
姑且可那么理解
Q:
嗯嗯，如图我的体系，我想研究在D-pi-A有机小分子中pi桥对分子内电荷传输性质的影响，所以计算了平面的pi桥的LOL-pi，如图中黄色+红色区域越明显，是否可以说该pi桥传输电子的能力更大？（虽然这两个pi桥不明显）[图片]
A:
当前还不足以做出确切区分，差异太小
Q:
哦哦，我做了其他数据说明，想用这个图补充一下，能那么理解吗？（或者我选择相对较明显的pi桥）
A:
图像上差异大的时候可以试图去那么讨论差别
Q:
哦哦好的，我的理解对的话我就尝试一下，还有一个问题，就是这两个pi桥下边都是S原子，为什么LOL-pi值这么大差异？这能说明什么问题吗？[图片]
A:
说明不了。说不定只是原子位置所有不同，恰好后者更接近作图平面，显得大
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
Q:
因为我计算的是LOL-pi且都是距离平面1.2 Bohr，是接近作图平面的原因吗？而且这各部位LOL-pi差别很大，或者老师我是否理解错了你说的“更接近作图平面”的意思、
A:
看结构，确认是否都是平面，是否有硫翘起来的之类
而且基组必须统一，别有的用了赝势有的没用
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2017.06.15 22:40:30
Q:
请教老师。我从老师的课里面学到了如何通过计算得到物质的颜色。参见《激发态与电子光谱part2:在gaussian中的计算》
我未能根据课堂的例子有举一反三，请老师点拨一下。如果我想得到物质在紫外光照射下的颜色该怎么计算或者判断？
A:
紫外光是不可见光，即便吸收了某部分，剩下的也没颜色
计算就是照常做激发态计算，如果有激发能超过可见光能量上限的跃迁且振子强度较大就可能吸收紫外光
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2017.06.16 20:17:58
Q:
老师，请问最近有没有gromacs的学习班
A:
最近没有，年末可能有第三届科音gromacs培训班
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2017.06.16 22:12:13
Q:
谁能把上次sob说的science用CCSDT作为基准的那个文献发我吗
谢谢
我刚才找了一下没找到
A:
那是CCSD密度为参考
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2017.06.16 23:47:42
Q:
《化学进展》在国内学术期刊中处于什么地位？
OA:
还不错吧
刚好看到这个 http://blog.sciencenet.cn/blog-38899-1060934.html
A:
很一般的综述期刊
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2017.06.17 00:36:21
Q:
什么基础班？啥时候的
我看到的链接不是18号才出信息吗
A:
突然加的人多是因为在湖南师大讲了一天Multiwfn
基础班18号正式报名
Q:
是Gaussian的吧
我只用到高斯，别的软件目前没接触
A:
软件部分大部分是
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2017.06.17 00:44:02
A:
Neese又有动作
[图片]
Q:
ORCA里很多模块代码都是自动生成的，似乎这并不奇怪呀
A:
正式发表了
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2017.06.18 14:41:46
Q:
请问老师，我的文章审稿人让我用CCSD计算，我可以不算么，我发现CCSD好慢啊，而且一直在出错，我只是进行freq计算，能量还不收敛，我可以反驳么the results using DFT should also be compared using high-level correlated methods at least the level of single-point CCSD(T) coupled-cluster calculations with DFT optimized structures
OA:
多大的体系，CCSD(T)单点跑不了？
A:
人家没让你在耦合簇级别振动分析
Q:
刚刚数了一下一共50个原子
A:
直接说算不动
Q:
噢，sob老师，那我只分析零点能就好了么
A:
和这有什么关系
直接怼回去就完了，数据也不用改
OA:
50个原子跑CCSD(T)……
Q:
The results using DFT should also be compared using high-level correlated methods at least the level of single-point CCSD(T) coupled-cluster calculations with DFT optimized structures. For example, the authors may consult and cite: RSC Adv., 2015, 5, 50989–50998; Theor. Chem. Acc. 2016, 135, 259; J. Phys. Chem. A 2014, 118, 4019−4029;RSC Adv., 2015, 5, 82587–82604.
A:
跟他说，没对称性的体系，CCSD(T)/cc-pVTZ在一般的计算条件下只能算得动20个原子以内的体系，不适合当前问题
Q:
请问用多参考方法，能处理多少个以内的原子呢？
OA:
多参考？
Q:
是啊
OA:
看你选活性空间大小
(12,10)很大了
Q:
我40多个原子，还有一个锕系离子
OA:
那你别想了
审稿人异想天开了
A:
看具体怎么搞，什么程序，以及活性空间。像molcas搞这种体系也是有可能的
[图片]
Q:
那个审稿人让我引用他的四篇文章
OA:
这四篇啥内容？
Q:
就是包括CCSD计算的
OA:
CCSD(T) 单点？
Q:
对
是啊，之前还让我引用了他2篇
OA:
评价体制我觉得不能往高被引上转，这样会滋生越来越多的关系性互引
Q:
行，懂了
OA:
引一两个就是
但是好像高被引在评价体制里分量越来越重了。
Q:
他一共给了6篇文章。。。都是他自己的，那我就不驳回去了
OA:
任何单值评价都会被人搞成单值最优化问题，总是不行的
IF是个烂指标，高被引有时也是个烂指标
大家都互相引用一下
A:
再烂也比IF强
OA:
有的学校都开始引用多少次多少钱了。
建立公社文库[图片]
听说有的学校毕业要求是看被引次数
[图片]
然后我就想到了1+2+3+4……
A:
得看它引次数
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2017.06.18 16:05:12
Q:
老师，请问结构优化成功了，如何查看有没有虚频呢？
是不是我用优化好的基态结构，再算一下频率？
A:
y
Q:
谢谢
[图片]
这样吗？
density是干啥的？我抄过来的
A:
[图片]
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2017.06.18 17:08:43
Q:
量化基础班培训6天？
社长，没有上过初级班，上基础班没问题吧？
A:
看你当前水平
量化还没入门的话，就不要上基础班
Q:
请问sob老师，初级班是明天多久开始报名啊
A:
18号报名的是基础班
Q:
意思是初级班的话是29号报名，
A:
没这个意思
所有培训的消息一律看科音官网
怎么查看培训时间这里写得很详细
北京科音办的培训班FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5098
Q:
那我上这个基础班能跟上不，我前段时间好像就是看的这个班的
关于这次培训班的发票，可以把纳税人识别号之类的信息一并提供给您并写在发票上吗？我们报销的时候发票信息需要比较全...
A:
没基础知识的肯定跟不上
Q:
那我该怎么补了，我只是基础不牢靠，并不是没有
A:
开的是普票不是专票
普票上不体现付款方的税号、地址之类的，只体现付款方的单位名称。如果非要注明付款方的税号，可以打在发票备注栏里
自测水平：
初级量子化学培训自测题-基组部分
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5426
水平不够的先参加初级班
Q:
这个我测过了，好像只会1/2左右，如果初级班的话是大概多久开啊
A:
里面说了，如果能做出，且正确做出>1/3内容，可以参加基础班
下届初级班可能9月末，也可能年末，待定
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2017.06.18 21:51:44
Q:
想问一下高斯中怎么计算整个分子的体积，由于分子里涉及到扭转，也想知道扭转部分的体积，有什么办法知道吗？
A:
谈谈分子体积的计算
http://sobereva.com/102
----------------------------------------------------
2017.06.18 21:53:43
Q:
sob老师，是明天8点在论坛上报名吗
OA:
明天8点是哪儿来的
Q:
我想一般这些报名什么的都是8点左右吧，
OA:
主观臆断
这脑洞，不服不行
大博士，这次的新内容的比重是多少
A:
这个不好统计，我平时时不时就改改、增补、更新一些内容
Q:
所以越后面举办，内容越丰富了把
A:
对于已有的班，总是不断做得更完美，但不能说越丰富。因为有限的时间内，目前已经丰富得没法更丰富了
这次基础班ppt总共已经2131页了
其它机构开N个培训的信息量还没科音一个班多
Q:
ppt有下发么，培训的时候
A:
北京科音办的培训班FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5098
很多人都是自费的
OA:
什么逻辑……
我就是自费……
攒钱ing
相当于北京6日游
一周
A:
一般这类培训3天都得3000
Q:
这次大博士不用着急了
A:
邮箱三天两头收到这类培训邮件[图片][图片]（三天）
明天看通知
OA:
画个图的培训还3000
[图片]这玩意在北大楼下还贴了硕大的海报
把学术讲座的海报都盖住了
看了两天忍不了被我撕了
A:
都是小儿科玩意
OA:
十月份的波函数分析我打算和老板摊牌不给报就给我请假我要自费
你早该如此
没有，主要是已经报过一次，再问我没把握报不报
很值得听的
没错
波函数分析一般几天啊？
上次是三天
哦哦，基础班是四天吧我记得
A:
波函数分析上次四天，下次四天半
Q:
内容多啦？
A:
上次的波函数分析的新闻稿
http://www.keinsci.com/workshop/2WFN_success.html
Q:
nice啊
今年在十月份吧社长？
A:
预计是，也不排除变更的可能
----------------------------------------------------
2017.06.18 21:53:43
Q:
我们发文章也没奖励
果酱竞争还是蛮厉害的
A:
奖励被boss私吞了吧
Q:
发文章学院有奖励的
我们这个地方破地方有篇二区基本就稳了
计划外奖学金都是文章来算的
我打听过今年院里还没出sci
我们学校就是计划外奖学金，将申请人文章按照IF降序排列。。然后发奖……
A:
你的JRS呢
Q:
我搞了两篇二区了
接受了社长
A:
那你成院里英雄了
Q:
对啊
现在感觉都没脸见人了，每个人都对我很客气，感觉有点恶心
线性叠加的IF计算方法都会倾向于一堆小文章，而对少数大文章不利
有机还是蛮多好文章的
明天啥时候接受报名啊
excited
有个人博士发了三篇应化
A:
估计午夜
要报名的早上一醒来先报名即可
Q:
还有个师姐刚中一篇jacs
很羡慕
不对，还不是师姐
同级
我不在化工院啊
我们院都是灌会议
给我女朋友一晚上灌了一篇机器学习的文章，竟然中了！
会议论文如何评价好坏
不知道，所以我就感觉极其水
不是有人用机器学习生成了文章投到计算机会议上发了
我就用cnn做了个旗帜识别就中了，就修改了一下格式
还是matlab直接调用cnn，竟然中了，我就惊呆了
怎么灌
没参加会议
会议论文有同行评议么
应该有
百度几百张国旗然后拿出五星红旗做训练集，再识别一下就ok了
比如这次量化会这么大一堆会议论文找谁审
他们能看完嘛
A:
会议论文我一天能写10篇
Q:
会看
不拒，就要求改改
OA:
这水灌的可以
Q:
会议文章是不是比letter 还短？
写个程序对任意一个分子生成会议论文
A:
太简单了。弄个分子库，自动依次调用高斯、Multiwfn产生数据，然后转化成tex
Q:
……会议文章专用？
我勒个去……
想象了一下会比ORCaussian还短
我虽然没有大博士那么厉害，但是一天一篇完全可以
A:
[图片]
A Toolchain for the Automatic Generation of conference articles for molecular systems
Q:
看来我们不赶紧创新，就要下岗
……
顺便黑了一下Neese
A:
Neese稳
Q:
Neese大法好
群主办个杂志给大家灌水吧
A:
高斯的人再不努力，就等死了
Q:
Neese大法好
有，正在筹备中
A:
你看我办的论坛、培训的档次，就知道我不会办灌水刊物
Q:
但高水平的期刊筹备着
sob老师办个类似JCC的刊物吧
A:
说来，前阵子有个伊朗人让我当新建的计算有机化学方向刊物的编委，给推辞了
OA:
plos one
A:
没精力弄
Q:
思考对于一本Journal，有何种特质，现在的杂志不具备，但(正经的)科研工作者需要
可以考虑办期刊，只允许非学术机构投稿
可防灌水
A:
前些年一号群里有一批人要搞个新的国内的计算化学类刊物，也邀请我作为波函数分析方向的主编。不过此刊物的筹划貌似现在停滞了
[图片]
OA:
OA但不收费
Q:
2020年才创刊
↑有什么现在的餐馆没有、但食客需要的特质：不收钱
国内有什么计算化学好的期刊吗
A:
以前小毒虫时代有个计算化学区的版主也打算弄个刊物，但面对刊号高昂的申请费用，还是望而却步了
----------------------------------------------------
2017.06.18 22:57:56
Q:
不过orca不适合算重元素？
算过渡金属，占据也经常不对？
A:
适合
----------------------------------------------------
2017.06.18 23:04:11
Q:
Sob老师，为啥从技术角度来说TDDFT没有“激发态波函数”，但是我们还是能得到naturalorbital？
A:
TDDFT有密度矩阵，对角化就是自然轨道
neese没有正确理解你想要的
反正简单来说就是ORCA产生不了TDDFT自然轨道
Q:
我估计是我的描述不对。。因为Neese指出了我的几个关键术语的误区
太羞耻了我
A:
你就明确说你想要自然轨道就完了
----------------------------------------------------
2017.06.18 23:15:46
Q:
Gaussian在走下坡路嘛？
没走路=下坡路
那今后sob老师办培训，会不会改讲orca?
发表学术论文收费
或者改讲ADF？
A:
按照当前势头，早晚会
ADF也是必死的程序
Q:
orca 应该目前不会
A:
dmol3和ADF，是我特别看不起的
Q:
ADF不是黑心软件吗[图片]
qchem呢
ORCAview提上日程
ORCA就差一个ORCA Viewer
A:
Qchem一般
Q:
为啥呀？我看近年ADF很火啊，清华李隽老师组特别爱用这个
有钱任性
A:
ADF我来评价就是：什么玩意儿
Q:
ORCA论坛也良心。。Neese时常亲自回答问题
A:
最近看他回了你不少问题
Q:
我的问题就没回答
社长为啥看不起dmol3 ？
A:
功能太弱
杂化巨慢，稍微高级点的功能一概没有，双杂化更是dmol3几乎永远不可能实现
Q:
我觉得挺好用的，有个win就能搞研究，维护简单
硕士生都能灌水几篇
A:
dmol3、ADF不用高斯基函数，相当非主流
Q:
周期体系可以
这倒也是
可以的
A:
你就先用着高斯，10年内死不了
Q:
不过适合本科硕士练手
Dmol半死不活
ORCA论坛为什么不开外部搜索呢
毕竟被收录进ms了
快去写tda
改改就是tda
我是觉得dmol 灌水快，维护简单
要不然我也不用它
顺便直接输出sos，就爽飞了
A:
sTDA和TDA有天壤之别
Q:
已经对怎么用dmol灌水练出来了
大博士补刀
stda是对tda的进一步近似
最近搜索过渡态，感觉dmol搜索功能也还行
特别是对周期体系
就是有时候多重态不好判断
近似了，精度没损失太多
Turbomole 搜索过渡态貌似不行
Vasp 貌似搜索最厉害
现在迷恋搜索过渡态
我给两个师妹成功安利了orca
A:
量化最有潜力的是ORCA，第一性原理最有潜力的是CP2K
Q:
评价一下vasp呢？
orca这么说像是给抖m设计的
Vasp 便宜
比ms便宜的多
Castep 的那个老李直接骂vasp 抄袭
说自己永远不用，哎，自己却到大陆捞钱
A:
VASP手册一开始就澄清和CASTEP的过节了
Q:
台湾人，想法不同
凝固
虽然澄清了，但是估计这边还是不依不饶，因为现在vasp 比castep 火
高水平的论文
明显vasp 更多
Castep 大多是水文
没错
少数冒尖的
A:
我对MS还是不太喜欢的
太黑
Q:
但是castep的光学性质还是计算得好
你的徒孙自立门派，反过来怼自己，格谁都不舒服
Ms 的确黑
Sorption 感觉好久都没更新了
依然收费那么贵
Castep 连wannier函数，gw 功能都还没有呢
A:
国人喜欢clone别人的东西，但一些黑心程序却没有clone的
Q:
也就ms盗版
要不然谁用？
泰科的maps 用的人少多了
A:
sorption那种东西clone一个没太大难度
OA:
也有免费的软件吧。。。
Q:
已经有raspa 了
Sorption 功能太少
A:
关键还是得图形化、傻瓜化
以后的用户越来越菜
Q:
是的
主要是入门太难
硕士生又要干这个那个
没时间钻研linux 命令
还要写论文，改论文
A:
很多程序在高大上的功能上花费了过多精力，最后没什么人用，等于无用功
Q:
所以学习软件时间有限
A:
还不如把精力投入到改善用户体验上
----------------------------------------------------
2017.06.18 23:15:46
Q:
今年暑假没有基础学习班吗？
A:
看www.keinsci.com
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2017.06.18 23:16:29
A:
前天，听了horton的培训，结果讲授者花了两个多小时，才好不容易才让所有学员们学会怎么用ssh登陆服务器、从服务器上拷东西...
OA:
还不如把乌班图的库装齐了用呢
我现在感觉也懒了，鼓捣linux 时间少多了
花了两个多小时，才好不容易才让所有学员们学会怎么用ssh登陆服务器、从服务器上拷东西...
这么菜的学员？
计算化学这个领域新玩意太多
A:
那个班大多数都是完全0基础，完全没接触过命令行，而horton又是基于python的类似库的量化程序，代沟多大可想而知
OA:
日经月经问题开始变少，高层次的问题开始出现
学起来太累
Horton那哪是写输入文件，是写脚本
相当于跟原始人讲共产主义
原始人都共产了。
按理说，登陆ssh ，提交任务，交代一下几个命令就完事了。。应该很快就掌握了才对
脚本处理感觉也好用，就是脚本是perl
A:
[图片]
OA:
不是python
A:
我不太相信有学员参加过之后能装上horton
OA:
什么班？
相关库还蛮多的
安装累死人
A:
从cd命令开始教
我尴尬症快犯了
OA:
233333 这画面太美了
cd，命令起步
这分明是Linux 培训
这个要求下一个anaconda就满足了
培训在北京？
A:
libint远没有那么简单
OA:
湖南师大
只依赖标准Python都不大敢给人用
到底python好，还是perl好？
都好都好
哪个熟悉哪个好
A:
流行程度还是前者高，要学的话也是前者
OA:
大蟒蛇
怎么感觉有点像gpaw
Fortran 到现在也没学会，不过能看一些代码了
武汉大学化学有理论计算的专业嘛？
uzer.me最近了解到的，以后会不会普及
国外大部分模拟软件都是用python做脚本
也就ms 用perl
一群钟成老师就是武大的
偶偶
Vnl 也是用python
谢谢
Vnl 做弯曲纳米管很简单
腐国人比较固执
德国人比较固执
有
一种迷之自豪感
老牌绅士风度
国内大多数是想着怎么出论文，新方法无所谓
所以做应用铺天盖地
做方法的寥寥无几
也别看不起做应用的说实话
[图片]
A:
做方法的也不少，不过产生使用价值的寥寥
OA:
一辈子出一篇高水平的方法也值得吹牛了
没有看不起，所以对社长说的哪句话感触很深
A:
比如大刘的X2C很好，不过和一般量化群众也没什么直接联系
----------------------------------------------------
2017.06.18 23:17:34
Q:
sob老师啥时候打算来orca讲习班啊
A:
高级班很多内容都是用ORCA
----------------------------------------------------
2017.06.18 23:17:34
Q:
我发现二群开了之后，一群冷落了许多
A:
一群平均年龄大，讨论思想、理论、文章的比较多，而具体操作问题讨论得少。不过很快就会改变，因为会做大清理，新人也开放加入1群
----------------------------------------------------
2017.06.18 23:35:54
Q:
老师，请问可以发一下以前高级班的讲课日程嘛？
OA:
社长如果招人，第一个报名
A:
什么高级班？都没办过
Q:
卢老师，请问基础班对即将研一的新生，能否听得懂，之前自学过一点赖文的量子化学
A:
听不懂
基础班=中级班
Q:
老师不是说高级班讲了一些orca？
A:
离高级班还早着，日程现在没法定
OA:
那是即将
----------------------------------------------------
2017.06.19 03:34:53
A:
通知：“第三届北京科音基础量子化学培训班”将于2017年7月29日至8月3日于北京举办，以使已具备一定经验的量子化学研究者以最好、最快的方式全面提升研究水平。此培训由卢天博士（Sobereva网名主要使用者，是北京科音自然科学研究中心主任、思想家公社群群主、计算化学公社论坛创始人、Multiwfn程序开发者）和陈沁雪同志讲授。本次培训详情和报名方式请参见http://www.keinsci.com/workshop/3KBQC.html。欢迎踊跃报名，人数有限，报满即止。
----------------------------------------------------
2017.06.19 13:20:32
Q:
[图片]这样属于有二态性吧
A:
y
----------------------------------------------------
2017.06.19 14:08:55
A:
看着够晕的
[图片]
OA:
就不能抻长一点？
A:
欧化上一篇密度差图明显做错了，片段坐标和复合物坐标不对应
[图片]
审稿人居然没指出来
OA:
大博士要写信反驳了？这可能是某人的毕业论文……
A:
不惹事
OA:
还以为大博士要做王海……
A:
我现在就图个清静
OA:
清静博士
A:
有了清净环境才能好好做事
Q:
不对应有什么特点
A:
就是原子核处数值非常大，因为没有被抵消
OA:
做一次就知道了
A:
欧化啊
CTC有这种错误也就罢了
OA:
欧洲化学对大博士的印象不错嘛
说反了
大博士对欧洲化学的印象不错啊
A:
一般般，毕竟IF摆在那
----------------------------------------------------
2017.06.19 14:30:57
Q:
[图片]老师已经三个yes了只有第一个值一直不变可能是什么原因呢
A:
如果没有必要收敛到那么高精度，当成已经收敛就完了，可以直接停了
目前已经收敛得非常精确了
Q:
sob老师那这个问题它没有收敛完成我要采热力学数据采不到怎么办
A:
就直接用末尾的结构做freq就完了
----------------------------------------------------
2017.06.19 14:35:46
Q:
加入溶剂化之后很多气相能跑出来的过渡态都出问题了二者之间怎么调整呢
A:
本来溶液下势能面可能就和气相差异很大，未必其中一个状态有的过渡态在另一个状态下也有。
其中一个能找到过渡态的话，以其为初猜，小步长上限并在另一个状态下继续找过渡态，如果死活找不到，甚至都用了calcall还不行，说明另一个状态下可能就是没有这个过渡态
----------------------------------------------------
2017.06.19 14:45:29
Q:
请问并行运算时遇到如下错误怎么办？[图片]
A:
Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
----------------------------------------------------
2017.06.19 14:48:52
Q:
[图片]
请问这个优化咋弄出来的呢
对不对呢
抱歉哦
[图片]
[图片]
请问大家这个咋弄的
A:
摆好初始结构优化啊
Q:
[图片]
这个怎么弄的比较规整
A:
摆好，优化，对称化，再优化
Q:
摆好结构后，用图中的优化，感觉还是不收敛
怎么对称呢
不是，就是按照那里的方法和基组还是不收敛呢
sob 老师怎么看呢
但是他文章就说，他用得就可以得到稳定结构了
他文章好像没这么解释呢
A:
文章里不会解释太technical的问题
更何况又是最基础的问题
----------------------------------------------------
2017.06.19 15:04:28
Q:
对称化，怎么设置
A:
gview-view-point group，自行折腾
不会就看help
OA:
GV里有很多实用的工具模块
可惜ORCA没有配套的
Gview让高斯快速普及
有gv6了吗
有
Q:
有吗
OA:
GV早有了
GV6
可以分析g09数据吧
A:
orcaview写出来之后，也会支持Gaussian，使得gview卖不出去
OA:
大博士加油
A:
我只是放卫星
OA:
ORCaussian Viewer
我贴个标签
A:
干脆叫Oview
OA:
感觉gaussian用熟练的人，感觉用orca有没有view都差不多
我都是写好文件头然后[图片]这里复制的
A:
关键在于可视化结果
----------------------------------------------------
2017.06.19 15:34:08
A:
这次基础班的报名名额已经用掉一多半了
OA:
还好抢了一个
A:
工作人员从一醒来就开始回复到现在还没彻底回复完
Q:
sob老师，只要收到邮件回复就算报名成功了么？因为今天周日，老师不在，明天才能汇款
A:
是的
----------------------------------------------------
2017.06.19 16:11:09
Q:
请问老师：Orca有没有类似于高斯Freqchk这个功能
A:
无
----------------------------------------------------
2017.06.19 18:13:45
Q:
老师，有讲课音频发是吗
A:
没有
----------------------------------------------------
2017.06.19 19:03:33
Q:
老师，高斯里面如何判断空穴或者电子localized在某个原子上啊？
A:
用Multiwfn绘制hole和electron的分布图
要么绘制NTO，做NTO的成分分析
使用Multiwfn做自然跃迁轨道(NTO)分析
http://sobereva.com/377
Q:
老师，电荷密度查分图可以分析吗？
EDD用来分析电子激发前后的电荷变化
电子密度
如果只想“判断空穴或者电子localized在某个原子上”，just use hole-electron distribution or NTO
hole-electron distribution高斯可以做吗？
[图片]
哦哦，好的，谢谢
A:
看手册4.18.1节的例子
----------------------------------------------------
2017.06.19 20:43:47
Q:
我能在6-31++基组的基础上再用TZ算吗，结构优化
OA:
随意
Q:
那就好，因为我直接用TZ算不出来，在6-31++基础上，就能算出来了
OA:
基组名打全，如果指6-31++G是垃圾基组
什么叫TZ优化不出来？
Q:
6-31++
我就是嫌6-31++G不准啊，所以想用PVTZ再算一下
PVTZ直接算，不收敛，还出现错误
可能是我随意放的水分子吧
好好读读：
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
A:
仔细看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
Q:
看过
OA:
等于没看
A:
没看
Q:
没看
只是想找大神确认这操作可行否
A:
看完再问
看过起码不至于基组名都写不对
OA:
说实话，收敛那部分看不懂
你优化初始结构是随意的，只要不要太“夸张”即可
哪部分都没看（懂）
我能说收敛都看不懂吗？
很完美，哈哈~
收敛怎么看不懂了。。又不是设计复杂的微积分
拿出考试前一天晚上的劲儿就看懂了
比高等数学简单多了
[图片]
我现在用的应该就是这方法吧
[图片]
嗯，基组选择差不多懂了
[图片]懂了还用这基组吗
所以我用这个基组初步计算啊
再用PVTZ
肯定不会用这个基组的值的
现在就是精确度不够
懂了个毛线
A:
初步计算用这个也是搞笑
博文丝毫没理解
Q:
那该怎么玩
看来我真不懂了
A:
用心读100遍就懂了
OA:
任何时候都不能用这个破基组
博文里肯定写了 pople基组加d起步的~！
这群里答疑见得多了，你这态度就好像对着牙科医生漏出一嘴大黑牙，打包票每天刷了5次牙还保证都是认真刷的
[图片]
这一截图可好，以后不由分说全是6-31+G**了，根本看不见前面的前提
[图片]
[图片]大BOSS们，菜鸟问题。我这样改格式对吗
A:
%chk=C:\gtest\h2o.chk
# hf/6-31g(d) out=wfn
Title Card Required
0 1
O 0.00000000 0.00000000 0.11472000
H 0.00000000 0.75403100 -0.45888100
H 0.00000000 -0.75403100 -0.45888100
C:\otoboku\H2O.wfn
----------------------------------------------------
2017.06.19 21:50:03
Q:
请问大家，混合基组，怎么用呢
怎么设置呢
A:
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
Q:
[图片]
A:
异口同声更有说服力
Q:
可以的
很有道理！
在gaussview 中可以直接选择混合基组吗
A:
possible
但更麻烦
----------------------------------------------------
2017.06.19 22:29:44
Q:
[图片]
CU3CO要用混合基组计算吗
6-311G(d)，lanl2dz?
A:
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373
----------------------------------------------------
2017.06.19 22:41:36
Q:
关于Second Order Perturbation Theory Analysis of Fock Matrix in NBO Basis
请问有没有介绍的帖子啊，在论坛上没有找到
[图片]
A:
NBO分析资料汇总http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=102
----------------------------------------------------
2017.06.19 22:42:23
Q:
想问下优化一个Br负离子与N的盐， Br 阴离子与N 的距离设为多少比较合理
随便
A:
Br-N范德华半径和就可以，没太多要求
----------------------------------------------------
2017.06.19 22:44:58
Q:
请问关于ORCA运行出现如下错误该怎么解决：[file orca_main/maininp1.cpp, line 2306]: [BASIS]: New ORCA basis convention: Please use quote delimited "..." specifiers!
A:
按手册写基组
Q:
!CASSCF Def2-TZVPP DKH
* xyz 0 5
Fe 0.000000 0.000000 0.000000
end
%basis
basis DKH-def2-SVP
end
%casscf
nel 8
norb 6
mult 5
nroots 12
weights[0]= 0.7, 0.7, 0.7, 0.7, 0.7, 0.5, 0.5, 0.5, 0.5, 0.5, 0.5, 0.5
gtol 1e-6
etol 1e-7
shiftup 2
shiftdn 2
switchstep nr
end
这个是我的输入文件，请问哪里还需要加分隔符呢？
A:
[图片]
[图片]
----------------------------------------------------
2017.06.19 23:35:45
Q:
[图片]
这个分子是脂溶性的吗？
A:
够呛
----------------------------------------------------
2017.06.20 04:15:55
A:
为了照顾win 32bit平台的用户，还是默默上传了Multiwfn 3.4 win32版。以后版本绝对不再提供32bit了
前几天在某学校讲Multiwfn，发现机子系统竟都是win7-32bit，明明CPU不老
可能还得再过5年，win32系统才能充分灭绝
----------------------------------------------------
2017.06.20 10:00:18
Q:
请问下如果opt freq都正常结束，但是计算频率的时候，force两项度收敛了，而Displacement 没收敛，这样的计算结果还算合理么？
请问下分别计算反应的两个路径一个deltaG=-8.7Kcal/mol 另一个是-38.2kcal/mol
可否通过这两个数值来预估反应速率差别？
A:
反应速率要算势垒
----------------------------------------------------
2017.06.20 11:34:24
Q:
用高斯，在输入文件里加关键词freq计算频率，默认计算体系的APT电荷。若用MP2，HF和B3LYP方法，在out文件里可以显示APT电荷。但是，若使用CISD，CCSD方法，在OUT文件里就搜不到APT电荷。请问这是什么原因。谢谢
我看有文献用qcisd方法计算的apt电荷，我怎么在结果文件里搜不到呢
A:
这种电荷极烂。这里提了
GAPT电荷的原理和性质
http://sobereva.com/208
QCISD在高斯里没有解析Hessian，你得根据定义自己算
----------------------------------------------------
2017.06.20 15:05:58
Q:
老师好，我想问一下，我想用orca做一下tdhf计算，输入应该怎么写啊
A:
甭用TDHF，很垃圾，如今根本没人用
Q:
好的，谢谢老师，我看下
感觉还不如CIS(d)
A:
比CIS(D)差远了
CIS(D)太昂贵，能用得起这个，就不如努一把直接在双杂化级别做TD了
Q:
社长，双杂化做TD的精度哪个好呢？
双杂化的都不错
CIS <-> TDA TDHF <->TDDFT
A:
目前的探索不多，TD-B2PLYP就可以
Q:
老师那orca里面的tdf它是不是直接就默认有tda
ORCA里默认是TDA
tddft
双杂化做TD做出的激发能和HF成分有关系么？还是本就没有这个东西
A:
有点关系
Q:
但是没有杂化泛函影响那么强咯？
PWPB95咋样
测试一下就知道，用过的人都说好
还没用这个做过TD呢
当然还是没有DSD-PBEP86好
ORCA不支持
A:
双杂化泛函TDDFT测试可以看
Phys. Chem. Chem. Phys., 2009, 11, 4611–4620
[图片]
Q:
不支持 DSD-PBEP86 TD么？
不错，原来有人提前想到了
A:
搞个专为激发态计算优化的双杂化泛函，可以至少发个JCP
Q:
天哪，输入文件这么麻烦
想听听大博士的高论
最好能使得这个双杂化的TDDFT能够达到EOMCCSD或者LRCC3的精度
A:
LR-CC3不可能，顶多LR-CC2
----------------------------------------------------
2017.06.20 15:26:13
Q:
[图片]如图，为什么我的multiwfn的显示只有632以后的，之前的该怎么都显示出来，谢谢
A:
手册5.5节写了
----------------------------------------------------
2017.06.20 15:29:59
Q:
[图片]跪求这个图，怎么可以范围大一点，多显示几个原子。试了好多代码，都没用。
明天就要开组会啦！！！
A:
设置作图平面的时候有选项增加延展距离
----------------------------------------------------
2017.06.20 15:35:43
Q:
各位老师，优化和频率，不加scf=qc关键词出现L502，加上出现L508，使用小基组计算问题依然存在，该怎么解决啊？
老师，优化和频率，不加scf=qc关键词出现L502，加上出现L508，使用小基组计算问题依然存在，该怎么解决啊？
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
----------------------------------------------------
2017.06.20 16:15:51
A:
字号不要超过12，注意群文件里的群规，否则严重刷屏
科音自己的培训通知都不用这么大字号
A:
通知：基础班还剩最后3个名额
Q:
感觉这次培训地点好远
A:
看群公告
----------------------------------------------------
2017.06.20 16:30:41
Q:
[图片]老师们好，我要做基态和激发态的electron density difference ，像文献中这样的图，不过我自己做出来的是这样的，[图片]，不知道是哪里出错了，老师们可以给些建议吗？
A:
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
等值面图要用主功能5
Q:
[图片]这图画风好诡异
A:
molden
----------------------------------------------------
2017.06.20 16:39:35
Q:
请教各位大神：我用DMol3计算Pt13的催化某一物质，首先固定了Pt簇，再对反应物产物进行优化，然后配对，寻找过渡态，但最后会提示我：固定的原子的坐标误差应该在0.001范围之内，导致无法继续下一步！我进行了多次优化，发现固定的原子坐标还会有少许改变，请问需要如何解决？
OA:
这个问题大博士肯定不回答
A:
内心想：用高湿多好
----------------------------------------------------
2017.06.20 16:45:02
Q:
大博士，可不可以设计一款范围分离的双杂化呢
A:
可能有油水，不做做不好说，不过我不是很看好
Q:
做一个类似wB97X-D3的双杂化，感觉日后可以取代日常双杂化
大博士，Multiwfn的Linux版的还需要下openmotif进行并行吗
A:
核并行没直接关系
你要用完整的linux版就得装openmotif，如果用noGUI版就不需要装
Q:
完整的Linux版解压后，赋予权限后直接使用，如果setting里写4核，就是四核吗？
A:
是。默认就是4核
linux版需要额外配置，看手册第2章
----------------------------------------------------
2017.06.20 16:50:56
Q:
老师报名的发票抬头和内容先写着，缴费前可以修改吗？
A:
可
----------------------------------------------------
2017.06.20 16:53:05
Q:
请问sobereva和群立熟悉MD的同志们，用antechamber做非标准残基的力场参数是，QM计算的模型是否要保留残基N、C端的H和OH呢？
A:
氮端一般用甲胺封闭，碳端一般用乙酰封闭。这样单个残基独立计算时候，更容易表现在实际蛋白中的情况
Q:
谢谢。但是这样的话，体系的电荷分布就不一定能保证中性了。我看来一下gmx里面amber力场的rtp文件，里面的标准残基原子列表是不包括H-N和HO-C的，但残基的总电荷相加确是0。如果我在拟合参数时，加了其他原子，怎么保证体系的电荷分布在残基原子上的总电荷是0 呢？
A:
电荷自己调调就完了
Q:
好的。谢谢sober。另外，我用antechamber和acpype得到了非标准残基的gro和top文件，下一步具体要怎么做，才能把参数加到力场里？公社有说明的帖子吗？谢谢
A:
没帖子，参考自带的残基的rtp的格式来补充新的
Q:
好的。谢谢
是不是应该N端用乙酰，C端用甲胺封闭，这样才像是肽键
A:
对，我写反了
----------------------------------------------------
2017.06.20 16:57:12
Q:
请问高斯优化出现这个错误是啥原因[图片]
A:
bug
----------------------------------------------------
2017.06.20 17:03:36
Q:
我弱弱的问一下，发票抬头写自己学校还是写到学院
A:
学校
Q:
就是两个素未谋面、未曾相识的大男人碰头
哈哈哈，哈哈可以呀，我应该在四平上车吧，没去过京城求带走我报名表还没写完呢
四平？离铁岭近
A:
没写完的尽快写
还剩最后一个名额
Q:
四平？师范大学？
现在还有名额吗？
A:
最后一个
Q:
不是
报2个可以吧？
A:
可以
Q:
那就报2个
明天给汇款可以吗？
A:
报没报上以受到报名表顺序为准
汇款只要在发报名表之后不拖得太久就行
Q:
报名表需要下载吗
A:
当然要啊
报名方式在通知网页里写明了
Q:
相关的博文可以发个链接吗？
A:
怎么做动力学不是一个博文能说的清的
感兴趣可以参加下一届科音分子动力学与GROMACS培训班
网上也有零散的教程
Q:
哦哦。好的
已经招满啦，大家可以不用发邮件报名了
这次破纪录了吧
请问分子动力学培训大概在什么时候呢
那就报2个
A:
通知：7月29日开始的第三届北京科音基础量子化学培训班报名已经正式结束。由于场地有限，不再接收新的报名。感谢已报名者们的参与。没报上的请关注北京科音未来的培训。
年底或明年春季
Q:
这是我刚才联系的时候发给您的
现在没有名额了吗
A:
没名额了
以收到报名表的顺序为准
Q:
遗憾了！
哎呀我刚刚去吃饭了才回来就没了，现在报表还能送吗
送的话前边如果有人不去了是不是还有机会
A:
不能了，当前报名人数已经考虑到会有一些不来的情况了
Q:
老师您好，请问下一次基础班培训大约什么时候进行？
明年了估计
A:
除非到时候不来的较多，确实有空位，可能才能再加一两个，但也得培训开始前一个礼拜可能才能确定
下一届在明年
Q:
好的，谢谢老师。
那得先报着吗
A:
每次报名正式开始前至少一个礼拜就会在科音官网和计算化学公社论坛首页上做预告，说明哪天开始报名。当天一早上就报肯定能报上
Q:
看成
"没报上的请关注北京初音未来的培训"
了
A:
打字时候我也懵了一下
----------------------------------------------------
2017.06.20 17:06:00
Q:
请问下MD equipment步骤分步平衡和一次性平衡效果一样吗？比方我要平衡5NS ,分十步平衡还是可以一次性就平衡5ns?
A:
一次
----------------------------------------------------
2017.06.20 17:17:43
Q:
想问一下在理论方面想知道不同压力下所研究的分子在溶剂中的不同参数（分子间的间距，溶剂的极性，黏度）变化？有什么软件可以实现吗？
A:
用分子动力学
----------------------------------------------------
2017.06.20 17:18:40
Q:
老师，我看了说明书，做的基态和激发态的electron density difference，[图片]这样可以吗？
A:
可以
----------------------------------------------------
2017.06.20 17:40:59
Q:
Neese还是不想加入超极化率计算
[图片]
不过输出更多的轨道跃迁将会马上实现
A:
毕竟三阶解析导数不是好搞的，高斯这点还是很厉害
----------------------------------------------------
2017.06.20 17:50:55
Q:
[图片]我这个是CuCl2-，请问这个图对吗？感觉中间这个Cu好小
这不是猫头鹰么
A:
延展距离太大了
[图片]
差不多这么大就够了
你可以自己剪切
Q:
只要对就行，距离，外观我后期会调，就怕最基本的模拟出错
我刚看见这个图，被萌到了
为什么中间的Cu那么小啊？
Cl的中心是蓝色的么？我见别的原子，中间都是红的
A:
估计是用了赝势
Q:
你这是ELF？
我是按照这个步骤来的，我不知道我画的什么，应该是电子什么图吧
[图片]
[图片]
A:
[图片]
选的什么就绘制什么
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2017.06.20 18:54:47
Q:
我想问下陈老师，如果要系统学习fortran，可以选择什么参考书
我看了网上好多书，感觉内容都差不多，不知道哪本更好，陈老师可否推荐一下
OA:
陈老师是哪位老师
Q:
陈飞武老师，
我以为群里就一个陈老师
OA:
陈飞武老师什么时候在群里了···
那天我看到有人在群里说了陈老师也在这个群，
A:
陈教授据我所知不用QQ，用飞信
OA:
陈老师真是坚持飞信的人，少见啊。
----------------------------------------------------
2017.06.20 19:31:50
Q:
[图片]请问lol函数，右侧的彩色条，他的值的意义是什么呀
[图片]
是这个吗？
A:
就是通过颜色体现不同区域的LOL数值
----------------------------------------------------
2017.06.20 19:32:01
Q:
想问一下垂直电离势和绝热电离势是针对基态而言的吗
A:
一般是
----------------------------------------------------
2017.06.20 19:37:55
Q:
Linux下gaussian怎么装？
谁有Linux版本的gaussian安装文件，可以分享一下吗？
百度了半天，无解
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.06.20 19:49:24
Q:
请问含15个原子的分子用这个方法zopt freq=raman mp2/aug-cc-pvqz能否跑动，32核心64GB内存的机子
因为用了好几种方法，做对比
A:
字号请勿超过12
不要用MP2算拉曼，因为g09只有MP2二阶解析导数，而拉曼需要三阶，本来这个级别下单点都非常耗时，拉曼根本不可能算得动
----------------------------------------------------
2017.06.20 20:06:47
Q:
[图片]
A:
白色是超过色彩刻度上限的
绝对不是完全在一个平面上，你可以仔细检查原子坐标
----------------------------------------------------
2017.06.20 20:35:08
Q:
sob老师，我们学校说财务那边需要一个培训的通知证明，只需要拍个照片，盖个章，不然好像不给转账，就是财务上今天才新增的一个纳锐人识别号，需要在机打发票上加一些信息，我能不能重新发个邮件说明一下发票的问题和培训通知，培训通知只需要改个章，传个照片就行，可不可以开一个通知。
我如果要更正一下发票报名信息，可否重新发个邮件说明一下
A:
需要发
发票一旦开出来就不能再改
----------------------------------------------------
2017.06.20 20:48:32
Q:
发现某商业软件的bug
[图片]
混合基组那里
[图片]
这个输入文件
I和Cl是不是应该用赝势算
A:
直接用def2TZVP或def2SVP就完了
----------------------------------------------------
2017.06.20 20:56:16
Q:
请问，高斯不同版本有什么区别？
只是计算快慢不同吗？
A:
版本差异看官网上release note
----------------------------------------------------
2017.06.20 21:00:24
Q:
版本为Gaussian09，在做完结构优化后，想在原有的基础上补充计算电荷布居，请问如何操作呢？是对chk文件进行处理吗？
A:
把fch载入Multiwfn算原子电荷
----------------------------------------------------
2017.06.20 21:22:33
Q:
[图片]想知道这种图是怎么画出来的？求指教？
A:
如果是诸如高斯做AIMD，gview看轨迹，在左上角点小箭头，里面能绘制属性，包括键长随时间的变化
----------------------------------------------------
2017.06.20 21:43:42
A:
不忍直视
[图片]
[图片]
Q:
这个基组神了
可能是穿越来的文献
连我都发现好笑的地方了
好的老师，非常感谢
[图片]什么乱七八糟的啊
还是2017年的！
现在什么东西都可以发出来。也是无奈。
我没看错吧
2017年！
像我们本科生的实验报告[图片]
A:
科特迪瓦的人写的
Q:
[图片]excel也是亮了
他算多大的体系。。用半经验？
A:
常规的取代苯
Q:
EXCEL也要引用？
大概引用office官网？
我在我们课题组的网站最下面小字加了个说明，说网站问题联系我；然后总有人把我的邮箱当成导师。就常常收到什么印度人、巴基斯坦人、菲律宾人等要申博后，CV里一般全有“熟练使用Word”，“用过Excel”，“Microsoft Office组件我全用过”
A:
Yuanhe 收到过很多
那篇文章的结果
[图片]
Q:
这坐标代表啥
A:
excel引用[图片]
实验和预测的LogP
Q:
[图片]
[图片]
sob老师是怎么挖到这篇奇文的
[图片]
我也想问
A:
整理新的投稿推荐，顺便看看一些下三滥的OA非SCI期刊网站
----------------------------------------------------
2017.06.20 21:43:48
Q:
各位老师您好，分子表面静电势分析可以用于判断氧化还原位点吗？
A:
用福井函数
手册4.5.4节是计算福井函数的例子
----------------------------------------------------
2017.06.20 21:55:13
Q:
[图片] 各位老师 LOL函数中不同颜色代表什么意义？谢谢
A:
和ELF一样分析
电子定域性的图形分析
http://sobereva.com/63
Q:
没有看到在哪儿卢老师谢谢您
A:
色彩刻度就在图右侧，照着看就知道图中不同位置数值大小，根据ELF/LOL的基本特点去讨论，看博文里的讨论例子
Q:
谢谢您
[图片]那我可以说右侧的三个原子和左侧的三个原子之间存在较强的化学（静电）作用吗?
A:
ELF/LOL只能体现共价作用
此贴可以参考
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=6126
----------------------------------------------------
2017.06.20 21:56:31
Q:
Multiwfn能不能使得将填色图超出上限的颜色与上限相同？例如现在超出上限为白色，上限值的颜色为红色，看着像缺一块
A:
[图片]
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2017.06.20 21:58:21
A:
Journal of Quantum Chemistry居然今年已经关了，投这种烂期刊太危险
Q:
不灌水，年职称都不给你评
是。所以觉得，人活着是个悲剧
我做应用，好多年不写东西，发现要评职称的时候，干瞪眼。。。
不灌水毕业也难啊
做理论，就是要憋，每年出点小文章还是需要的
大牛可能不在乎文章可以静下心来但是对于我们来说不灌水发篇文章都抬不起头来还是很浮躁
高校老师们也是辛苦，写基金，评职称，管学生，都是事
还要拉项目
鲶鱼效应，一旦顺了，什么都不缺，如果没有突破点东西，P都不是
灌水很重要毕业找工作申基金评职称各种帽子都是文章
都是被逼的
有文章得天下没文章就苦逼了
是的
A:
[图片]
Q:
群主培训量化的时候是不是也用music啊
A:
这期刊略惨，一年都可能没一篇
[图片]
Q:
小学用音乐教化学？
奇谈怪论真不少
[图片]
A:
那篇文章看不懂在说什么
Q:
不知道审稿人怎么看懂的。
A:
给钱就发
Q:
野鸡杂志才是给钱就发
哎，看期刊名称，还挺同行的。
只是看起来
现在申请开办期刊，是不是限制不让使用顶级学科名？
A:
应该可以吧
----------------------------------------------------
2017.06.21 11:27:06
Q:
请问mulitiwfn有没有明确不兼容的软件？
遇到过就知道了有没有了[图片]
A:
没有你的输入文件不好说。
如果不是64bit版用64bit
输入命令的格式不正确也会导致崩溃。
为了防止输错了崩溃，可以把算完的分子表面静电势数据导出来备用，过程看手册4.12.7节
连呋喃都闪退说明输入的命令格式明显不对
----------------------------------------------------
2017.06.21 13:19:12
Q:
分别体现alpha电子，beta电子对总的贡献
键级还有负的？
用了弥散函数了？
Mulliken 和Mayer 键级不能带弥散函数
不然结果没法用
你把基组里弥散去了不就完事了
Fuzzy bond order 和Laplacian bond orde 可以有弥散函数
可以
载入文件后用主功能1，输入你想要点的坐标就行了
哪里的正负？
[图片]我一看这个模型就头疼
-0.0x 的负值可以理解，-0.3+正常么？
[图片]
我反正没看到有负的键级
怎么所有键级都只有0.x
不应该大多大于1么
<S**2>的期望吧
没法“强行”得到自旋极化的态
你要么把文献里的表格贴出来
只能通过各种方法产生初猜，加上尝试各种SCF方案，看能否收敛到一个自旋极化单重态
如果怎么做都没法得到，那可能基态就是闭壳层的
我在优化一个过渡态，反应物是一个双自由基
但不确定过渡态肯定是
试过片段组合，也是等于0
石墨烯里C-C键级真的不到0.5？
如果一定要找，是不是可能双自由基的态是激发态
得用TD？
其实都要找
population 和 bond order 两个概念
CAS
说成 bonding population 也是醉了
啥叫Bonding Mulliken Population。。。
TDDFT够用不？
这个caption很雷
[图片]
之前论坛老有人问这个“四自由基”模型的计算问题，我查了半天它的合理性也没查到什么东西。用这模型做量化计算的文章也大都这个德性，概念乱的很
还有其他很高价的、自由基“密度”很大的石墨烯片段模型
好吧，又要学习新东西了
我在优化一个单键断裂的过渡态时，键长设定为2.15或更短时全部得到键形成的中间体，而设定键长2.16或更长时又都得到键断裂的中间体，就是得不到过渡态，应该处理呢
不是自由基，
但类似的结构可以找到，比如把取代基简化
就可以找到
是一个芳香体系
还有一个问题，我想确定基态到底是闭壳层，或是双自由基单重态还是三重态，现在只得到闭壳层和三重态能量，就是得不到双自由基单重态的结构，那么还有什么办法判断基态到底是哪个态
S0的基态能量
A:
那个模型着实头疼，以前论坛上就有这么干的
----------------------------------------------------
2017.06.21 13:39:31
Q:
GView的静电势效率才低
卡的不行
如果是硕士，可能能蒙混过去？
A:
gview调用cubegen算的静电势，cubegen仅仅对于算静电势来说，效率还是相当高的。
----------------------------------------------------
2017.06.21 13:54:07
Q:
另外，我在文献里看说Bonding Mulliken Population的±表示成键轨道和反键轨道，那这里的±是不是也就可以接受了？
A:
负值说明反键作用。
有些根本不相连的原子间Mulliken键级也往往有负值，这时完全没物理意义，是此方法自身的理论bug
只有Mulliken键级才和Mulliken布居是一回事
----------------------------------------------------
2017.06.21 16:40:35
Q:
请问，高斯做单点计算后可以得到分子的态密度吗？
A:
把得到的fch文件塞给Multiwfn，按照Multiwfn手册4.10节的例子绘制DOS
Q:
是不是现在multiwfn 还没有办法把原子各个轨道的态密度画出来，比如C的2s, 2p
A:
定义片段，把对应相应原子轨道的基函数加进去然后绘制PDOS就完了
----------------------------------------------------
2017.06.21 16:41:30
Q:
大博士，我用gfortran编译shermo的时候出现了错误，222行
A:
甭用gfortran
----------------------------------------------------
2017.06.21 16:58:28
Q:
自己修改了非标准残基的力场参数，运行pbd2gmx时出现错误如下：
Fatal error:
Residue 1 named TYR of a molecule in the input file was mapped
to an entry in the topology database, but the atom N used in
an interaction of type improper in that entry is not found in the
input file. Perhaps your atom and/or residue naming needs to be
fixed.
TYR只是蛋白的末端，并不是我修改的残基。
请问sober这个错误一般是哪里的原因啊？
谢谢
A:
无非就是格式哪里弄错了，该改的忘了改，漏定义了信息之类
----------------------------------------------------
2017.06.21 17:03:35
Q:
请问化学键的键能哪里能找到？
我想知道的是:
Si-O键、B(III)-O键和 B(IV)-O键的键能怎么找？
A:
看《化学键能数据手册》（罗渝然）
如果找不到，就自己算。本身其键能和具体体系关系极为密切
----------------------------------------------------
2017.06.21 17:11:34
Q:
请教各位：看到文献中说：“具有中心对称的分子，其固有偶极矩(permanent dipole moments)为零。”是这样吗？
A:
不一定。电子结构的对称性不一定和几何结构对称性一样
----------------------------------------------------
2017.06.21 19:31:42
Q:
老师，七月底您们的培训还有机会报名吗？我刚知道消息
如果能报，可以把我名字报上吗？
排队没问题，至少还有希望
A:
没机会了。排队的都十几人
----------------------------------------------------
2017.06.21 20:08:03
Q:
请问多小的虚频可以忽略？-10可以吗，而且freq最后的输出[图片]，后两个判据已经在博文可接受范围内了
A:
原则上多小都不能忽略，除非是算大体系，虚频涉及的原子和你感兴趣的区域没直接联系才可忽略
----------------------------------------------------
2017.06.21 20:26:38
Q:
有人做过分子筛或者其它什么固体的紫外光谱吗？有做计算的同学说用gaussian的PBC模块算，我觉得不靠谱，vasp能做么？
A:
能
----------------------------------------------------
2017.06.21 23:05:41
Q:
问一下，gaussview里的核磁图中，纵坐标1和2代表什么？
那reference里是输入自己的基组吗，怎么和标度法算出来的不一样
[图片]老师，红框里指的是四甲基硅烷还是别的？
A:
碳、氢的话就是TMS
----------------------------------------------------
2017.06.22 07:25:31
Q:
老师，那gaussview里的核磁图中，纵坐标1和2指的是单重态多重态吗
M=2S＋1
A:
指的是简并度。化学位移数值相近的两个峰会被当成简并度为2的一个峰
----------------------------------------------------
2017.06.22 09:53:25
Q:
话说怎么看用vmd最多可以打开多大的轨迹文件啊？
A:
没有上限，看你内存大小
----------------------------------------------------
2017.06.22 09:53:29
Q:
会增加这么多么？是不是大体系（200原子左右），增加弥散函数后，计算量迅速增加？谢谢
相对6-31G*也慢不了多少，我是先在6-31G*的基础上计算后，然后再用6-31+G*进行优化，时间耗时增加不少，我的体系原子数在120左右，感觉增加的太多了
A:
所以说没事甭加弥散，越是大体系耗时增加越大。
----------------------------------------------------
2017.06.22 10:27:25
Q:
老师，在做NBO分析的时候总是出现L607错误，请问应该怎么解决呢？
A:
看具体报错
----------------------------------------------------
2017.06.22 10:30:58
Q:
[图片]有谁知道这里面负值代表的是什么意思么？求告知
A:
说清楚什么程序输出的
----------------------------------------------------
2017.06.22 10:35:55
Q:
请问一下各位老师，我需要分析这个分子的NPA电荷，我用Gennbo5.0算出来的一个.nbo文件中搜索"Natural Population Analysis"，出现了三个Natural Population Analysis，请问我该选择哪个呢？谢谢了。
A:
第一次的
----------------------------------------------------
2017.06.22 10:49:04
Q:
老师，纠结了下要不要报基础班，因为个人原因七月底参加要克服些困难，结果就爆满了，我看好多人没报上，老师，年终再开一次，可好？
A:
目前没打算年终再开，下一届应当是明年上半年
----------------------------------------------------
2017.06.22 11:47:38
Q:
不好意思老师，才看到，这个是高斯09输出的log文件
A:
用Multiwfn做轨道成分分析
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
要看轨道系数直接pop=full就完了
别看你当前贴的那部分输出
----------------------------------------------------
2017.06.22 12:10:15
Q:
老师那核磁图中的单重态多重态在哪找@Sobereva
A:
图中哪反映这个？
Q:
知道了
我问了同学说指的是单重态多重态M=2S＋1
A:
和你当前这个NMR的问题完全无关
----------------------------------------------------
2017.06.22 13:12:33
Q:
有扫描文件，morse势怎么解决的？
A:
用origin之类拟合就完了
----------------------------------------------------
2017.06.22 14:37:22
Q:
sober老师麻烦请教一下我在用multiwfn绘制态密度图时图上只有HOMO那条虚线怎么同时显示LUMO的虚线？@Sobereva
A:
自己画上就完了
反正LUMO的竖线位置直接就在图上
----------------------------------------------------
2017.06.22 16:47:22
Q:
[图片]请教下，这种2个分子结构叠合在一起的是怎么做到的呢？
A:
在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的几何偏差
http://sobereva.com/290
----------------------------------------------------
2017.06.22 16:59:23
Q:
老师您好，如果需要判断某个分子的哪个位置最容易发生氧化反应，是否可以通过手册4.5.4的福井函数 + 静电势分析来分析得出结果？谢谢老师
A:
就用福井函数就完了
----------------------------------------------------
2017.06.22 17:18:36
Q:
老师请问使用multiwfn得到ESP的Potential的cube文件，分子是300多个原子，核心数已经调到了8核，内存在默认状态下，计算了接近一个小时显示依旧是：“Note: Virtual orbitals higher than LUMO+10 have been discarded for saving computional time”是不是正常情况，或者说是不是就继续等待就可以了（multiwfn选择的选项顺序是5，12，3）
是的我尝试用服务器用cubegen了 cubegen自定义太坑了哈哈
哦哦好我去找找看灰常感谢
不能传输到主节点还是什么意思
A:
大体系静电势cube文件应当用cubegen。不过300多个原子，用cubegen也没戏，除非你把格点间距弄得很稀疏
如果你的目的只是考察分子表面静电势，完全没必要算cube文件
----------------------------------------------------
2017.06.22 19:49:03
Q:
老师您好，我在文献中看到这个图，请问这个图是在Multiwfn的哪部分的操作？谢谢老师[图片]
A:
看手册4.18.3节的例子
Q:
好的，谢谢老师
A:
正确在机子里装高斯，然后再装gv到相同目录
要么用Multiwfn看轨道，省得装高斯，对此体系产生轨道速度还快>100倍，操作明显更容易
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
----------------------------------------------------
2017.06.22 20:40:46
Q:
请问开壳层计算的alphaHOMO轨道和beta的会相距很远吗？
A:
可能会
----------------------------------------------------
2017.06.22 20:58:24
Q:
老师，请教个NBO分析是遇到的问题
Structure accepted: RESONANCE keyword permits strongly delocalized structure
WARNING: 3 low occupancy (<0.9990e) core orbitals found on V 2
-- Apparent excited state configuration ---
The following "inverted" NBO labels reflect the actual hybrid overlap:
NBO 90 has been relabelled BD
Unable to label the NBOs properly: 19 unstarred orbitals
18 occupied orbitals
Error
Error termination via Lnk1e in /homeem/pmmpemsoft/g09d01/g09/l607.exe at Wed Jun 21 20:01:04 2017.
Job cpu time: 0 days 0 hours 2 minutes 9.9 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 8 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1 Scr= 1
[图片]
尝试着换了基组，还是没能解决
A:
用NBO5或6
----------------------------------------------------

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[群聊Q&A整理] 公社群聊Q&A整理（含既往全文）：2017.06.09 18 ~ 2017.06.22 20 Concate

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