关于Gaussian批处理或者多步计算

醒目苹果倪 · 发表于 Post on 2017-8-3 21:50:14

请教大家一个问题。关于用gaussian来处理一批相互关联的作业。比如，我有一个计算过程，需要计算四步，A,B,C,D。后面的每一步都需要基于前一步的.chk文件。正常来说这种计算可以把四步通过Link写一个输入文件，一口气算完了。但是这样就只能得到一个log文件和一个chk文件。如果这个作业没算完，我想单独查看前两步的的结果，就比较麻烦了。
我现在想到另外一个方法是把这四步单独写输入文件，然后通过一个批处理脚本.sh来提交作业。如下：
qsub A.in.sub
wait
cp A.chk B.chk
wait
qsub B.in.sub
wait
cp B.chk C.chk
wait
qsub C.in.sub
wait
cp C.chk D.chk
wait
qsub D.in.sub
我记得我之前在另外一个课题组，这种方式是可以实现依次提交作业的。
但是我今天试了一下，发现他会同时把四个作业都提交上去，而不是依次提交。不知道是不是那里出错了。
请各位帮忙看看需要怎么修改呢？
或者用Link的时候有么有可能让他把四个过程的输出和chk文件分开，单独保存？

非常感谢。

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2017-8-3 22:07:44

本帖最后由 liyuanhe211 于 2017-8-3 22:09 编辑

用 Link0 指令 %oldchk 可以使每步任务保存为不同的chk文件，看高斯手册
下面的python脚本可以将一个多步的gaussian输出文件拆分为单独的几步，使用方法为 python 脚本路径.py 要拆分的输出文件.out（脚本看着复杂，其实只是依赖了之前的一些函数，实际上10行左右就能实现了）

Split_Gaussian_output_steps.py (4.19 KB, 下载次数 Times of downloads: 142)

要分成多个文件依次跑的话应该把你qsub命令换成Gaussian的运行命令，比如g09，然后qsub整个脚本。qsub只是提交任务，你wait的是提交任务这个动作本身，而不是任务跑完。

醒目苹果倪 · 发表于 Post on 2017-8-3 22:54:40

liyuanhe211 发表于 2017-8-3 22:07
用 Link0 指令 %oldchk 可以使每步任务保存为不同的chk文件，看高斯手册
下面的python脚本可以将一个多 ...

好的。非常感谢。我试一下。谢谢！

liuxiaogang0206 · 发表于 Post on 2017-8-6 07:47:34

也可以利用任务排队系统本身的功能。通常使用于（1）若你可以管理服务器，（2）或者服务器本身自带这个派对功能。

例如我们常用的一个脚本：-J 代表工作。 -w 代表等待。
连起来，就是上一步跑完了再自动进入下一步。
如果上一步报错，回头后面等待的工作要手动删除。不然老是挂在那里。
懒人做法，如果时间紧。可以用这个套路。

bsub -q parallel -o myjob.eo -n 12 -J "04CTEST_cam-b3lyp_EtOH" 'g09d 04CTEST_cam-b3lyp_EtOH.com 04CTEST_cam-b3lyp_EtOH.log'
bsub -q parallel -o myjob.eo -n 12 -w "done(04CTEST_cam-b3lyp_EtOH)" -J "06CTEST_cam-b3lyp_EtOH" 'g09d 06CTEST_cam-b3lyp_EtOH.com 06CTEST_cam-b3lyp_EtOH.log'
bsub -q parallel -o myjob.eo -n 12 -w "done(06CTEST_cam-b3lyp_EtOH)" -J "07CTEST_cam-b3lyp_EtOH" 'g09d 07CTEST_cam-b3lyp_EtOH.com 07CTEST_cam-b3lyp_EtOH.log'
bsub -q parallel -o myjob.eo -n 12 -w "done(04CTEST_cam-b3lyp_EtOH)" -J "05CTEST_cam-b3lyp_EtOH" 'g09d 05CTEST_cam-b3lyp_EtOH.com 05CTEST_cam-b3lyp_EtOH.log'

醒目苹果倪 · 发表于 Post on 2017-8-21 22:12:28

liuxiaogang0206 发表于 2017-8-6 07:47
也可以利用任务排队系统本身的功能。通常使用于（1）若你可以管理服务器，（2）或者服务器本身自带这个 ...

好的，非常感谢。我尝试一下。谢谢

kyuu · 发表于 Post on 2017-8-22 17:20:40

不需要，脚本命令可以使用&&，前一脚本命令执行成功即可以进去下一命令，反之脚本执行异常退出，
意思是你在脚本里写执行命令 A && B，A的任务全部执行完毕无报错，之后会进行B任务，若A出错，全部任务错误退出，不会执行B

捍卫中巴到永远 · 发表于 Post on 2017-11-9 10:08:59

请问楼主，我想提交多个gjf作业这个批量处理的帖子在哪里看啊我搜索关键词批量处理gjf 没有相关的帖子出来谢谢了

sobereva · 发表于 Post on 2017-11-9 22:55:41

捍卫中巴到永远发表于 2017-11-9 10:08
请问楼主，我想提交多个gjf作业这个批量处理的帖子在哪里看啊我搜索关键词批量处理gjf 没有相关的帖 ...

使用Gaussian时的几个实用脚本和命令
http://sobereva.com/258

tjchkj · 发表于 Post on 2017-11-15 21:02:52

sobereva 发表于 2017-11-9 22:55
使用Gaussian时的几个实用脚本和命令
http://sobereva.com/258

看过了你的关于批处理的帖子，有一个问题：在windows下做批处理，先不说批处理，就是单行dos命令，用G16w.exe这个windows下的高斯程序，格式为 g16w 输入文件名.gjf 输出文件名.out 这样，发现只是把g16w运行起来，并不去打开.gjf去运算。高斯的path和环境变量都在windows系统里做过设置了。即使把 .gjf 放到高斯安装路径下，也是这样。最后还是用高斯本身那个.bcf去做批处理还是非常棒的。

sobereva · 发表于 Post on 2017-11-15 21:11:20

tjchkj 发表于 2017-11-15 21:02
看过了你的关于批处理的帖子，有一个问题：在windows下做批处理，先不说批处理，就是单行dos命令，用G16w ...

你把g16w.exe和g16.exe完全搞混了！

tjchkj · 发表于 Post on 2017-11-16 16:50:52

本帖最后由 tjchkj 于 2017-11-16 22:08 编辑

sobereva 发表于 2017-11-15 21:11
你把g16w.exe和g16.exe完全搞混了！

我这个是windows 下的，查看了安装文件夹里，最后真没有你说的g16.exe这个可执行程序的，只有g16w.exe。最后我觉得，还是高斯里自带的批处理还真是特别好用。处理个几千行的批处理任务一点都不费劲。就是注意一下，bcf文件的文件名长度不能超过9个，最多9个字符，多了就出错。

sobereva · 发表于 Post on 2017-11-25 17:37:26

tjchkj 发表于 2017-11-16 16:50
我这个是windows 下的，查看了安装文件夹里，最后真没有你说的g16.exe这个可执行程序的，只有g16w.exe。 ...

不可能没有（除非你手动删了，或者安全程序自动删了之类）

用脚本方便得多，双击一下.bat文件就能让当前目录下所有.gjf都让高斯执行。而用自带的batch list你还得一个个添加

tjchkj · 发表于 Post on 2017-11-25 23:47:21

sobereva 发表于 2017-11-25 17:37
不可能没有（除非你手动删了，或者安全程序自动删了之类）

谢谢了，我重新查了下确实是有这个G16.exe 。

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