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[新手求助] 请教Sob大神一个问题

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楼主
我前一段时间在这里发了一个帖子,咨询了一下有关固定坐标的问题,你给我回复-1代表固定,0代表不固定。
可是我用gview编辑完结构后,不知道原子的坐标,所以也没办法固定。请问如何才能知道原子坐标?
另外,第一层、第二层、第三层原子,哪些需要固定 哪些不固定呢
谢谢

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发表于 Post on 2015-1-23 00:49:57 | 只看该作者 Only view this author
你用gview看结构的时候不就知道哪些原子应该固定了么?需要固定的原子后面写-1即可,这和它当前是什么坐标没有关系。要看坐标的话gview里进入atom list editor就能看到

我不清楚你说的三层原子具体是指什么。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-1-23 14:50:19 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
谢谢大神 三层指的是表面的三层原子 比如二氧化硅111就是O Si O,我要算的是分子与二氧化硅表面O原子的作用 那么氧原子就是第一层 Si为第二层 还有一层O是第三层。那么在计算结构的时候这几层原子哪些需要固定坐标?哪些不需要呢

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发表于 Post on 2015-1-23 19:30:21 | 只看该作者 Only view this author
如果你的SiO2模型就这三层原子,只固定最底层就够了。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-1-25 17:53:34 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
谢谢大神

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