怎么根据范德华表面来画等高线

asl1994 · 发表于 Post on 2017-9-28 17:58:15

在文献上看到可以根据范德华表面画出下图这样的等高线，来体现空间拥挤程度。我试着用Multiwfn到处isovalue为0.001的TotalDensity的格点数据，但这是包括前后表面的，而图中显然只有前表面（即以当前视角肉眼能看到的部分）。
现在只知道他们用Python来做，不知道老师们有没有其他对新手更加友好的方法来实现类似的效果呢？

agent99 · 发表于 Post on 2017-9-28 23:12:51

本帖最后由 agent99 于 2017-9-28 13:24 编辑

抱歉看错问题了之前的回答编辑掉

sobereva · 发表于 Post on 2017-9-29 00:11:18

我不晓得下面那个图是怎么定义的，什么计算公式，表明配体原子与金属原子的重叠程度（位阻大小）？

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2017-9-29 00:48:59

本帖最后由 liyuanhe211 于 2017-9-29 00:50 编辑

sobereva 发表于 2017-9-29 00:11
我不晓得下面那个图是怎么定义的，什么计算公式，表明配体原子与金属原子的重叠程度（位阻大小）？

之前曾经看过，可傻了。假设分子是座山峰，屏幕是海平面，垂直于屏幕的方向是“高度”，然后这图就是范德华表面的等高线地形图。。。个人觉得除了拿来做个封面图啥的毫无用处。

asl1994 · 发表于 Post on 2017-9-30 14:22:57

liyuanhe211 发表于 2017-9-29 00:48
之前曾经看过，可傻了。假设分子是座山峰，屏幕是海平面，垂直于屏幕的方向是“高度”，然后这图就是范德 ...

哈哈我也觉得除了好看点没什么用，但是老板让我重复我做不出来啊

sobereva · 发表于 Post on 2017-9-30 14:54:54

asl1994 发表于 2017-9-30 14:22
哈哈我也觉得除了好看点没什么用，但是老板让我重复我做不出来啊

只能自己写程序了。据我所知没有现成的程序

ZJ220811014 · 发表于 Post on 2024-6-3 18:30:08

想要绘制这种刨面图，已根据网上代码绘制过了和这种图完全不一样，是立体图，没有文献中的这种效果，求作者绘制该图的代码，谢谢

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