请问autodock tools如何设置过度带电的金属离子呢？

jase20

我用autodock tools打开蛋白的文件，直接判断我的金属离子和残基成键，Zn离子应该是带两个正电荷的，但是grid->marcomolecular->choose保存成pdbqt后，却说ZN不带电，请问该如何设置呢?
另外autodock vina 和autodock4有区别吗？

jase20

哇...我竟然在热门主题里面看到这篇帖子.....好吧，现在我自己回答一下，autodock vina和autodock都是同一组人员开发的，他们自称vina是新一代的dock软件，在准确度和速度上都比autodock要好。如果是用vina对接的话，其实不用考虑活性中心的金属离子的电荷，因为vina貌似根本不管电荷，在它的打分函数里就没有静电这一项..听说好像是把金属离子当作polar hydrogen来考虑的，我实测在最后也不会对对接结果有很大的影响，所以如果有朋友用autodock vina进行对接就不用考虑这个问题啦。（当然还是要具体问题具体对待）

jase20

jase20 发表于 2017-11-4 04:03
哇...我竟然在热门主题里面看到这篇帖子.....好吧，现在我自己回答一下，autodock vina和autodock都是同一 ...

另外还有一点就是，不要太在意对接软件给出的打分评价，其实这个东西并不太靠谱，有时候评价函数得分高的构象与晶体结构不尽相同，反倒是打分靠后的rmsd比较小。

胡姐姐

请问，autodock4是一定要考虑受体中离子的电荷是吗

benyagui

I'm not sure in autodock4, but you should take into account that some releases don't include parameters for Ca/Zn/Fe/ and others, and must be parametrized by hand such that autogrid and autodock can recognize them, otherwise, those ions aren't incorporated and may lead to missleading results

胡姐姐

请问，为什么我用vina对接后，显示原子类型方面的错误？这个问题可以忽略吗

Minmin

jase20 发表于 2017-11-4 04:03
哇...我竟然在热门主题里面看到这篇帖子.....好吧，现在我自己回答一下，autodock vina和autodock都是同一 ...

楼主，我用autodock4做docking的时候，输出文件中，出现下述输出，是否意味着我可以忽略这个提示继续对接以及结果分析？
Unable to assign HAD type to atom Mg
Unable to assign valence to atom rec:A: MG901:MG type = Mg
Unable to assign MAP type to atom Mg
Sorry, there are no Gasteiger parameters available for atom rec:A: MG901:MG