计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: 小菜鸟求关照
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[新手求助] bsse校正

[复制链接 Copy URL]

145

帖子

0

威望

290

eV
积分
435

Level 3 能力者

16#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-3-30 21:11:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-3-30 21:09
不要去做振动分析,对计算相互作用能没意义,还白费时间。
你列出的都是热力学数据,相互作用能的计算一般 ...

嗯呢 谢谢老师

145

帖子

0

威望

290

eV
积分
435

Level 3 能力者

17#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-3-30 21:13:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-3-30 21:09
不要去做振动分析,对计算相互作用能没意义,还白费时间。
你列出的都是热力学数据,相互作用能的计算一般 ...

做单点指的是必须之前先把结构优化好吗?此时所用的基组和方法和计算结构的时候必须一致吗?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120060

管理员

公社社长

18#
发表于 Post on 2015-3-30 23:27:42 | 只看该作者 Only view this author
小菜鸟求关照 发表于 2015-3-30 21:13
做单点指的是必须之前先把结构优化好吗?此时所用的基组和方法和计算结构的时候必须一致吗?

需要先优化。
基组和理论方法级别应当>=优化时的级别。并不需要一致。通常用更高级别算能量以得到更准确的结果。比如杂化泛函优化,双杂化泛函算相互作用能。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

145

帖子

0

威望

290

eV
积分
435

Level 3 能力者

19#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-3-31 09:59:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-3-30 23:27
需要先优化。
基组和理论方法级别应当>=优化时的级别。并不需要一致。通常用更高级别算能量以得到更准确 ...

嗯呢 谢谢老师!

145

帖子

0

威望

290

eV
积分
435

Level 3 能力者

20#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-3-31 15:48:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-3-30 23:27
需要先优化。
基组和理论方法级别应当>=优化时的级别。并不需要一致。通常用更高级别算能量以得到更准确 ...

老师 ,我用MP2做单点能最后得到这两个能量 HF=-5
703.6458397\MP2=-5704.9077101
应该取哪个能量   ? 这两个能量有什么区别呢 ?
谢谢老师!

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120060

管理员

公社社长

21#
发表于 Post on 2015-3-31 15:52:29 | 只看该作者 Only view this author
取MP2=
做MP2前需要先做HF,所以HF能量也输出。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

145

帖子

0

威望

290

eV
积分
435

Level 3 能力者

22#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-3-31 16:13:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-3-31 15:52
取MP2=
做MP2前需要先做HF,所以HF能量也输出。

嗯呢 谢谢sobereva老师!

145

帖子

0

威望

290

eV
积分
435

Level 3 能力者

23#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-4-1 09:22:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-3-30 17:40
1 直接算AB的能量,然后减去A、B单体的能量
2 不建议用gview来看,应当自己阅读输出文件

请问老师 (1)您此处指的A B单体的能量是指的A、 B在自由状态下结构的能量还是A、B在复合物结构中的单体的能量?
(2)如果是A、 B在复合物结构中的单体的能量可以将优化好的复合物结构中的A(或者B)分子的坐标作为其计算复合物结构中A单体(或者B单体)单点能的输入坐标以此来计算复合物结构中的A单体(或者B单体)的自由能吗?
谢谢老师

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120060

管理员

公社社长

24#
发表于 Post on 2015-4-1 10:46:04 | 只看该作者 Only view this author
1 取自由状态还是复合物状态都可以,二者相差变形能。相互作用能的理论研究取复合物状态的更多。
2 获得自由能需要做振动分析得到热力学校正数据,这应当是在单体优化后的结构上做
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

145

帖子

0

威望

290

eV
积分
435

Level 3 能力者

25#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-4-1 13:58:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-4-1 10:46
1 取自由状态还是复合物状态都可以,二者相差变形能。相互作用能的理论研究取复合物状态的更多。
2 获得自 ...

不好意思sobereva老师 ,我表达上有问题,对于第二个问题我想获得的是单点能,直接用复合物优化好的结构中的A结构部分作为初始结构,来计算在复合物中的A分子结构的单点能,这样可以吗?
谢谢老师!

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120060

管理员

公社社长

26#
发表于 Post on 2015-4-1 15:17:38 | 只看该作者 Only view this author
小菜鸟求关照 发表于 2015-4-1 13:58
不好意思sobereva老师 ,我表达上有问题,对于第二个问题我想获得的是单点能,直接用复合物优化好的结构 ...

可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

145

帖子

0

威望

290

eV
积分
435

Level 3 能力者

27#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-4-1 15:22:39 | 只看该作者 Only view this author

嗯谢谢老师!

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-12 18:29 , Processed in 0.140638 second(s), 19 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list