求助 acpype

shalene · 发表于 Post on 2017-11-20 14:54:55

按照sob大的推荐，安装了acpype和ambertools16。acpype内置test目录内的dmp.mol2、AAA.mol2均能通过测试生成相应的gro、top等文件，我自己的mol2就不行，总报错 No such file or directory: 'tmp'，而且无论mol2放在什么目录都这样。

哪位大大能指点指点？

beyond · 发表于 Post on 2017-11-21 05:43:27

我今天也转换了一个小分子的参数格式, 虽不是用acpype做的, 但是可以参考一下:

先用antechamber生成mol2与frcmod文件, 然后导入leap生成小分子的prmtop与inpcrd

再用parmed将prmtop与inpcrd文件转换为top与gro文件, 生成的top文件稍作修改, 就可以作为itp文件,
嵌入到你的主top文件中使用, 当然你也可以将小分子的top文件按照相应的格式添加进入aminoacids.rtp中.

用parmed转换后, dihedrals的func type都是1 (单一), 此处都应该改为9 (multiple). 我也是通过pdb2gmx发现的,
pdb2gmx自动校正过来了.

sobereva · 发表于 Post on 2017-11-25 16:03:40

如果自带的.mol2怎么都行，你自己的.mol2怎么都不行，或许是acpype对你的.mol2文件不兼容。我用gview产生的.mol2文件都是可以用acpype正常处理的。

shalene · 发表于 Post on 2017-11-26 20:57:31

降回ambertools14，问题都没有了

竹会飞 · 发表于 Post on 2021-7-12 16:43:18

多年以后我也遇到你的问题

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