计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: qianbao
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[新手求助] 求助Interaction energies的计算方法

[复制链接 Copy URL]

167

帖子

0

威望

1051

eV
积分
1218

Level 4 (黑子)

16#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-1 19:06:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-1 12:54
没细节信息没法说。估计输入文件里有一些低级问题

比如算出来相互作用能是-10 kcal/mol,修正后变成 ...


老师您好,又来麻烦您了,第一次算相互作用能,出了一系列麻烦,还请您帮忙看一下,谢谢老师!
老师,我是对界面用的CAM-B3LYP/6-31G(d)泛函基组进行优化操作的,但是将泛函改成B3LYP,X5还是正值。
老师,我是这样操作的:1.在Gaussian中利用Delete Atom的图表键 基于界面优化的构型(DA61.out)去除给体得到的受体片段limy-61.gjf,相同方法得到给体片段limy-PBDTTPD.gjf。但是这样得出来的坐标和之前文件中的不一样(不知道该怎么解决);
2.然后,我新建一个Ultra Edit编辑的关键词,复制受体片段和给体片段,每一个坐标后面均表明1或2。这样新组成的LIMY-PBDTTPD61-C1.gjf;
3.最后得到的out文件,出来的就是X5是正值。
还请老师帮忙指点迷津。谢谢老师!麻烦老师了!

LIMY-PBDTTPD61-C1.gjf

14.93 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

拼接后的gjf

LIMY-PBDTTPD61-C1.out

431.15 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

拼接后的out

limy-PBDTTPD.gjf

8.7 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

给体片段

limy-61.gjf

5.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

受体片段

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125153

管理员

公社社长

17#
发表于 Post on 2017-12-1 22:58:18 | 只看该作者 Only view this author
qianbao 发表于 2017-12-1 19:06
老师您好,又来麻烦您了,第一次算相互作用能,出了一系列麻烦,还请您帮忙看一下,谢谢老师!
老师,我 ...


不要把简单问题搞复杂了。这是个H2O---HCl相互作用能计算例子

#p M062X/jun-cc-pVTZ empiricaldispersion=GD3 counterpoise=2

H2O---HCl

0 1
O                  0.03182700    1.92133500    0.00000000 1
H                 -0.43191500    2.27140800    0.76804900 1
H                 -0.43191500    2.27140800   -0.76804900 1
Cl                 0.03182700   -1.17882900    0.00000000 2
H                  0.06816300    0.12660100    0.00000000 2

直接读取末尾的complexation energy (corrected)就是最终HCl和H2O的相互作用能
此任务的结构是对H2O---HCl复合物优化得到的

不要用CAM-B3LYP(哪怕结合D3)计算弱相互作用能,这泛函初衷根本不是干这个的。该用什么看
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

167

帖子

0

威望

1051

eV
积分
1218

Level 4 (黑子)

18#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-2 18:50:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-1 22:58
不要把简单问题搞复杂了。这是个H2O---HCl相互作用能计算例子

#p M062X/jun-cc-pVTZ empiricaldispe ...

哦哦哦,好的,谢谢老师。

167

帖子

0

威望

1051

eV
积分
1218

Level 4 (黑子)

19#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-7 19:23:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-1 12:54
没细节信息没法说。估计输入文件里有一些低级问题

比如算出来相互作用能是-10 kcal/mol,修正后变成 ...

老师,您好,换了基组后,也是正值,想请老师帮忙看一下,我可以从哪试着解决呢?
谢谢老师!

lmy-ccpvdz.out

442.14 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

lmy-6-31gdp.out

445.22 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125153

管理员

公社社长

20#
发表于 Post on 2018-10-8 01:09:39 | 只看该作者 Only view this author
qianbao 发表于 2018-10-7 19:23
老师,您好,换了基组后,也是正值,想请老师帮忙看一下,我可以从哪试着解决呢?
谢谢老师!

拿CAM-B3LYP算弱相互作用纯属搞笑,我前面已经明确强调了

弱相互作用计算常识看
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?”
http://sobereva.com/413
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

167

帖子

0

威望

1051

eV
积分
1218

Level 4 (黑子)

21#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-9 13:56:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-10-8 01:09
拿CAM-B3LYP算弱相互作用纯属搞笑,我前面已经明确强调了

弱相互作用计算常识看

好的,谢谢sob老师!

167

帖子

0

威望

1051

eV
积分
1218

Level 4 (黑子)

22#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-23 16:24:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-1 12:54
没细节信息没法说。估计输入文件里有一些低级问题

比如算出来相互作用能是-10 kcal/mol,修正后变成 ...

老师,请帮忙看一下我的计算中存在的问题:
1、用EDA计算和原文数值相差有些大(我考虑是因为色散力较大)
2、CAM-B3LYP计算后X4和X5正负相反
3、B3LYP似乎也存在问题
所以想请老师指点一下,谢谢!

lmy-pc-da-ie-1.out

400.15 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

lmy-pc-da-ie-16.out

456.27 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125153

管理员

公社社长

23#
发表于 Post on 2018-10-23 19:11:43 | 只看该作者 Only view this author
qianbao 发表于 2018-10-23 16:24
老师,请帮忙看一下我的计算中存在的问题:
1、用EDA计算和原文数值相差有些大(我考虑是因为色散力较大 ...

我都说过N遍了,不加D3校正用B3LYP和CAM-B3LYP算弱相互作用是搞笑!
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

167

帖子

0

威望

1051

eV
积分
1218

Level 4 (黑子)

24#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-25 09:45:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-10-23 19:11
我都说过N遍了,不加D3校正用B3LYP和CAM-B3LYP算弱相互作用是搞笑!

谢谢老师!这次真的学会了。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-24 02:53 , Processed in 0.160561 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list