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[新手求助] 如何将27号甲基优化到20号N的附近

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%nprocshared=16
%mem=11900MB
%chk=dan2.chk
#p #p opt=calcall  b3lyp/6-31g(d)
优化时用的笛卡尔坐标。
请问我该如何让27号甲基优化到20号N的附近~是我的初始构型有问题吗?还是什么原因?

1.png (74.81 KB, 下载次数 Times of downloads: 21)

这是我的第一个优化成功的构型,但是27甲基离20N太远了

这是我的第一个优化成功的构型,但是27甲基离20N太远了

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发表于 Post on 2017-12-5 17:09:04 | 只看该作者 Only view this author
如果你认为存在C-H...N弱氢键作用,导致甲基能粘在N20附近,一方面初始结构需恰当摆放,另一方面要用恰当的计算级别,必须能合理描述弱相互作用,B3LYP众所周知做不到,仔细阅读此文
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
最起码加上DFT-D3校正。基组也最好改为6-31+G**。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2017-12-6 06:08:25 | 只看该作者 Only view this author
楼上sob老师+1
顺便你者结构,怎么看都是二甲胺和二酰胺的氢成N-H...N氢键的倾向大于C-H...N弱氢键来着。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-6 10:17:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-5 17:09
如果你认为存在C-H...N弱氢键作用,导致甲基能粘在N20附近,一方面初始结构需恰当摆放,另一方面要用恰当的 ...

蟹蟹老师,我会好好看看的

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-6 10:26:33 | 只看该作者 Only view this author
望月凝香 发表于 2017-12-6 06:08
楼上sob老师+1
顺便你者结构,怎么看都是二甲胺和二酰胺的氢成N-H...N氢键的倾向大于C-H...N弱氢键来着。

晕晕的,我再好好想想,蟹蟹

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