31个原子做振动分析问题

freeEnergy

最近补数据，用DMOL3对一个31个原子的体系，做振动分析，优化成功，但是振动分析最后总是失败，失败的文件都是一样的，奇怪的是这个结构吸附一个小分子再做振动分析没有错误，我实在不懂哪里出错了，麻烦sob老师帮我看看，不胜感激！下面是输出文件的最后：

finite difference step for:    atom    31    coordinate   1    step  1
cubic simple grid used for COSMO

            Total Energy           Binding E       Cnvgnce     Time   Iter
Ef        -1330.927434Ha        -8.4398068Ha      5.04E-02   840.7m      1
Ef        -1330.922922Ha        -8.4352941Ha      2.84E-02   840.8m      2
Ef        -1330.927272Ha        -8.4396450Ha      2.73E-02   840.9m      3
Ef        -1330.926739Ha        -8.4391118Ha      1.62E-02   841.0m      4
Ef        -1330.927544Ha        -8.4399160Ha      6.58E-03   841.0m      5
Ef        -1330.927360Ha        -8.4397327Ha      4.64E-03   841.1m      6
Ef        -1330.927397Ha        -8.4397696Ha      2.40E-03   841.2m      7
Ef        -1330.927455Ha        -8.4398274Ha      1.37E-03   841.3m      8
Ef        -1330.927448Ha        -8.4398205Ha      8.82E-04   841.4m      9
Ef        -1330.927423Ha        -8.4397952Ha      2.35E-04   841.5m     10
Ef        -1330.927439Ha        -8.4398110Ha      1.72E-04   841.6m     11
Ef        -1330.927443Ha        -8.4398150Ha      1.27E-04   841.7m     12
Ef        -1330.927448Ha        -8.4398200Ha      9.79E-05   841.7m     13
Ef        -1330.927445Ha        -8.4398170Ha      3.16E-05   841.8m     14
Ef        -1330.927444Ha        -8.4398163Ha      2.58E-05   841.9m     15
Ef        -1330.927444Ha        -8.4398160Ha      1.56E-05   842.0m     16
Ef        -1330.927444Ha        -8.4398162Ha      7.97E-06   842.1m     17
Ef        -1330.927443Ha        -8.4398158Ha      4.79E-06   842.2m     18
Ef        -1330.927443Ha        -8.4398158Ha      3.66E-06   842.3m     19
Ef        -1330.927443Ha        -8.4398157Ha      1.96E-06   842.3m     20
Ef        -1330.927443Ha        -8.4398158Ha      1.61E-06   842.4m     21
Ef        -1330.927443Ha        -8.4398157Ha      1.08E-06   842.5m     22
Ef        -1330.927443Ha        -8.4398157Ha      8.75E-07   842.6m     23

   DFT-D corrected derivatives:

df              ATOMIC  COORDINATES (au)                  DERIVATIVES (au)
df            x          y          z            x          y          z
df    C    -0.030589  -0.061798   0.000000    -0.000056   0.000087  -0.000000
df    C     2.302635   1.210951   0.000000     0.000052   0.000034  -0.000000
df    C     4.637522  -0.132037   0.000000    -0.000098  -0.000192  -0.000000
df    C     6.914282   1.286863   0.000000     0.000065   0.000283   0.000000
df    C     9.257086  -0.055777   0.000000    -0.000107  -0.000357   0.000000
df    C    -6.999999   1.363015   0.000000     0.000199   0.000022   0.000000
df    C    -4.664953   0.019634   0.000000    -0.000082   0.000178   0.000000
df    C    -2.331845   1.292528   0.000000     0.000009  -0.000102   0.000000
df    C    -2.346495   3.947087   0.000000    -0.000018  -0.000029   0.000000
df    C    -0.029458   5.220374   0.000000     0.000180   0.000320  -0.000000
df    C     2.296257   3.851629   0.000000     0.000206  -0.000088   0.000000
df    N     4.519314   5.213158   0.000000    -0.001239  -0.000317   0.000000
df    C     6.835844   4.007478   0.000000     0.000386  -0.000046   0.000000
df    C    -9.377192   5.439106   0.000000     0.000148   0.000104   0.000000
df    C    -7.027599   4.055981   0.000000    -0.000092   0.000056   0.000000
df    C    -4.654123   5.336317   0.000000     0.000083   0.000051   0.000000
df    C    -4.513359   8.012331   0.000000    -0.000114  -0.000066   0.000000
df    C     6.884401  -6.928753   0.000000     0.000137  -0.000380   0.000000
df    N     0.087000   7.821691   0.000000     0.000567   0.001339   0.000000
df    N    -2.449183  -6.590989   0.000000     0.001510  -0.001184   0.000000
df    C    -0.270712  -8.030905   0.000000     0.000294   0.000335   0.000000
df    C     2.151264  -6.781493   0.000000     0.000030   0.000052   0.000000
df    C     2.291921  -4.105512   0.000000    -0.000176  -0.000117   0.000000
df    C     4.665053  -2.825440   0.000000     0.000240   0.000121  -0.000000
df    C     7.014934  -4.208078   0.000000    -0.000335  -0.000254   0.000000
df    C     9.335202  -2.776571   0.000000    -0.000049  -0.000100   0.000000
df    N    -6.881894  -3.982223   0.000000     0.001713   0.000096   0.000000
df    C    -4.659042  -2.620887   0.000000    -0.000151   0.000084  -0.000000
df    C    -2.332796  -3.989943   0.000000    -0.000254   0.000481  -0.000000
df    C    -0.016129  -2.716334   0.000000     0.000067  -0.000085  -0.000000
df   Mn    12.583585  -7.479740   0.000000    -0.003117  -0.000325  -0.000000
df  binding energy      -8.4961501Ha      -231.19210eV       -5331.521kcal/mol

Ef        -1330.983778Ha        -8.4961501Ha                 842.8m

finite difference step for:    atom    31    coordinate   1    step  2
using symmetry related derivatives, trans  2  atom   31  step 0.010 0.000 0.000
transf.    2      -1.000000       0.000000       0.000000
                    0.000000      -1.000000       0.000000
                    0.000000       0.000000       1.000000
     for    4       6.914282       1.286863       0.000000
transformed       -2.331845       1.292528       0.000000      -9.246127       0.005665       0.000000      85.490890    1
transformed       -4.665069       0.019779       0.000000       6.954516      -1.267084       0.000000      49.970793    2
transformed       -6.999956       1.362768       0.000000       4.619629       0.075904       0.000000      21.346733    3
transformed       -9.276716      -0.056133       0.000000       2.342869      -1.342996       0.000000       7.292676    4
transformed      -11.619520       1.286507       0.000000       0.000065      -0.000356       0.000000       0.000000    5
transformed        4.637564      -0.132285       0.000000      -2.276717      -1.419148       0.000000       7.197423    6
transformed        2.302519       1.211097       0.000000      -4.611763      -0.075767       0.000000      21.274095    7
transformed       -0.030589      -0.061798       0.000000      -6.944871      -1.348661       0.000000      50.050119    8
transformed       -0.015939      -2.716357       0.000000      -6.930221      -4.003220       0.000000      64.053730    9
transformed       -2.332976      -3.989643       0.000000       9.286609      -5.276507       0.000000     114.082635   10
transformed       -4.658691      -2.620899       0.000000       6.960894      -3.907762       0.000000      63.724656   11
transformed       -6.881748      -3.982428       0.000000       4.737837      -5.269291       0.000000      50.212526   12
transformed       -9.198278      -2.776748       0.000000       2.421307      -4.063611       0.000000      22.375659   13
transformed        7.014758      -4.208375       0.000000       0.100476      -5.495239       0.000000      30.207742   14
transformed        4.665164      -2.825251       0.000000      -2.249117      -4.112114       0.000000      21.968012   15
transformed        2.291689      -4.105587       0.000000      -4.622593      -5.392450       0.000000      50.446884   16
transformed        2.150925      -6.781600       0.000000      -4.763357      -8.068464       0.000000      87.789671   17
transformed       -9.246835       8.159483       0.000000       2.372750       6.872620       0.000000      52.862850   18
transformed       -2.449434      -6.590961       0.000000       9.170151      -7.877824       0.000000     146.151796   19
transformed        0.086749       7.821719       0.000000      -6.827533       6.534856       0.000000      89.319544   20
transformed       -2.091722       9.261635       0.000000      -9.006003       7.974772       0.000000     144.705083   21
transformed       -4.513698       8.012223       0.000000     -11.427980       6.725360       0.000000     175.829190   22
transformed       -4.654355       5.336243       0.000000       6.965230       4.049379       0.000000      64.911906   23
transformed       -7.027487       4.056170       0.000000       4.592098       2.769307       0.000000      28.756427   24
transformed       -9.377368       5.438808       0.000000       2.242217       4.151945       0.000000      22.266183   25
transformed      -11.697636       4.007301       0.000000      -0.078051       2.720438       0.000000       7.406874   26
transformed        4.519460       5.212953       0.000000      -2.394822       3.926090       0.000000      21.149355   27
transformed        2.296608       3.851617       0.000000      -4.617674       2.564754       0.000000      27.900874   28
transformed       -0.029638       5.220673       0.000000      -6.943920       3.933810       0.000000      63.692889   29
transformed       -2.346306       3.947064       0.000000      -9.260587       2.660201       0.000000      92.835144   30
transformed      -14.936019       8.710471       0.000000      -3.316434       7.423607       0.000000      66.108680   31
Message: DMol3 job failed
Error: DMol3 exiting
Message: License checkin of MS_dmol successful
Message: License checkin of MS_dsolid successful
Error: no symmetry related atom found! (findtr)
Error: no symmetry related atom found! (findtr)
... Calling mpi_abort ...
Errors from parallel task 2:
Error: no symmetry related atom found! (findtr)
Error: no symmetry related atom found! (findtr)
... Calling mpi_abort ...
Errors from parallel task 3:
Error: no symmetry related atom found! (findtr)
Error: no symmetry related atom found! (findtr)
... Calling mpi_abort ...
Errors from parallel task 4:
Error: no symmetry related atom found! (findtr)
Error: no symmetry related atom found! (findtr)
... Calling mpi_abort ...
Errors from parallel task 5:
Error: no symmetry related atom found! (findtr)
Error: no symmetry related atom found! (findtr)
... Calling mpi_abort ...
Errors from parallel task 6:
Error: no symmetry related atom found! (findtr)
Error: no symmetry related atom found! (findtr)
... Calling mpi_abort ...
Errors from parallel task 7:
Error: no symmetry related atom found! (findtr)
Error: no symmetry related atom found! (findtr)
... Calling mpi_abort ...
Errors from parallel task 8:
Error: no symmetry related atom found! (findtr)
Error: no symmetry related atom found! (findtr)
... Calling mpi_abort ...
Errors from parallel task 9:
Error: no symmetry related atom found! (findtr)
Error: no symmetry related atom found! (findtr)
... Calling mpi_abort ...
Errors from parallel task 10:
Error: no symmetry related atom found! (findtr)
Error: no symmetry related atom found! (findtr)
... Calling mpi_abort ...
Errors from parallel task 11:
Error: no symmetry related atom found! (findtr)
Error: no symmetry related atom found! (findtr)
... Calling mpi_abort ...
Errors from parallel task 12:
Error: no symmetry related atom found! (findtr)
Error: no symmetry related atom found! (findtr)
... Calling mpi_abort ...

DMol3.pl message: DMol3 job finished in 14 hr 8 min 33 sec.

sobereva

不清楚。孤立体系我从来不用Dmol3，又贵功能又弱爆