范德瓦尔斯团簇Ne_dimer的基态势能曲线

zhangpengju · 发表于 Post on 2018-1-5 17:51:11

nedimer.txt (91 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 11)

请大家帮我看看这是怎么了
sob老师提供的最新文献关于Nedimer的，加入色散矫正-D3,遗憾的是我没有E以上的版本，所以暂时弄不了。
但是不至于连最小值都还原不出来吧，且我用这个方法和基组优化的结构是没问题的，优化结果3.11，实验结果3.09.

请大神指点迷津。
谢过。

ggdh · 发表于 Post on 2018-1-5 21:33:45

横坐标从2.9 或者3.0开始就好
纵坐标改成相对能量单位改成KJ/mol

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2018-1-5 21:40:39

本帖最后由 liyuanhe211 于 2018-1-5 21:41 编辑

你觉得图哪儿有问题？以及不能仅凭键长差不多就说级别没问题

yflchx · 发表于 Post on 2018-1-5 23:25:02

本帖最后由 yflchx 于 2018-1-5 23:28 编辑

像这种色散主导的体系，B3LYP无能为力。

看曲线这么平坦，优化出个结果也算正常。

也许有人试图重新优化B3LYP的参数来做非共价相互作用（原理上是说不通的），问题会有两个：
1. 适合氢键体系的系数肯定不适合色散主导的相互作用体系。
2. 针对色散主导的体系优化参数，最终的平均误差大概会在0.5-0.7 kcal/mol左右，然后再也下不去了。

如果做类似的事，写文章投稿会遇到很大的阻力。即便是发出来也很可能被comment。

zhangpengju · 发表于 Post on 2018-1-6 00:49:35

yflchx 发表于 2018-1-5 23:25
像这种色散主导的体系，B3LYP无能为力。

看曲线这么平坦，优化出个结果也算正常。

你好，能给点建议，算一下么，我看文献上加入了矫正，貌似还不错

agent99 · 发表于 Post on 2018-1-6 02:38:04

这种体系的能量极小点应该很浅，你把曲线在极小点附近放大试试。
另外，B3LYP不加色散校正的话对这种很弱的范德华作用很可能无法描述。高斯版本旧没有色散校正的话，M06-2X总有吧？那个至少对弱相互作用描述好一些。

sobereva · 发表于 Post on 2018-1-6 06:49:20

B3LYP对这种体系根本没有极小点，即便你说的优化结果发现和实验差不多，那也只是数值巧合，因为受力已经非常小了就当成优化收敛了，而不是因为B3LYP下极小点就在那里

算这个体系要拿来发表起码CCSD(T)

就算用DFT，D3校正在你的版本里不支持，起码也得用诸如wB97XD、M06-2X这样能描述色散作用的

算弱相互作用基本常识知识看
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83

这篇文章专门是理论研究稀有气体二聚体的，你一定要看看：DOI 10.1002/qua.25358

zhangpengju · 发表于 Post on 2018-1-8 09:17:35

sobereva 发表于 2018-1-6 06:49
B3LYP对这种体系根本没有极小点，即便你说的优化结果发现和实验差不多，那也只是数值巧合，因为受力已经非 ...

谢谢sob老师，我研究一下。

zhangpengju · 发表于 Post on 2018-1-8 09:18:11

agent99 发表于 2018-1-6 02:38
这种体系的能量极小点应该很浅，你把曲线在极小点附近放大试试。
另外，B3LYP不加色散校正的话对这种很弱 ...

谢谢啦，我试试

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