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[Gaussian/gview] 将Gaussian的IRC任务输出转换为.xyz轨迹文件的工具:GauIRC2xyz

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将Gaussian的IRC任务输出转换为.xyz轨迹文件的工具:GauIRC2xyz
GauIRC2xyz: A tool to convert output file of IRC task of Gaussian into .xyz trajectory files

文/Sobereva @北京科音
First release: 2015-Mar  Last update: 2023-Aug-17



以前有人问诸如怎么得到Gaussian产生的IRC每个点的结构、怎么得到IRC中某个几何变量的变化。于是抽空写了这个程序解决此问题。

GauIRC2xyz最新版下载地址:http://sobereva.com/soft/GauIRC2xyz_1.2.8.zip。其中带.exe后缀的是Windows版可执行文件,无后缀的是Linux下的可执行文件。

此程序用于将Gaussian的IRC任务的输出文件转换为同目录下同名的.xyz轨迹文件。启动后输入文件名即可。trimerization.out是示例输入文件,trimerization.xyz是转换出来的轨迹。

.xyz轨迹格式很简单,见《谈谈记录化学体系结构的xyz文件》(http://sobereva.com/477)。很多程序都可以支持.xyz轨迹文件,比如VMD,它使得分析IRC过程中各个变量的变化很方便。比如想看IRC中某个键长度的变化,将.xyz轨迹文件载入VMD,然后按键盘上的2,点击相应两个原子,然后进Graphics - Labels,下拉框选Bonds,选中相应的项,选 Graph标签页,点Save即可将轨迹中这两个原子间距离保存到指定的文本文件中。

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发表于 Post on 2021-1-23 18:16:05 | 只看该作者 Only view this author
卢老师,请问这个可以把Gaussian的BOMD任务输出转换为.xyz轨迹文件吗?Gv打开比较慢,谢谢!

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发表于 Post on 2021-1-23 18:31:04 | 只看该作者 Only view this author
jctyp 发表于 2021-1-23 18:16
卢老师,请问这个可以把Gaussian的BOMD任务输出转换为.xyz轨迹文件吗?Gv打开比较慢,谢谢!

已经看到http://sobereva.com/126介绍了

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发表于 Post on 2021-10-10 11:36:33 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,GauIRC2xyz 1.2.1下载地址失效了,麻烦更新下,感谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-10 12:58:42 | 只看该作者 Only view this author
xinxinup 发表于 2021-10-10 11:36
sob老师,GauIRC2xyz 1.2.1下载地址失效了,麻烦更新下,感谢

更了
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发表于 Post on 2025-5-22 09:35:46 | 只看该作者 Only view this author
不知道这个软件对于势能面扫描,是否也可以做成动画效果

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-22 10:04:54 | 只看该作者 Only view this author
fishman125 发表于 2025-5-22 09:35
不知道这个软件对于势能面扫描,是否也可以做成动画效果

VMD的moviemaker结合ffmpeg可以制作动画,也可以用oCAM之类录屏成动画
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