计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 13832|回复 Reply: 12
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[ORCA] Orca计算报错,请帮忙分析一下什么问题?

[复制链接 Copy URL]

739

帖子

0

威望

1715

eV
积分
2454

Level 5 (御坂)

本帖最后由 lao7 于 2015-3-22 11:22 编辑

250个原子的蒙脱石矿物分子,用高斯09A,b3lyp/6-31G优化计算能够通过。用高斯b3lyp/6-31G优化之后,再用orca重新计算,计算方法为:"BLYP D3 GCP(DFT/TZ) def2-TZVP def2-TZVP/J Opt Freq", 进行优化和频率分析,报错为:“cannot find the xc-energy file” (详见附件截图)。请问是什么造成这样的问题?如何解决?谢谢!




答案:问题已经解决。还是结构不合理造成。尽管用高斯b3lyp/6-31G优化了,但用orca进行这类计算出错。可能原因是高斯b3lyp/6-31G没有考虑色散作用力,只考虑离子间作用,可能导致结构优化过度。解决办法是:建立的初始结构进行高斯b3lyp/3-21G这样的低级方式,进行初步优化,然后再进行orca高级优化和频率分析,目前一切运行正常。

WP.jpg (890.75 KB, 下载次数 Times of downloads: 58)

Orca报错信息

Orca报错信息

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120081

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2015-3-20 00:16:02 | 只看该作者 Only view this author
哪个ORCA版本?
串行运行正常否?
同样的设置小体系运行正常否?
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

739

帖子

0

威望

1715

eV
积分
2454

Level 5 (御坂)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-3-20 09:48:34 | 只看该作者 Only view this author

文件权限

本帖最后由 lao7 于 2015-3-20 10:04 编辑

orca 3.0.3版本。串行运行没有测试,但之前同样原子构成的小体系,并行没有问题。不知道咋回事。文件权限附件见下图(orca303就是目标orca所在的文件夹):

WP.jpg (725.16 KB, 下载次数 Times of downloads: 64)

WP.jpg

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120081

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2015-3-20 11:57:39 | 只看该作者 Only view this author
文献目录不好看出什么。先尝试串行吧。多试试才能找出原因。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

739

帖子

0

威望

1715

eV
积分
2454

Level 5 (御坂)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-3-20 13:37:44 | 只看该作者 Only view this author
好 找出问题 再展示一下解决方法。

51

帖子

0

威望

1267

eV
积分
1318

Level 4 (黑子)

6#
发表于 Post on 2015-3-21 22:57:31 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 amani73986 于 2015-3-21 23:09 编辑
lao7 发表于 2015-3-20 13:37
好 找出问题 再展示一下解决方法。

请问你找到解决方案了么...我遇到了一模一样的问题...不知道你的情况是不是和我近似,SCF的时候能量一直波动,直到超过了125圈,然后开始算梯度( ORCA SCF GRADIENT CALCULATION),算到交换-相关梯度的时候就报错了。

739

帖子

0

威望

1715

eV
积分
2454

Level 5 (御坂)

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-3-22 11:17:17 | 只看该作者 Only view this author
amani73986 发表于 2015-3-21 22:57
请问你找到解决方案了么...我遇到了一模一样的问题...不知道你的情况是不是和我近似,SCF的时候能量一直 ...

你这种情况我遇到过,初始结构不合理,在高斯中可以加大迭代次数。但在orca中这些命令似乎不管用,仍旧出错。最好的方法是:建立好初始结构,动力学稍微变动一下(不要搞的结构面目全非),接着再通过b3lyp/3-21g opt优化之后,再用orca里面高级的方法算。如果直接用orca高级方法计算,或者是甚至高斯b3lyp/6-31G opt之后,再用orca进行类似等级的计算,都会遇到这样的问题,不知道咋回事。软件脾性需要经验解决。

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +3 收起 理由
Reason
amani73986 + 3 谢谢

查看全部评分 View all ratings

51

帖子

0

威望

1267

eV
积分
1318

Level 4 (黑子)

8#
发表于 Post on 2015-3-22 11:20:57 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 amani73986 于 2015-3-22 11:22 编辑
lao7 发表于 2015-3-22 11:17
你这种情况我遇到过,初始结构不合理,在高斯中可以加大迭代次数。但在orca中这些命令似乎不管用,仍旧出 ...

我这个的初始结构是在MOPAC2012里面用PM7优化过的,一共五个,只有一个计算成功了,其余4个都是这问题...另外还有五个相近构型,都算完了,SCF过程没问题。也是醉了,我把SCF的标准变成tightscf,积分格点grid再试试。谢谢不行再用gaussian吧,来回倒来倒去很折腾....详细的问题陈述在这个帖子里面有http://bbs.keinsci.com/forum.php ... &page=1#pid5257

739

帖子

0

威望

1715

eV
积分
2454

Level 5 (御坂)

9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-3-22 11:29:05 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lao7 于 2015-3-22 11:34 编辑
amani73986 发表于 2015-3-22 11:20
我这个的初始结构是在MOPAC2012里面用PM7优化过的,一共五个,只有一个计算成功了,其余4个都是这问题... ...

我觉得你还是半经验pm7之后,再用b3lyp/3-21g,再接着高等级运算试试。我以前也碰到过你这样的问题。先用pm6搞了一下,发现有些能算,有些不能算。不能算的重新改变初始构型,再用pm6优化,再算的。最终都通过了。当然如果体系小,不需要用b3lyp/3-21g了。你就反复改变初始构型,经验优化后,再试试吧。这里面没有严格的步骤,但归根到底要把初始结构搞合理。

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +2 收起 理由
Reason
amani73986 + 2

查看全部评分 View all ratings

739

帖子

0

威望

1715

eV
积分
2454

Level 5 (御坂)

10#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-3-22 11:32:21 | 只看该作者 Only view this author
碰到过那个问题。加大迭代次数都不行,最终还是改变初始结构。来回折腾确实很麻烦。搞计算一点也不比做实验室工作快。

51

帖子

0

威望

1267

eV
积分
1318

Level 4 (黑子)

11#
发表于 Post on 2015-3-22 11:34:03 | 只看该作者 Only view this author
lao7 发表于 2015-3-22 11:29
我觉得你还是半经验pm7之后,再用b3lyp/3-21g,再接着高等级运算试试。我以前也碰到过你这样的问题。先用 ...

太感谢了!!我的这个构型吧比较eggache,两个分子之间主要是弱相互作用,用高斯OPT的话,我只有A版本,就只能用M062X试试做优化了,谢谢你的帮助!

739

帖子

0

威望

1715

eV
积分
2454

Level 5 (御坂)

12#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-3-22 11:35:33 | 只看该作者 Only view this author
amani73986 发表于 2015-3-22 11:34
太感谢了!!我的这个构型吧比较eggache,两个分子之间主要是弱相互作用,用高斯OPT的话,我只有A版本, ...

我也只有A版本,D版本我装不上。反复试试,知道问题出在哪里就好解决了。

51

帖子

0

威望

1267

eV
积分
1318

Level 4 (黑子)

13#
发表于 Post on 2015-3-22 11:36:59 | 只看该作者 Only view this author
lao7 发表于 2015-3-22 11:35
我也只有A版本,D版本我装不上。反复试试,知道问题出在哪里就好解决了。

嗯嗯,知道是初始结构的问题就好说了,大不了就多折腾几次..忍忍。谢谢

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-13 05:20 , Processed in 0.159487 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list