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[综合交流] 请教搜索两个反应物分子形成结合物构型的方法

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楼主
在计算2个分子的反应路径中,我们通常是将两个相互作用的分子在GaussView 里摆放到一定的位置(反应位点靠近)进行优化计算来找到结合物的构型,是不是可以用一些程序或方法(例如MD)搜索所有可能的结合物构型?或者反应物分子相互靠近和最终形成化合物的轨迹?


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2#
发表于 Post on 2015-3-25 02:26:56 | 只看该作者 Only view this author
获得所有可能的复合物构型其实就类似于分子团簇构型搜索,可以参考此贴的做法:使用molclus程序做分子团簇构型搜索和分子构象搜索 (http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577

若要获得轨迹,可以将两个分子摆成相距一定距离,然后让二者相向运动,跑N次动力学,每次让这两个分子的相对朝向都随机选取。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-3-25 08:51:08 | 只看该作者 Only view this author
好的,非常感谢!

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