二氧化碳-水参数修改问题

汀紫墨 · 发表于 Post on 2018-3-22 17:43:39

求助：看到篇文献中水选用TIP4P/ICE，二氧化碳选用TraPPE,文献中关于修改参数的话，实际该怎么操作呢？在top文件中添加么？望各位指导

汀紫墨 · 发表于 Post on 2018-4-4 16:27:10

自顶下，描述的再清楚点，继续咨询大神们

。关于gromacs中不同分子之间作用力参数，如二氧化碳和水的体系，本人理解的是（可能理解错了）：TOP文件中仅是单独书写二氧化碳和水的原子键角等参数，那么二氧化碳和水之间的作用力由什么参数体现？由不同组合规则（如Lorentz-Berthelot）表现的么？那组合规则是在选用力场时就已经确定下来了。那如我上面截图文献中，添加修正因子X来修改二氧化碳-水氧原子间ξ，这一操作怎么实现？

sobereva · 发表于 Post on 2018-4-4 17:56:21

自己在力场拓扑文件里添加对应的[ nonbond_params ] 项就可以实现

LWM · 发表于 Post on 2023-7-12 15:42:48

汀紫墨发表于 2018-4-4 16:27
自顶下，描述的再清楚点，继续咨询大神们。关于gromacs中不同分子之间作用力参数，如 ...

楼主你好，我最近也在做CO2-H2O两相体系的模拟，想问下你有没有遇到CO2抱团的情况

sdf · 发表于 Post on 前天 20:51

LWM 发表于 2023-7-12 15:42
楼主你好，我最近也在做CO2-H2O两相体系的模拟，想问下你有没有遇到CO2抱团的情况

楼主，你好，我最近也是在做类似的包括气体的三相模拟。有几个问题想咨询一下你：
1. 请问气体分子参数选择的是那个？是TraPPE力场中的参数吗？看到论坛sob老师说这个是最合适的
2.模型构建中水分子参数用的是那个力场中的呀，方便提供一下你的top文件学习一下吗？

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[GROMACS] 二氧化碳-水参数修改问题