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楼主 Author: cottondog
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[Gaussian/gview] 金球表面含有多苯环的π-π作用和氢键的体系的建模问题

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发表于 Post on 2018-4-11 19:21:50 | 只看该作者 Only view this author
cottondog 发表于 2018-4-11 09:52
老师,算相互作用能的时候还需要单独优化片段的结构吗,以及ORCA有像高斯Counterpoise的方法吗?gCP可以 ...

看你计算相互作用能的目的。理论研究相互作用能一般不优化片段,但要和实验现象对比需要优化。

ORCA没有直接的counterpoise关键词,得自己通过鬼原子实现

gCP对能量的贡献会直接输出出来
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-17 16:45:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-11 19:21
看你计算相互作用能的目的。理论研究相互作用能一般不优化片段,但要和实验现象对比需要优化。

ORCA没 ...

非常感谢老师的耐心解答,下面又有问题了。
做范德华表面穿透程度图的时候,可以屏蔽掉周围影响观察的点吗,比如做个盒子?怎么操作比较合适
谢谢老师!

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发表于 Post on 2018-4-18 03:45:14 | 只看该作者 Only view this author
cottondog 发表于 2018-4-17 16:45
非常感谢老师的耐心解答,下面又有问题了。
做范德华表面穿透程度图的时候,可以屏蔽掉周围影响观察的点 ...

熟悉ps的话可以直接ps掉,不难
或者在VMD里恰当使用选择语句,通过几何关系只让感兴趣的点显示
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-20 11:13:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-18 03:45
熟悉ps的话可以直接ps掉,不难
或者在VMD里恰当使用选择语句,通过几何关系只让感兴趣的点显示

老师,我想用范德华表面的静电势图来说明J处的弱相互作用的原因,但是从k处看出,一个带比较强的正电,一个很弱的正电都是红色的为什么会有相互穿透 呢。如果不是因为静电吸引,可能是色散力导致的?那么如何来说明呢,谢谢老师

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发表于 Post on 2018-4-20 11:50:45 | 只看该作者 Only view this author
cottondog 发表于 2018-4-20 11:13
老师,我想用范德华表面的静电势图来说明J处的弱相互作用的原因,但是从k处看出,一个带比较强的正电,一 ...


这种一看就不是静电吸引但又离得比较近的地方肯定是色散作用维持的
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sobereva 发表于 2018-4-20 11:50
这种一看就不是静电吸引但又离得比较近的地方肯定是色散作用维持的

那表现色散作用可以放个啥图?

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发表于 Post on 2018-4-20 11:58:46 | 只看该作者 Only view this author
cottondog 发表于 2018-4-20 11:57
那表现色散作用可以放个啥图?

填色IGM或RDG图,一看颜色就足矣说明
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sobereva 发表于 2018-4-20 11:58
填色IGM或RDG图,一看颜色就足矣说明

老师 IGM填色图里红黄蓝绿都代表什么?

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发表于 Post on 2018-4-21 07:48:50 | 只看该作者 Only view this author
cottondog 发表于 2018-4-20 12:12
老师 IGM填色图里红黄蓝绿都代表什么?

和RDG一样
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