关于genmer建立的团簇结构提问

见见 · 发表于 Post on 2018-4-7 13:35:46

genmer：生成团簇初始构型的超便捷工具
博文提到用genmor生成团簇初始构型，再运行molclus调用高斯等程序去优化体系的每个结构，请问这样得到的优化体系和自己每加一个分子结构优化一次得到的体系结构有什么区别吗？会影响后续研究分子间的相互作用吗？

sobereva · 发表于 Post on 2018-4-7 18:20:42

每次优化仅仅是优化到与初始结构最接近的极小点，不是随便摆一个多聚体结构高斯一优化就优化到了最稳定结构。所以必须尽可能多地考虑各种可能的初始结构，才能有一定概率最终有一个优化到最稳定结构。
你自己不可能手动摆出那么多可能的结构，往往得要考虑几十、几百种初始结构，自己摆累死，还考虑不周全。

见见 · 发表于 Post on 2018-4-8 20:14:57

谢谢老师的回答。还有一两个问题是，
1.预先如何设定的团簇构型数目？这是估计的值吗？比如说根据手动摆结构，定性认为几个A可以和几个B分子形成团簇？
2. 使用genmor、moclus程序同时也会用到MOPAC，MOPAC官网说对于学术者是免费的，我留了电子邮件和学校名，然后就能免费得到license和password了吗？

sobereva · 发表于 Post on 2018-4-9 02:41:40

见见发表于 2018-4-8 20:14
谢谢老师的回答。还有一两个问题是，
1.预先如何设定的团簇构型数目？这是估计的值吗？比如说根据手动摆结 ...

1 根据体系大小、体系特点等估计
越大的团簇，通常需要令genmer产生越多的初始结构才有较大把握优化到全局最小点

2 是
genmer和molclus你都拼错了

见见 · 发表于 Post on 2018-4-9 08:09:16

genmer molclus谢谢老师提醒。

见见 · 发表于 Post on 2018-4-9 14:36:58

老师，我按照博文设定了20种由6个水分子构成的团簇初始构型时，
1、最后用molclus调用MOPAC却只得到了17种构型？
2、将最后得到的cluster.xyz拖到VMD，为啥我只看到一种构型呢？我用文本编辑器查看该文件，是显示17种构型的信息没错呀。

sobereva · 发表于 Post on 2018-4-9 18:40:34

见见发表于 2018-4-9 14:36
老师，我按照博文设定了20种由6个水分子构成的团簇初始构型时，
1、最后用molclus调用MOPAC却只得到了17种 ...

1 最终isostat晒出来的构型数比一开始的traj.xyz里的少，说明有些初始结构最终优化出的结构高度相同，因此isostat把重复的给去掉了。也有可能个别在优化时没收敛（molclus运行过程中会明确提示），被molclus跳过去了

2 就是17种构型，你一拉动VMD下方的滑条就看到了

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