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楼主 Author: 阳光下的尘
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[Material Studio] 分子动力学模拟为什么会有先NVT后NVE?

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发表于 Post on 2022-5-7 09:54:38 | 只看该作者 Only view this author
张张包 发表于 2022-5-6 22:39
老师您好,请问对于密度未知的聚合物体系,是否先通过退火(NPT)找到能量最低的构象,再充分进行NPT的平 ...

这种体系找能量最低构象没有意义
有意义的是通过退火让体系相较于常规MD显著更快地达到平衡状态,从而之后能做平衡相计算收集数据
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-5-7 14:36:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-7 09:54
这种体系找能量最低构象没有意义
有意义的是通过退火让体系相较于常规MD显著更快地达到平衡状态,从而之 ...

谢谢老师回复。另外想请教:对这个体系直接NPT发现密度上升,若通过退火加速体系平衡,优先选择NPT系综而非NVT,能否理解成NVT下体积不变,密度增加,体系会出现空洞或孔隙,结构并不趋于合理,对体系的弛豫并无促进作用?

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发表于 Post on 2022-5-7 15:51:41 | 只看该作者 Only view this author
张张包 发表于 2022-5-7 14:36
谢谢老师回复。另外想请教:对这个体系直接NPT发现密度上升,若通过退火加速体系平衡,优先选择NPT系综而 ...

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-5-16 20:45:46 | 只看该作者 Only view this author
得到哈密顿量和电子结构相关的信息用NVT之后的NVE统计更准确。

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发表于 Post on 2024-6-24 14:55:43 | 只看该作者 Only view this author
张张包 发表于 2022-5-6 22:39
老师您好,请问对于密度未知的聚合物体系,是否先通过退火(NPT)找到能量最低的构象,再充分进行NPT的平 ...

请问您解决了吗?

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发表于 Post on 2025-6-30 15:36:01 | 只看该作者 Only view this author
vayne 发表于 2020-6-11 09:09
你好,请问NVE体系温度一直上升的问题你最后是如何解决的?我也遇见这个情况,但我跑NVE前用的是NVT控温 ...

您好,我在计算热导率的时候,NPT之后进行NVE也出现了温度逐渐升高,导致最后计算热导率的时候报错,这个问题您有解决吗?

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发表于 Post on 2025-6-30 19:56:55 | 只看该作者 Only view this author
vayne 发表于 2020-6-11 19:10
您好,谢谢您的回复,我才发现楼主用的是MS软件。我是采用lammps软件通过MP法计算石墨烯热导率,所以不是 ...

您好我在计算热导率中也遇到了和您一样的问题,想问一下NVE体系温度一直上升的问题您最后是如何解决的

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