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[其它程序] 基于TINKER程序MD模拟计算出的pressure值讨论

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楼主
使用TINKER程序对一个中性体系ala10在NPT系综下进行10ns的气相MD模拟,温度设为298k,压强设为1atm。从计算出的结果可以看出,温度基本可以保持在298k附近上下波动变化,但是输出的压强值并不是在1atm左右变化,而是呈现正负几十甚至是几百波动(文件已上传,由于文件太大,删除中间的输出细节内容),请问这是什么原因?

dump-npt

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发表于 Post on 2018-4-19 01:05:55 | 只看该作者 Only view this author
NPT 模拟压强波动几百bar是正常的
http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Pressure

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发表于 Post on 2018-4-19 05:19:19 | 只看该作者 Only view this author
很正常。凝聚相体系的可压缩率非常低,盒子一丁点的变化都会造成压力非常大的波动,而且体系里原子数越少波动会越明显。只要对压力曲线做平均化,平均曲线和自己设的相差不是很远就可以。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-19 08:55:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-19 05:19
很正常。凝聚相体系的可压缩率非常低,盒子一丁点的变化都会造成压力非常大的波动,而且体系里原子数越少波 ...

凝聚相是这样,但是模拟在气相条件下也出现很大的波动,这也是正常的吗

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发表于 Post on 2018-4-20 03:15:41 | 只看该作者 Only view this author
体系就是个小肽?这怎么控压?
气相下都没必要用盒子
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-20 08:33:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-20 03:15
体系就是个小肽?这怎么控压?
气相下都没必要用盒子

对 是个小肽。那老师您意思是说气相做NPT系综是没有意义的吗

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发表于 Post on 2018-4-20 08:42:25 | 只看该作者 Only view this author
jackie 发表于 2018-4-20 08:33
对 是个小肽。那老师您意思是说气相做NPT系综是没有意义的吗

没意义
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-20 09:35:06 | 只看该作者 Only view this author

那如果针对小肽分子在气相中进行MD模拟 使用什么条件得出结果才算有意义?关于气相中做MD模拟老师您有没有什么参考文献呢?

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发表于 Post on 2018-4-20 11:51:30 | 只看该作者 Only view this author
jackie 发表于 2018-4-20 09:35
那如果针对小肽分子在气相中进行MD模拟 使用什么条件得出结果才算有意义?关于气相中做MD模拟老师您有没 ...


就设个控温就够了。控压和盒子都没必要
不需要引用任何文献
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-20 14:31:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-20 11:51
就设个控温就够了。控压和盒子都没必要
不需要引用任何文献

好的 谢谢你sob老师

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