蛋白质动力学模拟后体积变化

chuxuezhe

各位老师好，
使用Gromacs模拟蛋白质后，发现蛋白质体积发生了变化。目前只知道转动半径这一个指标，如果想精确分析蛋白质在x，y，z轴方向上的变化，诸如Voronoi volumes，或者van der Waals体积计算，只能找到描述的算法，找不到可以具体实施的软件。请问，有没有具体可以使用的软件？
谢谢

sobereva

对于“分析蛋白质在x，y，z轴方向上的变化”，并不适用“Voronoi volumes，或者van der Waals体积计算”
回转半径是最简单直接的分析方法
你也可以自写VMD脚本，计算x,y,z方向上原子最大坐标和最小坐标的差值随时间的变化

chuxuezhe

谢谢Sob老师，请问您，如果只是做Voronoi volumes，van der Waals体积计算，应该用什么程序实现呢，谢谢您。