关于graphene的top文件的问题

虔诚的人 · 发表于 Post on 2018-4-27 20:55:08

sob老师，您好！我看过您写的关于生成“碳纳米管”top文件的文章，同样可以用在石墨烯上。
使用Gromacs模拟碳纳米管的一个简单例子http://bbs.keinsci.com/thread-454-1-1.html Amber与Gromacs读入碳纳米管的方法[url]http://sobereva.com/39[/url]
我用VMD生成5*5 nm2的石墨烯，用gmx x2top -f gra5.pdb -o gra5.top -name graphene -ff select -nopbc（使用默认的参数）
生成的top文件有点不解，请您指教：
1. bonds、angles会出现离平衡位置小一点的参数，会不会影响模拟过程？（我关了pbc的）（听做模拟的朋友说，如果freeze了石墨烯，它的键长键角等参数就无关紧要了，但我的石墨烯不会被freeze的）
2. dihedrals出现180°和360是怎么回事？（用vmd导出的石墨烯，我没有修改里面的参数）
3. x2top不会生成“impropers dihedrals”，石墨烯有不当的二面角吗？（我看到文献也没提）

谢谢sob老师！

sobereva · 发表于 Post on 2018-4-27 21:18:35

不用在意那么多，just try，能跑起来就行了，就说明合理性了。平衡坐标那么点差异无所谓，光靠dihedral足够维持石墨烯形态了。

虔诚的人 · 发表于 Post on 2018-4-28 08:45:21

sobereva 发表于 2018-4-27 21:18
不用在意那么多，just try，能跑起来就行了，就说明合理性了。平衡坐标那么点差异无所谓，光靠dihedral足够 ...

嗯嗯，谢谢sob老师。我还是不明白为什么会生成360° 和180°两种二面角，我认为都应该是180°或者0°（360°）

sobereva · 发表于 Post on 2018-4-28 10:33:44

虔诚的人发表于 2018-4-28 08:45
嗯嗯，谢谢sob老师。我还是不明白为什么会生成360° 和180°两种二面角，我认为都应该是180°或者0°（36 ...

看二面角涉及的原子序号，以及二面角的角度记录规则，就能明白

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