电场作用下的pmf曲线问题

shizizuo · 发表于 Post on 2018-5-3 09:39:14

请问用ABF的方法做电场作用下离子的pmf曲线，我做出来的曲线如下，请问是否正确？

fhh2626 · 发表于 Post on 2018-5-3 10:49:26

你做的是啥也不清楚，怎么配置的也不清楚，就给一条线谁能看出来对错啊。。。

shizizuo · 发表于 Post on 2018-5-3 22:22:25

我做的是锂和钠混合液，在其中选择一个锂离子用ABF跑窗口的方法做的pmf曲线。加了0.23036kcal mol-1 A e-1的匀强电场。麻烦帮我看一下。谢谢

fhh2626 · 发表于 Post on 2018-5-4 11:48:23

shizizuo 发表于 2018-5-3 22:22
我做的是锂和钠混合液，在其中选择一个锂离子用ABF跑窗口的方法做的pmf曲线。加了0.23036kcal mol-1 A e-1 ...

如果是在均匀溶液中的离子移动的话，那显然不应该有这么多噪声

shizizuo · 发表于 Post on 2018-5-4 14:31:16

谢谢您的回复。我想请问一下，不加电场的话，左右两边关于原点对称的，但是加电场之后，就是这个样子。斜率代表的是啥意思呢？

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[NAMD] 电场作用下的pmf曲线问题