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[Multiwfn使用咨询] 关于Multiwfn的拓扑分析结果在VMD的显示问题

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sob老师,请问这种图是怎么做出来的?是先在Multiwfn中做完拓扑分析后,进入主功能100,然后选2,选1,将体系的pdb导出,然后倒入VMD,选择CPK,可是怎么显示出两分子之间的相互作用键径啊?还有怎么把临界点显示出来啊?我做出来的只显示了两个分子,但他们之间的相互作用路径和临界不知道怎么显示,实在是搞不懂VMD。还请老师帮忙解答困惑~

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发表于 Post on 2018-5-7 22:20:21 | 只看该作者 Only view this author

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-7 22:30:55 | 只看该作者 Only view this author
我本是个娃娃 发表于 2018-5-7 22:20
http://sobereva.com/207
读此文

您好,我已经看过了,只是不明白如何显示出键径?按照方法做了,将path.pdb文件拖入VMD后,确定已选中此文件,我觉得设置的应该没错,可还是没有显示出路径来您知道是怎么回事吗?

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发表于 Post on 2018-5-7 22:50:02 | 只看该作者 Only view this author
新手囧囧 发表于 2018-5-7 22:30
您好,我已经看过了,只是不明白如何显示出键径?按照方法做了,将path.pdb文件拖入VMD后,确定已选中此 ...

键径如果使用point方式显示不出来,可以用CPK方式显示,把CPK的键半径缩小至0,原子半径缩小到1即可

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发表于 Post on 2018-5-8 00:49:38 | 只看该作者 Only view this author
严格、精确按照《Multiwfn结合VMD绘制AIM拓扑分析图》http://sobereva.com/207博文所述设置:

我们也可以改用VDW球方式显示键径的每个点,这样键径更有质感。具体来说,在显示键径的那个Rep里把Drawing Method改为VDW,然后把界面中Sphere Scale选项修改得很小。但是会发现,最小也只能设为0.1,但此时键径显得还是太粗。为了设得更小,我们需要利用命令行。为了获取对应的命令行指令,我们选File - Log Tcl Commands to Console,然后随便修改一下Sphere Scale,文本窗口会出现比如mol modstyle 0 0 VDW 0.200000 12.000000。其中的0.2对应当前的Sphere Scale,将之改为较小的值,然后把命令粘贴到文本窗口里,比如用mol modstyle 0 0 VDW 0.02 12.000000,则显示键径的那个Rep对应的效果就是这样了:

不在现场,有些太“显而易见”的东西没法通过文字描述清楚。无非就那么几个按钮、选项,试试立马就清楚了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-13 17:37:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-8 00:49
严格、精确按照《Multiwfn结合VMD绘制AIM拓扑分析图》http://sobereva.com/207博文所述设置:

sob老师,您看我用VMD做出来的图,后边的原子不如前边的原子看的清楚,但是转一下分子,又有其他原子不清楚了,但是您做出来的上面那个图形就不会出现这种情况,所有的原子都很清楚,请问您是怎么怎么设置的啊?

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发表于 Post on 2018-5-13 19:48:37 | 只看该作者 Only view this author
新手囧囧 发表于 2018-5-13 17:37
sob老师,您看我用VMD做出来的图,后边的原子不如前边的原子看的清楚,但是转一下分子,又有其他原子不清 ...

关掉depth cueing,这里提了
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-13 20:45:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-13 19:48
关掉depth cueing,这里提了
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291

谢谢老师~~

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发表于 Post on 2019-5-24 21:32:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-13 19:48
关掉depth cueing,这里提了
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291

老师您好,我使用VMD作图之后一直显示有环临界点和笼临界点,如何去掉这个它们,只显示键临界点呢?

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发表于 Post on 2019-5-25 03:01:01 | 只看该作者 Only view this author
Clara 发表于 2019-5-24 21:32
老师您好,我使用VMD作图之后一直显示有环临界点和笼临界点,如何去掉这个它们,只显示键临界点呢?

在此文文末专门添加了说明
使用Multiwfn+VMD快速地绘制高质量AIM拓扑分析图(含视频演示)
http://sobereva.com/445http://bbs.keinsci.com/thread-11079-1-1.html


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发表于 Post on 2019-5-25 15:58:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-25 03:01
在此文文末专门添加了说明
使用Multiwfn+VMD快速地绘制高质量AIM拓扑分析图(含视频演示)
http://sobe ...

好的,谢谢老师,还有一个问题是是否可以直接使用multiwfn直接把图片中红圈中绿色的键取消显示呢?麻烦老师解答一下

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发表于 Post on 2019-5-26 04:39:12 | 只看该作者 Only view this author
Clara 发表于 2019-5-25 15:58
好的,谢谢老师,还有一个问题是是否可以直接使用multiwfn直接把图片中红圈中绿色的键取消显示呢?麻烦老 ...

那个不是键,估计是你选择了产生(3,+1)和(3,+3)拓扑路径所致。可以进入-5 Modify or print detail or export paths, or plot property along a path选项自行删掉相应的路径
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