计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1348|回复 Reply: 6
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[ORCA] ORCA的iterativeOptimization使用疑问

[复制链接 Copy URL]

114

帖子

0

威望

1034

eV
积分
1148

Level 4 (黑子)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
本帖最后由 ljc050512 于 2023-10-29 23:34 编辑

各位老师好,我在使用orca5.0.3的iterativeOptimization功能时候遇到了问题:我把iterativeOptimization.cmp放到和输入文件一起的目录下;输入文件如下所示,对iterativeOptimization.cmp进行调用;
%maxcore  5000
%pal nprocs  40 end
* xyzfile   0   1 1.xyz
%compound "iterativeOptimization.cmp"
end

我的初始结构文件是1.xyz
【运算时候发现,在优化完得到具有一个小虚频的结构之后,程序并没有继续尝试消除虚频。】
在out文件的末尾是给出了一个警告“Warning: Variable with the name MODES is not a 2D-Array but a second arrayIndex is passed”
后台查看显示,orca还在运行,但是显示只有一个核在运行,也并没有对输出文件有什么改变。
想请各位老师看看我这个文件哪里出错了。
附件是我进行测试的所有计算文件。

03.rar

4.8 MB, 下载次数 Times of downloads: 38

计算涉及的文件

orca-example.rar

182.93 KB, 下载次数 Times of downloads: 33

orca自带的算例

1万

帖子

0

威望

9867

eV
积分
22107

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2023-10-29 22:46:04 | 只看该作者 Only view this author
同一台机子跑orca说明书里的算例能跑通吗?
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

114

帖子

0

威望

1034

eV
积分
1148

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-29 23:25:58 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 ljc050512 于 2023-10-30 07:53 编辑
wzkchem5 发表于 2023-10-29 22:46
同一台机子跑orca说明书里的算例能跑通吗?

老师好,我试了一下ORCACompoundMethods文件夹里自带的runIterativeOptimization.inp,搭配自带的iterativeOptimization.cmp,在相同的机器上跑了一下,发现报错。相关计算文件已经压缩上传到了这个帖子的附件。
这是输入文件
%maxcore  5000
%pal nprocs  40 end
* int -1 1
C  0  0  0  0.00    0.0    0.0
F  1  0  0  1.60    0.0    0.0
H  1  2  0  1.09   90.0    0.0
H  1  3  2  1.09  120.0   90.0
H  1  4  3  1.09  120.0  180.0
F  1  2  4  1.60  180.0  180.0
*

%compound "iterativeOptimization.cmp"

这是输出文件末尾,报错信息如下:
Analytical frequency calculation...        4.612 sec (=   0.077 min)  20.2 %
Warning: Variable with the name MODES is not a 2D-Array but a second arrayIndex is passed
MatchNewGeometry: Error, Expected '('
    Instead found =
[file orca_compound/compound_parser_match_geom.cpp, line 94]:             Wrong syntax in the definition of a new geometry

我在另一台机器上用win版的orca跑了一下runIterativeOptimization.inp,也是同样的报错信息。

1万

帖子

0

威望

9867

eV
积分
22107

Level 6 (一方通行)

4#
发表于 Post on 2023-10-31 23:48:32 | 只看该作者 Only view this author
ljc050512 发表于 2023-10-29 16:25
老师好,我试了一下ORCACompoundMethods文件夹里自带的runIterativeOptimization.inp,搭配自带的iterati ...

可以在orca论坛compound script板块(https://orcaforum.kofo.mpg.de/viewforum.php?f=55)搜一下相关报错
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

114

帖子

0

威望

1034

eV
积分
1148

Level 4 (黑子)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-1 17:11:13 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-10-31 23:48
可以在orca论坛compound script板块(https://orcaforum.kofo.mpg.de/viewforum.php?f=55)搜一下相关报 ...

好的,谢谢老师!

8

帖子

0

威望

87

eV
积分
95

Level 2 能力者

6#
发表于 Post on 2025-1-23 14:56:01 | 只看该作者 Only view this author
你好,楼主,我用orca5.0版本的时候你也遇到过同样的问题,也是和你一样的报错信息,请问楼主解决这个问题了吗,如果解决了,请问是怎么解决的呢,方便说明一下吗,谢谢

1万

帖子

0

威望

9867

eV
积分
22107

Level 6 (一方通行)

7#
发表于 Post on 2025-1-23 16:51:31 | 只看该作者 Only view this author
userrr 发表于 2025-1-23 07:56
你好,楼主,我用orca5.0版本的时候你也遇到过同样的问题,也是和你一样的报错信息,请问楼主解决这个问题 ...

改用6.0试试
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-21 18:02 , Processed in 0.170457 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list