gaussview里载入CIF文件后，碳原子缺失怎么解决

a9471163 · 发表于 Post on 2024-5-7 00:06:43

如图，gaussview里载入CIF文件后，碳原子少了几个，导出的mol2文件也是少碳原子，无法正常使用。请教原因及解决办法，感谢~我最终要使用mol2文件。
我怀疑是CIF文件格式不标准，因此用Multiwfn载入该CIF，随后再保存为CIF，没有能够解决该问题，CIF文件已经上传。

has-problem.cif (118.52 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-5-7 04:13:42

建议和实验上测出这个CIF的人联系。如果确定是缺了碳原子，而不是因为无序导致的这种情况的话，可以自行补上碳原子，但是这样的结构必须做结构优化以后才能用

a9471163 · 发表于 Post on 2024-5-7 11:23:37

wzkchem5 发表于 2024-5-7 04:13
建议和实验上测出这个CIF的人联系。如果确定是缺了碳原子，而不是因为无序导致的这种情况的话，可以自行补 ...

这个PDB直接载入gaussview没有问题，但是用multiwfn、mercury、VESTA、MS或Avogadro转为CIF，再载入gaussview以后就缺碳原子了，同样一个CIF载入VESTA、Avogadro、mercury或者MS观看，都不缺碳原子，所以我觉得是gaussview自身bug，不知道能不能解决？
而且gaussview的缺碳原子是真缺，因为gaussview导出mol2后，mol2也缺碳原子，我尝试把CIF的碳都改成了硅，那这时候就是缺硅原子

no-problem.pdb (93.87 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-7 14:38:55

用Multiwfn载入cif后保存成gjf，再用gview打开看看缺不缺

a9471163 · 发表于 Post on 2024-5-7 16:16:57

sobereva 发表于 2024-5-7 14:38
用Multiwfn载入cif后保存成gjf，再用gview打开看看缺不缺

gjf没事的，我现在是先载入PDB，这样gaussview显示原子也没问题，但即便PDB带晶胞信息，gaussview也识别不了，只能自己在gaussview里手动添加晶胞信息，然后再更新一遍成键，让晶胞边上的成键确保正确，随后导出mol2，可以供sobtop建立拓扑

naoki · 发表于 Post on 2024-6-10 22:22:24

本帖最后由 naoki 于 2024-6-11 00:21 编辑

发现了同样的问题，最后检查出来是cif文件的问题

a9471163 · 发表于 Post on 2024-6-18 19:05:24

naoki 发表于 2024-6-10 22:22
发现了同样的问题，最后检查出来是cif文件的问题

非常感谢您的提醒，请问您是手动修改CIF吗，我用mercury，vesta或者MS等多个软件导出CIF后，都有同样的问题，不知道哪个软件导出的CIF能够没问题，如果软件导出的都有问题，怎么样手动改CIF呢

naoki · 发表于 Post on 2024-6-19 20:45:48

a9471163 发表于 2024-6-18 20:05
非常感谢您的提醒，请问您是手动修改CIF吗，我用mercury，vesta或者MS等多个软件导出CIF后，都有同样的问 ...

我的真空层太大会少原子，真空层减薄后这问题解决了，但是键数量缺失，总之还是有bug

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