求教：s1态优化后的结果翻转了应该怎么解决

youguojian · 发表于 Post on 2015-4-28 22:27:59

本帖最后由 youguojian 于 2015-4-29 14:55 编辑

下面我阐述下我的问题，请各位帮忙解决，谢谢！
   操作：在做光谱时，我需要优化S0和S1的结构  1、第一步：进行S0的优化（输出的log文件和GV显示优化后结构如图所示），com文件中有iop(2/16=2,2/17=2)对称要求命令 2、第二步：取S0的最优结构进行S1的优化（输出的log文件和GV显示优化后结构如图所示），com文件中也有iop(2/16=2,2/17=2)对称要求命令

   问题：因为是做光谱，对分子的对称性有要求，而GV显示的S0和S1的结构发生了180度的翻转，请问如果非要在iop(2/16=2,2/17=2)对称要求命令下解决这个问题，应该怎么办？

   PS：我知道在S1优化时可以加入NoSymm来降低对成型要求（不考虑对称性要求）结构不会翻转~！

blueyangliu · 发表于 Post on 2015-4-28 23:17:14

S1态和S0态的结构应该有点差别的，不知道你说的翻转是什么情况?贴出图看看呢

youguojian · 发表于 Post on 2015-4-29 09:38:22

blueyangliu 发表于 2015-4-28 23:17
S1态和S0态的结构应该有点差别的，不知道你说的翻转是什么情况?贴出图看看呢

老师，您好！非常感谢您的回复，按您的要去我从新把问题阐述了，还请您在方便的时间为我解答~~不胜感激~~

sobereva · 发表于 Post on 2015-4-29 17:37:32

既然nosymm时不翻转，和期望的一致，你就先在nosymm下优化S1，然后gview里做一下对称化成Cs，再接着优化。这样既是Cs又不翻转了。

2/17=2这个设定极不合理，对称性判断容差绝不应该设得这么松

youguojian · 发表于 Post on 2015-4-29 22:52:18

sobereva 发表于 2015-4-29 17:37
既然nosymm时不翻转，和期望的一致，你就先在nosymm下优化S1，然后gview里做一下对称化成Cs，再接着优化。 ...

Sob，您好！首先感谢您得回答

  我还有问题请教~

         一、按您的要求我按nosymm算完没有翻转，这样算出的最优结构我是不是可以直接最为S1的最优结构，再去进行频率计算呢？为什么还要在优化呢？
         如果在优化，考虑对称性的命令我应该怎么输入，是只需输入iop（2/16=2）吗？

         二、2/16=2的意思是不管优化的时候分子会变成什么样的对称性，它只会在初始输入的对称下计算，这样理解对吗？

         三、1、S0的对称性如上图所示是Cs，  2、采用nosymm对S1优化后也是Cs，图形也是一样，没有发翻转和扭转，  3、用S1的优化后的结构算频率的时候分子发生了扭转（大概30度）    这是为什么呢？因为做光谱对结构变化和对称性要求严格，所以我走不下去了，希望得到您的帮助！

      四、老师，我不理解2/17的意义，您能帮我解释下吗？实验室一直这么做，现在我怀疑我们做的一直是错的！ 2/16=2是指在原来的对称性下计算，2/17（是降价对称性要求吗）他们一起使用是不是矛盾的啊？

      五、我见小木虫里有人说，避免翻转，扭转的方法是冻结原子坐标，这是什么意思啊？怎么个冻结法？冻结了还能优化吗？频率还能计算吗？

Sob老师，请原谅我有这么多的问题，自己解决不了！期待您的帮助~~谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2015-4-29 23:29:41

youguojian 发表于 2015-4-29 22:52
Sob，您好！首先感谢您得回答  我还有问题请教~

         一、按您的要求我按nos ...

1 可以。但如果实际有对称性，nosymm下优化可能最终的构型偏离实际对称性一点点，所以对称化后再优化可以更精确一点，并且电子态、轨道的不可约表示也都能显示。2/16、2/17这些都不写

2 IOp(2/16=x) 如果优化过程中遇到点群改变怎么处理。1是继续走但关了对称性，2是继续走仍使用旧对称性，3是继续走并使用新对称性，4是停止任务。默认是3。2在实际中往往不起作用或者会导致报错。

3 频率计算不可能让结构发生变化。不明白你的意思。

4 见IOp手册。也可以查
Gaussian中有用的IOp一览
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... id=92&highlight=iop

凡是不知道有什么用的关键词、IOp，搞明白前一律不要写！！！切勿模仿别人！！！很多以讹传讹的东西就是这么来的！！！无数人的输入文件里写一大串关键词，有用的没几个，其它的要么多余、要么白费计算时间、要么导致运算报错、要么导致结果错误。

5 就是限制性优化，把二面角在优化中冻结住。不建议上来就这么做。

youguojian · 发表于 Post on 2015-4-30 08:02:48

sobereva 发表于 2015-4-29 23:29
1 可以。但如果实际有对称性，nosymm下优化可能最终的构型偏离实际对称性一点点，所以对称化后再优化可 ...

非常感谢您，Sob老师。每次得到您的答疑都会觉得很幸福，呵呵~~祝好！

学生有一事相求,是这样的：我的导师及实验室都没人搞过反应动力学，他让我自己去学，可是我却不知如何开始！就是在论坛里看贴子，

Sob老师，您能告诉我，学这个需要看什么样的书，学什么样的软件什么的吗？我纯粹就一白痴啊，光谱还稀里糊涂的，现在还让我也一起学动力学，不学又不行！

求老师帮忙~~~

sobereva · 发表于 Post on 2015-4-30 19:10:31

找点反应动力学的书看呗，比如
Theories of Molecular Reaction Dynamics - The Microscopic Foundation of Chemical Kinetics
Principles of Chemical Kinetics 2ed(J. House, 2007)
An Introduction to Chemical Kinetics(Margaret Robson Wright)
Chemical Kinetics-From Molecular Structure to Chemical Reactivity
在思想家公社专用邮箱里都能找到

国内也有一些相关的书，比如赵新生的。不过还是外国人写的更容易理解。

youguojian · 发表于 Post on 2015-4-30 21:25:12

sobereva 发表于 2015-4-30 19:10
找点反应动力学的书看呗，比如
Theories of Molecular Reaction Dynamics - The Microscopic Foundation o ...

Sob老师，非常感谢！嘿嘿~~你是我的偶像

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