计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 2384|回复 Reply: 13
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Gaussian/gview] 过渡金属镍体系跑IRC出现难解决的问题(已经仔细阅读过sob老师的IRC帖子)

[复制链接 Copy URL]

13

帖子

0

威望

211

eV
积分
224

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
本帖最后由 Wangying001 于 2022-9-27 14:06 编辑

如题,我在寻找过渡态需要跑IRC验证是否找对
(1)第一次使用gaussian默认关键词报错(IRC=calcfc),发现校正步不收敛。
(2)后换用了GS2算法IRC=(GS2,calcfc)后还是报错校正步不收敛,此时我只能采用不太精准的IRC=(LQA,calcfc),此时报错信息变了,提示我SCF不收敛。
(3)后我增加关键词SCF=vshift=300 ,可以得到IRC曲线,但由于该曲线不光滑不完整,我想得到一条完整、高质量的IRC曲线。故增加关键词IRC=(calcfc,LQA,maxpoint=80,stepsize=10) SCF=vshift=300
(4)此时gaussian又继续报错,报错又变成了原来的SCF不收敛。信息为Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in /public1/home/scb0643/g16/l502.exe at Mon Sep 26 16:05:48 2022.

我的问题是:
(1)如何在不希望用LQA避免报错的同时牺牲IRC精度的情况下得到一条完整的IRC曲线?关键词还能怎么增加?(我已经用过GS2算法会报错,只有LQA不会)
(2)想搞清楚使用LQA为什么增加步数以后会报错?

13

帖子

0

威望

211

eV
积分
224

Level 3 能力者

2#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-26 17:24:18 | 只看该作者 Only view this author
我需要计算的体系是含过渡金属镍的
完整关键词是:
%mem=100GB
%nprocshared=64
#p IRC=(calcfc,LQA,maxpoint=60,stepsize=10) b3lyp/genecp 5d empiricaldispersion=gd3 SCF=vshift=300

Title Card Required

0 2
C                 -5.09233700   -0.80210900   -0.44763100
C                 -3.58241300   -0.46751700    1.25206000
C                 -4.35349600    0.60526400    1.80184700
C                 -5.54699100    0.96240600    1.12118000
C                 -5.91142800    0.27215600   -0.01041000
C                 -2.33695500   -0.80554300    1.86997100
C                 -3.90108600    1.26169700    2.97581400
H                 -6.15343100    1.77982800    1.50281800
H                 -6.81090100    0.52486400   -0.56223500
C                 -2.72388500    0.87706700    3.58088600
C                 -1.93533000   -0.15378500    3.02161200
H                 -4.49647700    2.07271200    3.38730900
H                 -2.38084100    1.38157300    4.47872900
H                 -0.97953400   -0.40860100    3.46408000
C                 -1.46262900   -1.80751600    1.25025500
O                 -1.02434600   -2.83243800    2.00762400
C                 -0.18723200   -2.97858800   -0.04574900
C                 -0.21446200   -3.57086000    1.17707700
H                  0.22862400   -4.45635000    1.59837000
C                  0.45696100   -3.47733400   -1.32589700
C                 -0.66559800   -4.03038800   -2.23854000
C                  1.18515400   -2.35972400   -2.01615000
C                  1.45551900   -4.60565100   -0.98341300
H                 -1.18892800   -4.85505800   -1.74278100
H                 -1.38371700   -3.24396800   -2.47923200
H                 -0.23084000   -4.40328600   -3.17194400
H                  2.18625800   -2.09872100   -1.69006600
H                  0.67102200   -1.74998100   -2.74976000
H                  1.92522000   -4.97018100   -1.90098500
H                  2.24470000   -4.24849800   -0.31330500
H                  0.95050600   -5.45394200   -0.50817300
Ni                -1.25025100   -0.00684300   -0.98388200
N                 -3.98009700   -1.16830200    0.15434300
N                 -0.97948500   -1.82835600    0.03399700
C                  5.39516800   -0.87239500   -0.47314800
C                  4.28781900   -0.38867600   -1.15608800
C                  3.33388200    0.42088500   -0.51717300
C                  3.52830100    0.73211500    0.82720400
C                  4.63892200    0.25356300    1.53051300
C                  5.57823900   -0.55353600    0.88110700
H                  6.13338100   -1.49933700   -0.96228800
H                  4.16019100   -0.64212900   -2.20634400
H                  2.79036600    1.33588700    1.34067800
H                  4.75099700    0.51118800    2.57693500
O                  6.69514600   -1.08076000    1.46637000
C                  6.92759400   -0.79807300    2.83636300
H                  6.11614700   -1.17566200    3.47334300
H                  7.85554600   -1.30947600    3.09822300
H                  7.04766400    0.27913700    3.01542400
C                  2.16262200    0.93302500   -1.33029500
H                  2.52773300    1.62964800   -2.09284800
H                  1.69560000    0.10640000   -1.87682200
N                  1.12807600    1.65871000   -0.57934700
C                  0.21164600    0.90547600    0.17243700
O                  0.49987900    0.28535400    1.17242300
Cl                -1.87324500   -0.68518800   -3.00505500
C                  0.55802400    2.85905000   -1.19231800
C                 -0.59787000    3.26925900   -0.24361800
H                  0.11398400    2.61583300   -2.16982300
H                 -1.19900300    4.01440300   -0.77683600
C                 -1.46479500    2.01630300   -0.05552500
C                 -2.25355300    1.61333600   -1.18964000
H                 -1.90101300    1.88615700    0.93207300
H                 -3.27231500    1.26761300   -1.02936800
H                 -2.10927900    2.12862600   -2.13673700
C                  1.59447900    3.95327800   -1.41382300
C                  1.43542000    4.78888100   -2.44596200
H                  2.11497800    5.61856700   -2.61701600
H                  0.61806900    4.67412700   -3.15344200
C                  2.76115800    4.07017900   -0.46214300
H                  3.32242600    4.98913100   -0.65163300
H                  2.44435000    4.06556800    0.58342500
H                  3.44841000    3.22489300   -0.56953600
H                 -5.36859600   -1.37158400   -1.33238600
C                 -0.17071200    3.86799800    1.10080300
H                 -1.05669400    4.06536200    1.71290500
H                  0.47724500    3.18646400    1.65958600
H                  0.35465400    4.81552000    0.96035000

H C N O Cl 0
6-31g(d,p)
****
Ni 0
LanL2dz
****

Ni 0
LanL2dz

1016

帖子

0

威望

2126

eV
积分
3142

Level 5 (御坂)

天上地下三山亖海五湖六合八荒九州之泛粤大典編輯委員會編外委員

3#
发表于 Post on 2022-9-26 17:45:36 | 只看该作者 Only view this author
是Ni(II)吗,如果是Ni(II),总觉得电荷数和自旋多重度不配。
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

13

帖子

0

威望

211

eV
积分
224

Level 3 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-26 17:50:29 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-9-26 17:45
是Ni(II)吗,如果是Ni(II),总觉得电荷数和自旋多重度不配。

对的,是NI(Ⅱ)体系,但是和报错信息应该无关。电荷数和自旋多重度我是gussian默认的。

1016

帖子

0

威望

2126

eV
积分
3142

Level 5 (御坂)

天上地下三山亖海五湖六合八荒九州之泛粤大典編輯委員會編外委員

5#
发表于 Post on 2022-9-26 18:04:56 | 只看该作者 Only view this author
Wangying001 发表于 2022-9-26 17:50
对的,是NI(Ⅱ)体系,但是和报错信息应该无关。电荷数和自旋多重度我是gussian默认的。

含羰基的配体-1价,氯离子-1价,含恶唑的配体0价,Ni(II),是这样吗?如果是这样,数一数Ni(II)的3d轨道的电子。
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

127

帖子

0

威望

2765

eV
积分
2892

Level 5 (御坂)

6#
发表于 Post on 2022-9-26 18:34:00 | 只看该作者 Only view this author
既然过渡态已经算出来了,为何还要calcfc?直接readfc即可...
另,直接guess=read geom=check即可...

13

帖子

0

威望

211

eV
积分
224

Level 3 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-26 18:51:15 | 只看该作者 Only view this author
fatpig 发表于 2022-9-26 18:34
既然过渡态已经算出来了,为何还要calcfc?直接readfc即可...
另,直接guess=read geom=check即可...

直接读取过渡态产生的波函数看是否会报错吗?

13

帖子

0

威望

211

eV
积分
224

Level 3 能力者

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-26 19:14:17 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-9-26 18:04
含羰基的配体-1价,氯离子-1价,含恶唑的配体0价,Ni(II),是这样吗?如果是这样,数一数Ni(II)的3d轨道 ...

我按照您说的重新设置电荷与自旋多重度为0 1以后报错
The combination of multiplicity 1 and   315 electrons is impossible.
Error termination via Lnk1e in /public1/home/scb0643/g16/l301.exe at Mon Sep 26 18:30:18 2022.

1016

帖子

0

威望

2126

eV
积分
3142

Level 5 (御坂)

天上地下三山亖海五湖六合八荒九州之泛粤大典編輯委員會編外委員

9#
发表于 Post on 2022-9-26 19:42:42 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 chands 于 2022-9-26 19:43 编辑
Wangying001 发表于 2022-9-26 19:14
我按照您说的重新设置电荷与自旋多重度为0 1以后报错
The combination of multiplicity 1 and   315 el ...

检查一下那个含恶唑的配体,好像端位甲基缺了个H
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125127

管理员

公社社长

10#
发表于 Post on 2022-9-27 02:41:52 | 只看该作者 Only view this author
首先注意前面的人说的电荷、自旋多重度问题,这个要错了其它都是白说。

记住Gaussian怎么拼

减小IRC步长、使用recalc=5,有助于改善IRC质量,以及增加令SCF能够收敛的状态延续下去的概率,此文明确说了
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400http://bbs.keinsci.com/thread-7736-1-1.html

写stepsize=10毫无意义,本来就是默认的

写5d也完全多余,用gen、genecp的时候默认就是5d
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

127

帖子

0

威望

2765

eV
积分
2892

Level 5 (御坂)

11#
发表于 Post on 2022-9-27 08:50:27 | 只看该作者 Only view this author
Wangying001 发表于 2022-9-26 18:51
直接读取过渡态产生的波函数看是否会报错吗?

不是看报错,而是一定要读取吧...

13

帖子

0

威望

211

eV
积分
224

Level 3 能力者

12#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-27 14:05:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-9-27 02:41
首先注意前面的人说的电荷、自旋多重度问题,这个要错了其它都是白说。

记住Gaussian怎么拼

谢谢sob老师的耐心解答!

360

帖子

0

威望

2283

eV
积分
2643

Level 5 (御坂)

13#
发表于 Post on 2022-9-27 18:02:44 | 只看该作者 Only view this author
配体上的叔丁基少了一个氢,结构错了,前面全白算= =
镍最外层10个电子,二价镍8个电子,都是偶数,没有未成对电子,中性体系,自旋多重度也不可能是2啊

13

帖子

0

威望

211

eV
积分
224

Level 3 能力者

14#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-27 19:11:13 | 只看该作者 Only view this author
sai77 发表于 2022-9-27 18:02
配体上的叔丁基少了一个氢,结构错了,前面全白算= =
镍最外层10个电子,二价镍8个电子,都是偶数,没有未 ...

是的,已经发现结构有问题了!谢谢您的解答!

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-19 08:30 , Processed in 0.161936 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list